Prediction of host-pathogen protein-protein interactions: an integrative model

L’ús descontrolat d’antibiòtics contra bacteris patògens ha accelerant l’aparició de bacteris resistents a múltiples fàrmacs en les darreres dècades i s’està convertint en un greu problema de salut pública a nivell mundial. Per combatre aquesta resistència bacteriana, és fonamental obtenir un bon co...

Descripción completa

Detalles Bibliográficos
Autor: Macho Rendón, Javier
Tipo de recurso: tesis doctoral
Estado:Versión publicada
Fecha de publicación:2021
País:España
Institución:CBUC, CESCA
Repositorio:TDR. Tesis Doctorales en Red
OAI Identifier:oai:www.tdx.cat:10803/674383
Acceso en línea:http://hdl.handle.net/10803/674383
Access Level:acceso abierto
Palabra clave:Hoste-Patogen
Huésped-patógeno
Host-pathogen
Interaccions proteïna-proteïna
Interacciones proteína-proteína
Protein-protein interactions
Predicció
Predicción
Prediction
Ciències Experimentals
004
id ES_cadbdfcb6d2bc76cf0ef0de9b74d923a
oai_identifier_str oai:www.tdx.cat:10803/674383
network_acronym_str ES
network_name_str España
repository_id_str
dc.title.none.fl_str_mv Prediction of host-pathogen protein-protein interactions: an integrative model
title Prediction of host-pathogen protein-protein interactions: an integrative model
spellingShingle Prediction of host-pathogen protein-protein interactions: an integrative model
Macho Rendón, Javier
Hoste-Patogen
Huésped-patógeno
Host-pathogen
Interaccions proteïna-proteïna
Interacciones proteína-proteína
Protein-protein interactions
Predicció
Predicción
Prediction
Ciències Experimentals
004
title_short Prediction of host-pathogen protein-protein interactions: an integrative model
title_full Prediction of host-pathogen protein-protein interactions: an integrative model
title_fullStr Prediction of host-pathogen protein-protein interactions: an integrative model
title_full_unstemmed Prediction of host-pathogen protein-protein interactions: an integrative model
title_sort Prediction of host-pathogen protein-protein interactions: an integrative model
dc.creator.none.fl_str_mv Macho Rendón, Javier
author Macho Rendón, Javier
author_facet Macho Rendón, Javier
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Torrent Burgas, Marc
Daura i Ribera, Xavier
dc.subject.none.fl_str_mv Hoste-Patogen
Huésped-patógeno
Host-pathogen
Interaccions proteïna-proteïna
Interacciones proteína-proteína
Protein-protein interactions
Predicció
Predicción
Prediction
Ciències Experimentals
004
topic Hoste-Patogen
Huésped-patógeno
Host-pathogen
Interaccions proteïna-proteïna
Interacciones proteína-proteína
Protein-protein interactions
Predicció
Predicción
Prediction
Ciències Experimentals
004
description L’ús descontrolat d’antibiòtics contra bacteris patògens ha accelerant l’aparició de bacteris resistents a múltiples fàrmacs en les darreres dècades i s’està convertint en un greu problema de salut pública a nivell mundial. Per combatre aquesta resistència bacteriana, és fonamental obtenir un bon coneixement dels mecanismes d’infecció, que es produeixen en gran mesura per la interacció entre proteïnes del patogen i proteïnes de l’hoste. En aquest sentit, cal millorar l’anotació funcional i la caracterització de les proteïnes implicades i de les seves interaccions. Amb aquest objectiu, hem creat les bases de dades BacFITBase i DualSeqDB, que recopilen la informació disponible sobre la importància de gens bacterians i sobre els canvis d’expressió gènica que es produeixen tant en el patogen com en l’hoste durant el procés d’infecció. Així mateix, hem desenvolupat HPIPred, un sistema de predicció d’interaccions proteïna-proteïna entre hoste i patogen. HPIPred està basat en la codificació numèrica de propietats fisicoquímiques dels aminoàcids i és capaç d’integrar informació fenotípica per guiar el procés de predicció. La combinació d’aquestes eines podria servir com a guia en el desenvolupament de nous fàrmacs contra la resistència bacteriana.
publishDate 2021
dc.date.none.fl_str_mv 2021
2022
2022
dc.type.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.none.fl_str_mv http://hdl.handle.net/10803/674383
url http://hdl.handle.net/10803/674383
dc.language.none.fl_str_mv Inglés
language_invalid_str_mv Inglés
dc.rights.none.fl_str_mv http://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/
info:eu-repo/semantics/openAccess
rights_invalid_str_mv http://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv 99 p.
application/pdf
application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv Universitat Autònoma de Barcelona
publisher.none.fl_str_mv Universitat Autònoma de Barcelona
dc.source.none.fl_str_mv TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
reponame:TDR. Tesis Doctorales en Red
instname:CBUC, CESCA
instname_str CBUC, CESCA
reponame_str TDR. Tesis Doctorales en Red
collection TDR. Tesis Doctorales en Red
repository.name.fl_str_mv
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1869419515895349248
spelling Prediction of host-pathogen protein-protein interactions: an integrative modelMacho Rendón, JavierHoste-PatogenHuésped-patógenoHost-pathogenInteraccions proteïna-proteïnaInteracciones proteína-proteínaProtein-protein interactionsPrediccióPredicciónPredictionCiències Experimentals004L’ús descontrolat d’antibiòtics contra bacteris patògens ha accelerant l’aparició de bacteris resistents a múltiples fàrmacs en les darreres dècades i s’està convertint en un greu problema de salut pública a nivell mundial. Per combatre aquesta resistència bacteriana, és fonamental obtenir un bon coneixement dels mecanismes d’infecció, que es produeixen en gran mesura per la interacció entre proteïnes del patogen i proteïnes de l’hoste. En aquest sentit, cal millorar l’anotació funcional i la caracterització de les proteïnes implicades i de les seves interaccions. Amb aquest objectiu, hem creat les bases de dades BacFITBase i DualSeqDB, que recopilen la informació disponible sobre la importància de gens bacterians i sobre els canvis d’expressió gènica que es produeixen tant en el patogen com en l’hoste durant el procés d’infecció. Així mateix, hem desenvolupat HPIPred, un sistema de predicció d’interaccions proteïna-proteïna entre hoste i patogen. HPIPred està basat en la codificació numèrica de propietats fisicoquímiques dels aminoàcids i és capaç d’integrar informació fenotípica per guiar el procés de predicció. La combinació d’aquestes eines podria servir com a guia en el desenvolupament de nous fàrmacs contra la resistència bacteriana.El uso descontrolado de antibióticos contra bacterias patógenas está acelerando la aparición de bacterias resistentes a múltiples fármacos y se está convirtiendo en un grave problema en materia de salud pública mundial. Para combatir esta resistencia bacteriana, es fundamental obtener un mayor conocimiento de los mecanismos de infección, que se producen en gran medida por la interacción entre proteínas del patógeno y proteínas del organismo huésped. En este sentido, es necesaria una mejora en la anotación funcional y caracterización de estas proteínas y de sus interacciones. Con este objetivo, hemos creado las bases de datos BacFITBase y DualSeqDB, que recopilan información sobre la importancia de genes bacterianos y sobre los cambios de expresión génica que se producen en el patógeno y en el huésped durante el proceso infeccioso, respectivamente. Del mismo modo, hemos desarrollado HPIPred, un sistema de predicción de interacciones proteína-proteína entre huésped y patógeno, basado en la codificación numérica de propiedades físico-química de los aminoácidos, capaz de integrar información fenotípica para guiar el proceso de predicción. La combinación de estas herramientas podría servir como guía en el desarrollo de nuevos fármacos contra la resistencia bacteriana.The use and misuse of antibiotics against pathogenic bacteria is accelerating the appearance of multi-drug resistant bacteria and it is becoming a serious concern in public health worldwide. In order to fight antibacterial resistance, it is crucial to get a better understanding of the mechanisms underlying infection, which occur to a great extent due to the interaction between host and pathogen proteins. In this sense, it is necessary to improve the functional annotation and characterization of these proteins and their interactions. With this aim, we have created two databases, BacFITBase and DualSeqDB, which gather information on the importance of bacterial genes and the gene expression changes that occur both in the pathogen and in the host during the infection process, respectively. Similarly, we have developed HPIPred, a host-pathogen protein-protein interaction prediction system, based on the numerical encoding of physicochemical properties of amino acids, capable of integrating phenotypic information to guide the prediction process. The combination of these tools could be useful as a guidance in the development of new drugs against antibacterial resistance.Universitat Autònoma de Barcelona. Programa de Doctorat en BioinformàticaUniversitat Autònoma de BarcelonaTorrent Burgas, MarcDaura i Ribera, Xavier202220222021info:eu-repo/semantics/doctoralThesisinfo:eu-repo/semantics/publishedVersion99 p.application/pdfapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/10803/674383TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)reponame:TDR. Tesis Doctorales en Redinstname:CBUC, CESCAInglésL'accés als continguts d'aquesta tesi queda condicionat a l'acceptació de les condicions d'ús establertes per la següent llicència Creative Commons: http://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/http://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccessoai:www.tdx.cat:10803/6743832026-06-14T12:46:07Z
score 15.301603

Similares en LA Referencia