Dynamics and impact of mobile genetic elements in the moss physcomitrium patens|
Els elements genètics mòbils son material genètic amb la capacitat de moure's en el genoma o, en alguns casos, entre diferents organismes o cèl·lules. Podem distingir dues classes d'elements genètics mòbils, els virus, que tenen la capacitat de transferir el seu material gènic entre organi...
| Autor: | |
|---|---|
| Tipo de recurso: | tesis doctoral |
| Estado: | Versión publicada |
| Fecha de publicación: | 2022 |
| País: | España |
| Institución: | CBUC, CESCA |
| Repositorio: | TDR. Tesis Doctorales en Red |
| OAI Identifier: | oai:www.tdx.cat:10803/687646 |
| Acceso en línea: | http://hdl.handle.net/10803/687646 |
| Access Level: | acceso abierto |
| Palabra clave: | Elements transposables Elementos transponibles Transposable elements Virus Physcomitrium patens Ciències Experimentals 577 |
| Sumario: | Els elements genètics mòbils son material genètic amb la capacitat de moure's en el genoma o, en alguns casos, entre diferents organismes o cèl·lules. Podem distingir dues classes d'elements genètics mòbils, els virus, que tenen la capacitat de transferir el seu material gènic entre organismes, i els transposons, que es mouen i es repliquen dins el genoma de l'hoste. Els transposons ocupen una fracció important dels genomes eucariotes i mitjançant el seu moviment poden alterar-ne la seva estructura, tenint un paper clau en l'evolució dels genomes. En aquesta tesi s'ha estudiat la dinàmica i l'impacte en Physcomitrium patens de diferents elements mòbils. El primer capítol es centra en l'anàlisi i la comparació de diferents metodologies per tal de detectar la transcripció i mobilització dels transposons utilitzant dades de seqüenciació basades en tecnologies de short-reads, Aquesta anàlisi ens va permetre definir les metodologies que millor s'adapten als objectius d'aquesta tesi. En el segon capítol es van emprar les metodologies seleccionades amb la finalitat d'estudiar la dinàmica dels transposons en el genoma de Physcomitrium patens, detectant varies famílies de retrotransposons i transposons d'ADN que son transcripcionalment actives i que en alguns casos son polimòrfiques a la població. En el tercer capítol es descriu l'anàlisi de l'impacte dels transposons, i en concret d'un retrotransposó amb LTRs anomenat RLG1, tant en l'estructura del genoma com en els gens de Physcomitrium patens, eliminant o, en algun cas, introduint de nou elements RLG1 en llocs concrets del genoma. Finalment, el darrer capítol es centra en la detecció i dinàmica del primer virus descrit a P. patens. Aquest virus, al que hem anomenat Physcomitrium patens Amalagavirus 1 (PPAV1) és un virus endogen present només en algunes accessions de P. patens i que es transmet verticalment, tant per la línia paterna com materna. |
|---|