Bioinformática de plásmidos y dos aplicaciones en biotecnología

Los plásmidos, como Elementos Genéticos Móviles, son una de las fuerzas clave que moldean la evolución de las bacterias a corto plazo. Esta capacidad, que es la que está detrás de la explosión de resistencias a antimicrobianos de las últimas décadas, también puede ser coaptada para proporcionar cara...

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Bibliographic Details
Author: Redondo Salvo, Santiago
Format: doctoral thesis
Publication Date:2023
Country:España
Institution:Universidad de Cantabria (UC)
Repository:UCrea Repositorio Abierto de la Universidad de Cantabria
Language:English
OAI Identifier:oai:repositorio.unican.es:10902/32400
Online Access:https://hdl.handle.net/10902/32400
Access Level:Open access
Keyword:Biotecnología
Bioinformática
Genómica bacteriana
Plásmido
Clasificación de plásmidos
PTU
Unidad Taxonómica Plasmídica
Plasmidoma
Xylella fastidiosa
Erwiniaceae
Pantoea 
Biotechnology
Bioinformatics
Bacterial genomics
Plasmid
Plasmid classification
Plasmid Taxonomic Unit
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description Los plásmidos, como Elementos Genéticos Móviles, son una de las fuerzas clave que moldean la evolución de las bacterias a corto plazo. Esta capacidad, que es la que está detrás de la explosión de resistencias a antimicrobianos de las últimas décadas, también puede ser coaptada para proporcionar características deseables a bacterias de interés biotecnológico. Este trabajo describe una serie de herramientas bioinformáticas para el estudio de plásmidos, entre las que destaca un novedoso método de clasificación basado en el concepto de PTU (Unidad Taxonómica Plasmídica) equivalente al de especie bacteriana. El uso de estas herramientas se ejemplifica con la descripción de dos plasmidomas de interés agrotecnológico: el plasmidoma de Xylella fastidiosa, por la reciente alarma sanitaria de este fitopatógeno en la zona mediterranea, y el plasmidoma de la familia Erwiniaceae, a la que pertenece el género Pantoea y portado habitualmente por las semillas del trigo. Estudios recientes relacionan capacidades bioestimulantes con los plásmidos de Pantoea, abriendo su uso para aplicaciones agrotecnológicas.
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