Generating Lie Markov models with prescribed symmetry

Recent works discuss the importance of the multiplicative closure of the Markov models used in phylogenetics. A sufficient condition is requiring the set of rate-matrices of the model to form a Lie algebra. In this work, we want to implement this algorithm to generate all models for a given symmetry...

Descripción completa

Detalles Bibliográficos
Autor: Santos Herranz, Ane
Tipo de recurso: tesis de maestría
Fecha de publicación:2012
País:España
Institución:Universitat Politècnica de Catalunya (UPC)
Repositorio:UPCommons. Portal del coneixement obert de la UPC
Idioma:inglés
OAI Identifier:oai:upcommons.upc.edu:2099.1/17481
Acceso en línea:https://hdl.handle.net/2099.1/17481
Access Level:acceso abierto
Palabra clave:Mathematical biology
Phylogenetics
Markov model
Representation theory
Permutation groups
Lie algebras
Biomatemàtica
Classificació AMS::92 Biology and other natural sciences::92B Mathematical biology in general
Àrees temàtiques de la UPC::Matemàtiques i estadística::Matemàtica aplicada a les ciències
id ES_bc2693eeed2226dd5bdf12942e22e1aa
oai_identifier_str oai:upcommons.upc.edu:2099.1/17481
network_acronym_str ES
network_name_str España
repository_id_str
spelling Generating Lie Markov models with prescribed symmetrySantos Herranz, AneMathematical biologyPhylogeneticsMarkov modelRepresentation theoryPermutation groupsLie algebrasBiomatemàticaClassificació AMS::92 Biology and other natural sciences::92B Mathematical biology in generalÀrees temàtiques de la UPC::Matemàtiques i estadística::Matemàtica aplicada a les ciènciesRecent works discuss the importance of the multiplicative closure of the Markov models used in phylogenetics. A sufficient condition is requiring the set of rate-matrices of the model to form a Lie algebra. In this work, we want to implement this algorithm to generate all models for a given symmetry. This implementation would be important for getting examples and investigate more properties of these models.Treballs recents discuteixen la importància de la clausura multiplicativa dels models de Markov que es fan servir en filogenètica. Una condició suficient és demanar que les matrius de taxes del model formin un àlgebra de Lie. A partir d'aquí, es discuteix la definició dels models de Lie Markov.Volem implementar un algoritme per generar tots els models per una simetria fixada donada per un grup de permutacions dels nucleòtids A,C,G,T. Aquesta implementació seria d'importància crucial per poder comptar amb exemples i poder investigar més propietats d'aquests models.Universitat Politècnica de CatalunyaFernández Sánchez, Jesús20122012-11-0120132013-03-04master thesishttp://purl.org/coar/resource_type/c_bdccNAhttp://purl.org/coar/version/c_be7fb7dd8ff6fe43info:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttps://hdl.handle.net/2099.1/17481reponame:UPCommons. Portal del coneixement obert de la UPCinstname:Universitat Politècnica de Catalunya (UPC)Inglésengopen accesshttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2Attribution-NonCommercial-ShareAlike 3.0 Spainhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/es/info:eu-repo/semantics/openAccessoai:upcommons.upc.edu:2099.1/174812026-05-27T15:37:01Z
dc.title.none.fl_str_mv Generating Lie Markov models with prescribed symmetry
title Generating Lie Markov models with prescribed symmetry
spellingShingle Generating Lie Markov models with prescribed symmetry
Santos Herranz, Ane
Mathematical biology
Phylogenetics
Markov model
Representation theory
Permutation groups
Lie algebras
Biomatemàtica
Classificació AMS::92 Biology and other natural sciences::92B Mathematical biology in general
Àrees temàtiques de la UPC::Matemàtiques i estadística::Matemàtica aplicada a les ciències
title_short Generating Lie Markov models with prescribed symmetry
title_full Generating Lie Markov models with prescribed symmetry
title_fullStr Generating Lie Markov models with prescribed symmetry
title_full_unstemmed Generating Lie Markov models with prescribed symmetry
title_sort Generating Lie Markov models with prescribed symmetry
dc.creator.none.fl_str_mv Santos Herranz, Ane
author Santos Herranz, Ane
author_facet Santos Herranz, Ane
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Fernández Sánchez, Jesús
dc.subject.none.fl_str_mv Mathematical biology
Phylogenetics
Markov model
Representation theory
Permutation groups
Lie algebras
Biomatemàtica
Classificació AMS::92 Biology and other natural sciences::92B Mathematical biology in general
Àrees temàtiques de la UPC::Matemàtiques i estadística::Matemàtica aplicada a les ciències
topic Mathematical biology
Phylogenetics
Markov model
Representation theory
Permutation groups
Lie algebras
Biomatemàtica
Classificació AMS::92 Biology and other natural sciences::92B Mathematical biology in general
Àrees temàtiques de la UPC::Matemàtiques i estadística::Matemàtica aplicada a les ciències
description Recent works discuss the importance of the multiplicative closure of the Markov models used in phylogenetics. A sufficient condition is requiring the set of rate-matrices of the model to form a Lie algebra. In this work, we want to implement this algorithm to generate all models for a given symmetry. This implementation would be important for getting examples and investigate more properties of these models.
publishDate 2012
dc.date.none.fl_str_mv 2012
2012-11-01
2013
2013-03-04
dc.type.none.fl_str_mv master thesis
http://purl.org/coar/resource_type/c_bdcc
NA
http://purl.org/coar/version/c_be7fb7dd8ff6fe43
dc.type.openaire.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
dc.identifier.none.fl_str_mv https://hdl.handle.net/2099.1/17481
url https://hdl.handle.net/2099.1/17481
dc.language.none.fl_str_mv Inglés
eng
language_invalid_str_mv Inglés
language eng
dc.rights.none.fl_str_mv open access
http://purl.org/coar/access_right/c_abf2
Attribution-NonCommercial-ShareAlike 3.0 Spain
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/es/
dc.rights.openaire.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
rights_invalid_str_mv open access
http://purl.org/coar/access_right/c_abf2
Attribution-NonCommercial-ShareAlike 3.0 Spain
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/es/
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv Universitat Politècnica de Catalunya
publisher.none.fl_str_mv Universitat Politècnica de Catalunya
dc.source.none.fl_str_mv reponame:UPCommons. Portal del coneixement obert de la UPC
instname:Universitat Politècnica de Catalunya (UPC)
instname_str Universitat Politècnica de Catalunya (UPC)
reponame_str UPCommons. Portal del coneixement obert de la UPC
collection UPCommons. Portal del coneixement obert de la UPC
repository.name.fl_str_mv
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1869418088258076672
score 15.301603

Similares en LA Referencia