Improving the accuracy and the efficiency of multiple sequence alignment methods

Sequence alignment is one of the basic methods to compare biological sequences and the cornerstone of a wide range of different analyses. Due to this privileged position at the beginning of many studies its accuracy is of great importance, in fact, each result based on an alignment is depending on t...

Descripción completa

Detalles Bibliográficos
Autor: Kemena, Carsten
Tipo de recurso: tesis doctoral
Estado:Versión publicada
Fecha de publicación:2012
País:España
Institución:CBUC, CESCA
Repositorio:TDR. Tesis Doctorales en Red
OAI Identifier:oai:www.tdx.cat:10803/128678
Acceso en línea:http://hdl.handle.net/10803/128678
Access Level:acceso abierto
Palabra clave:Bioinformatics
Multiple sequence alignment
Alignment evaluation
Large-scale alignment
Protein structure
RNA structure
Bioinformática
Alineamiento múltiple de secuencias
Evaluación de alineamientos
Alineamientos múltiples de secuencia a gran escala
Estructura de proteínas
Estructura de ARN
577
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description Sequence alignment is one of the basic methods to compare biological sequences and the cornerstone of a wide range of different analyses. Due to this privileged position at the beginning of many studies its accuracy is of great importance, in fact, each result based on an alignment is depending on the alignment quality. This has been confirmed in several recent papers investigating the effect of alignment methods on phylogenetic reconstruction and the estimation of positive selection. In this thesis, I present several projects dedicated to the problem of developing more accurate multiple sequence alignments and how to evaluate them. I addressed the problem of structural protein alignment evaluation, the accurate structural alignment of RNA sequences and the alignment of large sequence data sets.
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