molecular mechanisms controlling the diurnal oscillation of r-loop formation in arabidopsis thaliana
El rellotge circadiari és un mecanisme cel·lular endogen que sincronitza processos biològics en coordinació amb els cicles de 24 hores del dia i la nit. La funció circadiària és essencial per a la regulació rítmica de processos fonamentals en plantes, incloent-hi, entre altres, el creixement, el des...
| Autor: | |
|---|---|
| Tipo de documento: | tese |
| Data de publicação: | 2024 |
| País: | España |
| Recursos: | Universitat Autònoma de Barcelona |
| Repositório: | Dipòsit Digital de Documents de la UAB |
| Idioma: | inglês |
| OAI Identifier: | oai:ddd.uab.cat:301043 |
| Acesso em linha: | https://ddd.uab.cat/record/301043 |
| Access Level: | Acesso embargado |
| Palavra-chave: | Arabidopsis thaliana Rellotge circadià Circadian clock Reloj circadiano R-loop Ciències Experimentals |
| Resumo: | El rellotge circadiari és un mecanisme cel·lular endogen que sincronitza processos biològics en coordinació amb els cicles de 24 hores del dia i la nit. La funció circadiària és essencial per a la regulació rítmica de processos fonamentals en plantes, incloent-hi, entre altres, el creixement, el desenvolupament i les respostes a l'estrès. El sistema circadiari requereix la regulació precisa de la transcripció rítmica dels gens oscil·lants centrals. Durant la transcripció, a diversos organismes s'ha observat la generació d'estructures genòmiques denominades R-loops, compostes per híbrids DNA-RNA i DNA monocatenari no-motlle.Basant-nos en la correlació que existeix entre la transcripció amb el sistema circadiari i els R-loops, plantegem en aquesta Tesi Doctoral descobrir la possible regulació diürna dels R-loops i identificar els components moleculars i mecanismes subjacents que controlen la seva homeòstasi en Arabidopsis thaliana. Utilitzant assajos tipus dot-blot, hem observat que els R-loops presentaven una regulació diària, amb un enriquiment significatiu durant la nit en comparació amb el dia. Els fotoreceptors (PHYTOCHROME B i CRYPTOCHROME 1 i 2), així com diversos components del rellotge, d'expressió tant diürna com nocturna, contribueixen diferencialment a l'acumulació diària dels R-loops. Aquests resultats ressalten la intricada interacció entre la senyalització lumínica i el rellotge circadiari pel control de l'homeòstasi dels R-loops. A més, hem correlacionat positivament la presència de R-loops amb la transcripció activa, fet que s'ha avaluat mitjançant assajos d'acumulació de l'RNA polimerasa II, d'inhibició farmacològica de la transcripció, de compactació de la cromatina i d'anàlisi de plantes mutants de gens relacionats amb la transcripció. Addicionalment, hem trobat que SSRP1 (structure-specific recognition protein 1), un component del complex FACT (FAcilitates Chromatin Transcription), és necessari per a la correcta acumulació de l'RNA polimerasa II, la compactació de la cromatina, l'abundància de marques d'histones i les respostes al dany del DNA. SSRP1 és també responsable de la regulació diària dels R-loops, reduint la seva acumulació principalment durant el dia. En conjunt, els nostres estudis estableixen una connexió directa de la funció de SSRP1 amb la transcripció i l'acumulació diària de R-loops. Aquests resultats obren noves vies per a la manipulació de la transcripció i la regulació circadiària. |
|---|