Expanding the clinical and genetic spectra of primary immunodeficiency-related disorders with clinical exome sequencing: expected and unexpected findings

Inmunodeficiencias primarias; Secuenciación de próxima generación; Secuenciación clínica del exoma

Bibliographic Details
Authors: Rudilla Salvador, Francesc, Franco Jarava, Clara, García Prat, Marina, Martín Nalda, Andrea, Rivière, Jacques, Aguiló Cucurull, Aina, Vidal Pérez, Francisco, Cuscó Martín, Ivon, Serra Juhe, Clara, Baz Redón, Noelia, García-Patos Briones, Vicente, Pujol-Borrell, Ricardo, Soler Palacín, Pere, Colobran Oriol, Roger, Martínez Gallo, Mónica, Fernández Cancio, Mónica
Format: article
Status:Published version
Publication Date:2019
Country:España
Institution:Departament de Salut de la Generalitat de Catalunya (DS)
Repository:Scientia. Dipòsit d'Informació Digital del Departament de Salut
OAI Identifier:oai:scientiasalut.gencat.cat:11351/5215
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The increasing use of next-generation sequencing (NGS) technology has greatly facilitated identification of genetic defects in PID patients in daily clinical practice. Several NGS approaches are available, from the unbiased whole exome sequencing (WES) to specific gene panels. Here, we report on a 3-year experience with clinical exome sequencing (CES) for genetic diagnosis of PIDs. We used the TruSight One sequencing panel, which includes 4,813 disease-associated genes, in 61 unrelated patients (pediatric and adults). The analysis was done in 2 steps: first, we focused on a virtual PID panel and then, we expanded the analysis to the remaining genes. A molecular diagnosis was achieved in 19 (31%) patients: 12 (20%) with mutations in genes included in the virtual PID panel and 7 (11%) with mutations in other genes. These latter cases provided interesting and somewhat unexpected findings that expand the clinical and genetic spectra of PID-related disorders, and are useful to consider in the differential diagnosis. We also discuss 5 patients (8%) with incomplete genotypes or variants of uncertain significance. Finally, we address the limitations of CES exemplified by 7 patients (11%) with negative results on CES who were later diagnosed by other approaches (more specific PID panels, WES, and comparative genomic hybridization array). In summary, the genetic diagnosis rate using CES was 31% (including a description of 12 novel mutations), which rose to 42% after including diagnoses achieved by later use of other techniques. The description of patients with mutations in genes not included in the PID classification illustrates the heterogeneity and complexity of PID-related disorders.This study was funded by Instituto de Salud Carlos III, grants PI14/00405 and PI17/00660, cofinanced by the European Regional Development Fund (ERDF).Frontiers Media[Rudilla F] Laboratori d'Immunogenètica i Histocompatibilitat, Banc de Sang i Teixits, Barcelona, Spain. Grup de Recerca en Medicina Transfusional, Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR), Barcelona, Spain. Universitat Autònoma de Barcelona, Barcelona, Spain. [Franco-Jarava C, Martínez-Gallo M, Aguiló-Cucurull A, Pujol-Borrell R] Recerca en Immunologia Diagnòstica, Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR), Barcelona, Spain. Servei d’ Immunologia, Vall d'Hebron Hospital Universitari, Barcelona, Spain. Departament de Biologia Cel•lular, de Fisiologia i d'Immunologia, Universitat Autònoma de Barcelona, Barcelona, Spain. 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