Genomic signatures of conditional selection in different copy number states in human cancers
Determinar qué genes están bajo selección durante la evolución del cáncer puede explicar cómo se forman y progresan los tumores, y sugerir nuevos objetivos terapéuticos. Sin embargo, la detección de selección utilizando datos de mutaciones somáticas es un desafío. Presentamos MutMatch, una metodolog...
| Autor: | |
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| Tipo de recurso: | tesis doctoral |
| Estado: | Versión publicada |
| Fecha de publicación: | 2023 |
| País: | España |
| Institución: | CBUC, CESCA |
| Repositorio: | TDR. Tesis Doctorales en Red |
| OAI Identifier: | oai:www.tdx.cat:10803/688354 |
| Acceso en línea: | http://hdl.handle.net/10803/688354 |
| Access Level: | acceso abierto |
| Palabra clave: | Cancer genomics evolution conditional selection somatic mutations Cáncer genómica evolución selección condicional mutaciones somáticas 575 |
| Sumario: | Determinar qué genes están bajo selección durante la evolución del cáncer puede explicar cómo se forman y progresan los tumores, y sugerir nuevos objetivos terapéuticos. Sin embargo, la detección de selección utilizando datos de mutaciones somáticas es un desafío. Presentamos MutMatch, una metodología estadística que puede estimar tanto la fuerza de selección en diferentes condiciones como el cambio de selección específico de la condición. El método MutMatch incluye la heterogeneidad de la tasa base de mutación, la ambigüedad generada por alteraciones en las dosis de genes y los patrones de mutación de trinucleótidos. Aplicamos MutMatch para estudiar los efectos de selección específicos en diferentes dosis de genes impulsores en cánceres humanos. A continuación, buscamos patrones genómicos de selección negativa en regiones poco mutadas de oncogenes conocidos y genes esenciales para las células. Finalmente, identificamos al menos cuatro tendencias que varían independientemente en los efectos de selección en los genes impulsores, lo que puede proporcionar una clasificación de los mecanismos de activación de oncogenes e inactivación de genes supresores mediante combinaciones de alteraciones genéticas en tumores humanos. |
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