The Role of mutational processes in the evolution of somatic tissues and malignancy

Cells of our body are constantly exposed to events that can create lesions in the DNA. If unremoved by the DNA repair mechanisms, the lesion may lead to a mutational event. Some of these events might drive the transformation of a healthy cell to a malignant one. This thesis focuses on understanding...

ver descrição completa

Detalhes bibliográficos
Autor: Pich Roselló, Oriol
Formato: tesis doctoral
Estado:Versión publicada
Fecha de publicación:2021
País:España
Recursos:CBUC, CESCA
Repositorio:TDR. Tesis Doctorales en Red
OAI Identifier:oai:www.tdx.cat:10803/671532
Acesso em linha:http://hdl.handle.net/10803/671532
Access Level:acceso abierto
Palavra-chave:Cancer
Genomics
Evolution
Chemotherapy
Mutational processes càncer
Genòmica
Evolució
Quimioteràpia
Processos mutacionals
576
id ES_e2d2f9acdbee81c2abefd7c65d1d5d2e
oai_identifier_str oai:www.tdx.cat:10803/671532
network_acronym_str ES
network_name_str España
repository_id_str
spelling The Role of mutational processes in the evolution of somatic tissues and malignancyPich Roselló, OriolCancerGenomicsEvolutionChemotherapyMutational processes càncerGenòmicaEvolucióQuimioteràpiaProcessos mutacionals576Cells of our body are constantly exposed to events that can create lesions in the DNA. If unremoved by the DNA repair mechanisms, the lesion may lead to a mutational event. Some of these events might drive the transformation of a healthy cell to a malignant one. This thesis focuses on understanding the generation of mutations and their positive selection in somatic tissues. First, we study the coding and noncoding driver landscape of more than 2500 patients. We also attempt to distinguish driver and passenger mutations in driver genes, and link them to mutational processes. We then study the mutations related to chemotherapies in both tumoral and healthy cells, as well as the effects of treatment in clonal hematopoiesis (CH). We also perform a systematic discovery of CH driver genes. Lastly, we study the interplay of DNA damage and repair in nucleosome-bound DNA, uncovering a 10bp periodic mutation rate which might have influenced the genome composition in eukarya.Les cèl·lules del nostre cos estan constantment exposades a esdeveniments que poden lesionar l’ADN. Si aquestes lesions no són eliminades pels mecanismes de reparació, poden causar mutacions. Alguns d’aquests podrien ajudar a transformar una cèl·lula sana en una maligna. Aquesta tesi doctoral té com objectiu estudiar la generació de les mutacions i com són seleccionades positivament als teixits somàtics. Primer, estudiem el panorama de drivers en zones codificant i no codificant en més de 2500 pacients. També intentem distingir quines mutacions són driver de les passenger, i les relacionem amb els processos mutacionals. Després estudiem les mutacions relacionades amb la quimioteràpia en cèl·lules sanes i tumorals, i també l’efecte que tenen a la hematopoesi clonal. D’aquest últim fenomen en descobrim els gens drivers. Per últim, estudiem la relació entre el dany a l’ADN i els mecanismes de reparació quan la molècula s’empaqueta en nucleosomes. Aquesta relació deixa una periodicitat de 10 parells de bases que pot haver influenciat la composició del genoma dels eucariotes.Programa de doctorat en BiomedicinaLópez Bigas, NúriaGonzález-Pérez, AbelUniversitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut202120212021info:eu-repo/semantics/doctoralThesisinfo:eu-repo/semantics/publishedVersion330 p.application/pdfapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/10803/671532TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)reponame:TDR. Tesis Doctorales en Redinstname:CBUC, CESCAInglésADVERTIMENT. Tots els drets reservats. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.info:eu-repo/semantics/openAccessoai:www.tdx.cat:10803/6715322026-06-14T12:46:07Z
dc.title.none.fl_str_mv The Role of mutational processes in the evolution of somatic tissues and malignancy
title The Role of mutational processes in the evolution of somatic tissues and malignancy
spellingShingle The Role of mutational processes in the evolution of somatic tissues and malignancy
Pich Roselló, Oriol
Cancer
Genomics
Evolution
Chemotherapy
Mutational processes càncer
Genòmica
Evolució
Quimioteràpia
Processos mutacionals
576
title_short The Role of mutational processes in the evolution of somatic tissues and malignancy
title_full The Role of mutational processes in the evolution of somatic tissues and malignancy
title_fullStr The Role of mutational processes in the evolution of somatic tissues and malignancy
title_full_unstemmed The Role of mutational processes in the evolution of somatic tissues and malignancy
title_sort The Role of mutational processes in the evolution of somatic tissues and malignancy
dc.creator.none.fl_str_mv Pich Roselló, Oriol
author Pich Roselló, Oriol
author_facet Pich Roselló, Oriol
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv López Bigas, Núria
González-Pérez, Abel
Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut
dc.subject.none.fl_str_mv Cancer
Genomics
Evolution
Chemotherapy
Mutational processes càncer
Genòmica
Evolució
Quimioteràpia
Processos mutacionals
576
topic Cancer
Genomics
Evolution
Chemotherapy
Mutational processes càncer
Genòmica
Evolució
Quimioteràpia
Processos mutacionals
576
description Cells of our body are constantly exposed to events that can create lesions in the DNA. If unremoved by the DNA repair mechanisms, the lesion may lead to a mutational event. Some of these events might drive the transformation of a healthy cell to a malignant one. This thesis focuses on understanding the generation of mutations and their positive selection in somatic tissues. First, we study the coding and noncoding driver landscape of more than 2500 patients. We also attempt to distinguish driver and passenger mutations in driver genes, and link them to mutational processes. We then study the mutations related to chemotherapies in both tumoral and healthy cells, as well as the effects of treatment in clonal hematopoiesis (CH). We also perform a systematic discovery of CH driver genes. Lastly, we study the interplay of DNA damage and repair in nucleosome-bound DNA, uncovering a 10bp periodic mutation rate which might have influenced the genome composition in eukarya.
publishDate 2021
dc.date.none.fl_str_mv 2021
2021
2021
dc.type.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.none.fl_str_mv http://hdl.handle.net/10803/671532
url http://hdl.handle.net/10803/671532
dc.language.none.fl_str_mv Inglés
language_invalid_str_mv Inglés
dc.rights.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv 330 p.
application/pdf
application/pdf
dc.source.none.fl_str_mv TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
reponame:TDR. Tesis Doctorales en Red
instname:CBUC, CESCA
instname_str CBUC, CESCA
reponame_str TDR. Tesis Doctorales en Red
collection TDR. Tesis Doctorales en Red
repository.name.fl_str_mv
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1869422445912391680
score 15,300724

Registos relacionados