Obtención de driver genes para subtipado en Colon adenocarcinoma mediante la integración de datos ómicos
En los últimos años se ha abaratado los costes de la generación de datos ómicos, lo cual ha impulsado a estudiarlos en su conjunto para poder avanzar hasta una medicina personalizada. Hoy en día, la integración de datos nos está permitiendo estudiar para las patologías sus subtipos, biomarcadores, y...
| Autor: | |
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| Formato: | tesis de maestría |
| Fecha de publicación: | 2021 |
| País: | España |
| Recursos: | Universitat Oberta de Catalunya (UOC) |
| Repositorio: | O2, repositorio institucional de la UOC |
| OAI Identifier: | oai:openaccess.uoc.edu:10609/132610 |
| Acesso em linha: | http://hdl.handle.net/10609/132610 |
| Access Level: | acceso abierto |
| Palavra-chave: | integración de datos ómicos herramientas para integración de multi-ómicas subtipado integració de dades òmiques eines per a integració de multi-òmiques subtipat omics data integration multi-omics integration tools subtyping Bioinformatics -- TFM Bioinformàtica -- TFM Bioinformática -- TFM |
| Resumo: | En los últimos años se ha abaratado los costes de la generación de datos ómicos, lo cual ha impulsado a estudiarlos en su conjunto para poder avanzar hasta una medicina personalizada. Hoy en día, la integración de datos nos está permitiendo estudiar para las patologías sus subtipos, biomarcadores, y posibles medicamentos o sus combinaciones. El objetivo de este TFM es conocer y aplicar los nuevos métodos de integración de datos disponibles, y comparar sus resultados con los de los análisis de ómicas independientes. Además, se verá parte de sus múltiples aplicaciones. Se integrará datos de genómica, metilómica y transcriptómica mediante iClusterBayes, un método de última generación que ha demostrado tener la misma calidad que sus predecesores pero que ahorra mucho tiempo. Además, se integrarán pathways y otros datos disponibles en repositorios pudiéndose ver el gran potencial de la integración de datos. Se analizará datos de Adenocarcinoma de Colon (COAD) procedentes del proyecto TCGA. Los resultados de la integración, muy distintos a los de análisis independientes, mostraron que el COAD tiene 5 subtipos. Se obtuvieron 1028 genes con CNA, 331 genes con metilación diferencial y 3073 genes con expresión diferencial que actúan como driver genes de esta patología. Además, se observó que las rutas más afectadas en la patología están relacionadas con la homeostasis y el desarrollo. |
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