Computational engineering of biomolecules
Aquesta tesi presenta diversos avenços que inclouen: (i) noves funcionalitats afegides a la “suite” d'eines de disseny de proteïnes FoldX per permetre als usuaris treballar amb qualsevol tipus de molècula; (ii) estudis utilitzant FoldX per explicar la susceptibilitat de diferents espècies al CO...
| Autor: | |
|---|---|
| Tipo de recurso: | tesis doctoral |
| Estado: | Versión publicada |
| Fecha de publicación: | 2023 |
| País: | España |
| Institución: | CBUC, CESCA |
| Repositorio: | TDR. Tesis Doctorales en Red |
| OAI Identifier: | oai:www.tdx.cat:10803/689148 |
| Acceso en línea: | http://hdl.handle.net/10803/689148 |
| Access Level: | acceso abierto |
| Palabra clave: | Protein engineering FoldX COVID-19 RNA docking AlphaFold2 Enginyeria de proteïnes Acoblament d'ARN 577 |
| Sumario: | Aquesta tesi presenta diversos avenços que inclouen: (i) noves funcionalitats afegides a la “suite” d'eines de disseny de proteïnes FoldX per permetre als usuaris treballar amb qualsevol tipus de molècula; (ii) estudis utilitzant FoldX per explicar la susceptibilitat de diferents espècies al COVID-19 examinant l'energia d'interacció entre el SARS-CoV-2 i l'ACE2; (iii) RnaX, una eina que prediu els llocs de unió de l'RNA i permet enginyeritzar la interfície RNA-proteïna; (iv) ProteinFishing, una eina que genera complexes de proteïnes a nivell atòmic per al disseny de la interfície; i (v) TriCombine, una eina que classifica les combinacions de mutants utilitzant triplets de residus cristal·logràfics per redissenyar amb èxit un domini SH3. Amb l'aparició de les tècniques de “deep learning” per a la modelització de proteïnes, el camp del disseny computacional de biomolècules està en constant desenvolupament. Aquesta tesi mostra com el disseny basat en coneixement i les eines basades en dades, com AlphaFold2, es poden combinar per a un disseny precís de proteïnes. En conjunt, aquests desenvolupaments creen una base i proporcionen un anàlisi de la validació d'una plataforma de disseny biomolecular computacional. |
|---|