Fungal phylogenomics.A global analysis of fungal genomes and their evolution

Fungi is the eukaryotic group with a largest amount of completely sequenced species and therefore it is particularly well suited for comparative genomics analyses. <br/>A species tree is often an important part of phylogenomics analysis. Concern about its reliability led us to design several m...

Descripción completa

Detalles Bibliográficos
Autor: Marcet Houben, Marina
Tipo de recurso: tesis doctoral
Estado:Versión publicada
Fecha de publicación:2010
País:España
Institución:CBUC, CESCA
Repositorio:TDR. Tesis Doctorales en Red
OAI Identifier:oai:www.tdx.cat:10803/8685
Acceso en línea:http://www.tdx.cat/TDX-1013110-154831
http://hdl.handle.net/10803/8685
Access Level:acceso abierto
Palabra clave:Arbre de les espècies
Fongs
Transferència horitzontal de gens
Filofenòmica
577
579
id ES_e044c95a076b3b1a429b2c50ecea5347
oai_identifier_str oai:www.tdx.cat:10803/8685
network_acronym_str ES
network_name_str España
repository_id_str
spelling Fungal phylogenomics.A global analysis of fungal genomes and their evolutionMarcet Houben, MarinaArbre de les espèciesFongsTransferència horitzontal de gensFilofenòmica577579Fungi is the eukaryotic group with a largest amount of completely sequenced species and therefore it is particularly well suited for comparative genomics analyses. <br/>A species tree is often an important part of phylogenomics analysis. Concern about its reliability led us to design several methods by which we could identify nodes in the species tree that were poorly supported by a whole phylome. We determined that the species tree was mostly well supported but some nodes showed large discrepancies to most genes.<br/>These results could partly be attributed to evolutionary events that result in topological changes in gene trees. Our analyses have shown that HGT plays an important role in fungal evolution. Gene duplications followed by differential loss are also often the cause of incongruence. The OXPHOS pathway, despite being formed by multi-protein complexes, has been affected by this process at similar levels than the rest of the genome.Els fongs són el grup d'espècies eucariotes amb un major nombre de genomes completament seqüenciats. Per això són un grup ideal on aplicar tècniques filogenòmiques. <br/>L'arbre de les espècies és un punt clau en molts anàlisis filogenòmics i com a tal necessitem saber si és fiable. Hem dissenyat diferents mesures que aprofiten la informació d'un filoma per identificar aquells punts en l'arbre de les especies que no estan ben suportats. Les discrepàncies que hem trobat poden ser degudes a successos evolutius (transferència horitzontal, duplicacions,...). Hem demostrat que la transferència horitzontal juga un paper important en l'evolució de fongs. També hem estudiat els efectes de duplicacions en l'evolució de la via metabòlica de la fosforilació oxidativa.<br/>Podem concloure que l'arbre de les especies és majoritàriament robust, però que necessitem ser capaços d'identificar nodes subjectes a variacions. Successos evolutius poden ser la causa de les discrepàncies observades en els arbres gènics.Universitat Rovira i VirgiliGabaldón Estevan, Juan Antonio, 1973-Universitat Rovira i Virgili. Departament de Bioquímica i Biotecnologia2011201020102010info:eu-repo/semantics/doctoralThesisinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionapplication/pdfapplication/pdfhttp://www.tdx.cat/TDX-1013110-154831http://hdl.handle.net/10803/8685TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)reponame:TDR. Tesis Doctorales en Redinstname:CBUC, CESCAInglésADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.info:eu-repo/semantics/openAccessoai:www.tdx.cat:10803/86852026-06-14T12:46:07Z
dc.title.none.fl_str_mv Fungal phylogenomics.A global analysis of fungal genomes and their evolution
title Fungal phylogenomics.A global analysis of fungal genomes and their evolution
spellingShingle Fungal phylogenomics.A global analysis of fungal genomes and their evolution
Marcet Houben, Marina
Arbre de les espècies
Fongs
Transferència horitzontal de gens
Filofenòmica
577
579
title_short Fungal phylogenomics.A global analysis of fungal genomes and their evolution
title_full Fungal phylogenomics.A global analysis of fungal genomes and their evolution
title_fullStr Fungal phylogenomics.A global analysis of fungal genomes and their evolution
title_full_unstemmed Fungal phylogenomics.A global analysis of fungal genomes and their evolution
title_sort Fungal phylogenomics.A global analysis of fungal genomes and their evolution
dc.creator.none.fl_str_mv Marcet Houben, Marina
author Marcet Houben, Marina
author_facet Marcet Houben, Marina
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Gabaldón Estevan, Juan Antonio, 1973-
Universitat Rovira i Virgili. Departament de Bioquímica i Biotecnologia
dc.subject.none.fl_str_mv Arbre de les espècies
Fongs
Transferència horitzontal de gens
Filofenòmica
577
579
topic Arbre de les espècies
Fongs
Transferència horitzontal de gens
Filofenòmica
577
579
description Fungi is the eukaryotic group with a largest amount of completely sequenced species and therefore it is particularly well suited for comparative genomics analyses. <br/>A species tree is often an important part of phylogenomics analysis. Concern about its reliability led us to design several methods by which we could identify nodes in the species tree that were poorly supported by a whole phylome. We determined that the species tree was mostly well supported but some nodes showed large discrepancies to most genes.<br/>These results could partly be attributed to evolutionary events that result in topological changes in gene trees. Our analyses have shown that HGT plays an important role in fungal evolution. Gene duplications followed by differential loss are also often the cause of incongruence. The OXPHOS pathway, despite being formed by multi-protein complexes, has been affected by this process at similar levels than the rest of the genome.
publishDate 2010
dc.date.none.fl_str_mv 2010
2010
2010
2011
dc.type.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.none.fl_str_mv http://www.tdx.cat/TDX-1013110-154831
http://hdl.handle.net/10803/8685
url http://www.tdx.cat/TDX-1013110-154831
http://hdl.handle.net/10803/8685
dc.language.none.fl_str_mv Inglés
language_invalid_str_mv Inglés
dc.rights.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv Universitat Rovira i Virgili
publisher.none.fl_str_mv Universitat Rovira i Virgili
dc.source.none.fl_str_mv TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
reponame:TDR. Tesis Doctorales en Red
instname:CBUC, CESCA
instname_str CBUC, CESCA
reponame_str TDR. Tesis Doctorales en Red
collection TDR. Tesis Doctorales en Red
repository.name.fl_str_mv
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1869422186804019200
score 15.300719

Similares en LA Referencia