Insights into mammalian adaptive evolution through genomics data

Although the genome sequencing revolution is still in its infancy, we must acknowledge it as the major driver of biology since the beginning of the 21st century. The availability of a large collection of complete mammalian genomes due to high-throughput sequencing technologies allows us to begin the...

Descripción completa

Detalles Bibliográficos
Autor: Villanueva Cañas, José Luis
Tipo de recurso: tesis doctoral
Estado:Versión publicada
Fecha de publicación:2015
País:España
Institución:CBUC, CESCA
Repositorio:TDR. Tesis Doctorales en Red
OAI Identifier:oai:www.tdx.cat:10803/397756
Acceso en línea:http://hdl.handle.net/10803/397756
Access Level:acceso abierto
Palabra clave:Genòmica evolutiva
Mamífers
Hivernació
Aliniament múltiple de seqüències
Gens de novo
Evolutionary genomics
Mammals
Hibernation
Multiple sequence alignment
De novo genes
575
id ES_e401befe9d564b2a710e98531d7ee509
oai_identifier_str oai:www.tdx.cat:10803/397756
network_acronym_str ES
network_name_str España
repository_id_str
spelling Insights into mammalian adaptive evolution through genomics dataVillanueva Cañas, José LuisGenòmica evolutivaMamífersHivernacióAliniament múltiple de seqüènciesGens de novoEvolutionary genomicsMammalsHibernationMultiple sequence alignmentDe novo genes575Although the genome sequencing revolution is still in its infancy, we must acknowledge it as the major driver of biology since the beginning of the 21st century. The availability of a large collection of complete mammalian genomes due to high-throughput sequencing technologies allows us to begin the exploration of how the evolutionary diversification of gene content reflects the ecological adaptations of different taxa. Novelty arises in evolution through the transformation or combination of existing systems and, as shown recently, also from scratch. This thesis is centered around these different mechanisms of evolutionary innovation. It includes a common methodological part in which we propose a simple method to optimize multiple alignments and examine its effect in positive selection analyses, the exploration of the origin and evolution of mammalian-specific genes, and the study of gene regulation in mammalian adaptations (e.g. hibernation) using high-throughput technologies.Tot i que la denominada era de la genòmica es troba encara a la seva infància, ha estat un dels principals impulsors de la biologia des del començament del segle 21. L’accés a una creixent col•lecció de genomes complets de mamífers, gràcies a les tècniques de seqüenciació massiva, ens permet explorar com la diversificació evolutiva dels gens es tradueix en les diferents adaptacions ecològiques dels diferents tàxons. La innovació apareix a l’evolució a través de la transformació o la combinació de sistemes preexistents, fins i tot, nous gens poden aparèixer a partir de regions prèviament no codificants, com s’ha demostrat recentment. Aquesta tesi s’articula al voltant d’aquests mecanismes d’innovació evolutiva. Inclou una part metodològica comuna on es proposa un mètode simple per optimitzar alineaments múltiples i avaluar-ne l’efecte en anàlisis de selecció positiva, l’exploració de l’origen i evolució de gens específics de mamífers i l’estudi de la regulació gènica en una adaptació pròpia dels mamífers (hibernació) mitjançant tècniques de seqüenciació massiva.Programa de doctorat en BiomedicinaUniversitat Pompeu FabraAlbà Soler, MarUniversitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut201620162015info:eu-repo/semantics/doctoralThesisinfo:eu-repo/semantics/publishedVersion216 p.application/pdfapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/10803/397756TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)reponame:TDR. Tesis Doctorales en Redinstname:CBUC, CESCAInglésADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.info:eu-repo/semantics/openAccessoai:www.tdx.cat:10803/3977562026-06-14T12:46:07Z
dc.title.none.fl_str_mv Insights into mammalian adaptive evolution through genomics data
title Insights into mammalian adaptive evolution through genomics data
spellingShingle Insights into mammalian adaptive evolution through genomics data
Villanueva Cañas, José Luis
Genòmica evolutiva
Mamífers
Hivernació
Aliniament múltiple de seqüències
Gens de novo
Evolutionary genomics
Mammals
Hibernation
Multiple sequence alignment
De novo genes
575
title_short Insights into mammalian adaptive evolution through genomics data
title_full Insights into mammalian adaptive evolution through genomics data
title_fullStr Insights into mammalian adaptive evolution through genomics data
title_full_unstemmed Insights into mammalian adaptive evolution through genomics data
title_sort Insights into mammalian adaptive evolution through genomics data
dc.creator.none.fl_str_mv Villanueva Cañas, José Luis
author Villanueva Cañas, José Luis
author_facet Villanueva Cañas, José Luis
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Albà Soler, Mar
Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut
dc.subject.none.fl_str_mv Genòmica evolutiva
Mamífers
Hivernació
Aliniament múltiple de seqüències
Gens de novo
Evolutionary genomics
Mammals
Hibernation
Multiple sequence alignment
De novo genes
575
topic Genòmica evolutiva
Mamífers
Hivernació
Aliniament múltiple de seqüències
Gens de novo
Evolutionary genomics
Mammals
Hibernation
Multiple sequence alignment
De novo genes
575
description Although the genome sequencing revolution is still in its infancy, we must acknowledge it as the major driver of biology since the beginning of the 21st century. The availability of a large collection of complete mammalian genomes due to high-throughput sequencing technologies allows us to begin the exploration of how the evolutionary diversification of gene content reflects the ecological adaptations of different taxa. Novelty arises in evolution through the transformation or combination of existing systems and, as shown recently, also from scratch. This thesis is centered around these different mechanisms of evolutionary innovation. It includes a common methodological part in which we propose a simple method to optimize multiple alignments and examine its effect in positive selection analyses, the exploration of the origin and evolution of mammalian-specific genes, and the study of gene regulation in mammalian adaptations (e.g. hibernation) using high-throughput technologies.
publishDate 2015
dc.date.none.fl_str_mv 2015
2016
2016
dc.type.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.none.fl_str_mv http://hdl.handle.net/10803/397756
url http://hdl.handle.net/10803/397756
dc.language.none.fl_str_mv Inglés
language_invalid_str_mv Inglés
dc.rights.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv 216 p.
application/pdf
application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv Universitat Pompeu Fabra
publisher.none.fl_str_mv Universitat Pompeu Fabra
dc.source.none.fl_str_mv TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
reponame:TDR. Tesis Doctorales en Red
instname:CBUC, CESCA
instname_str CBUC, CESCA
reponame_str TDR. Tesis Doctorales en Red
collection TDR. Tesis Doctorales en Red
repository.name.fl_str_mv
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1869422553290768384
score 15,300719

Similares en LA Referencia