Theoretical Studies of the Catalytic Mechanism of the Dihydroxyacetone Kinase

Dihydroxyacetone kinases (DHAKs) catalyse the transfer of the phosphoryl group from adenosine triphosphate (ATP) to dihydroxyacetone (Dha) generating Dha phosphate (Dha-P), a very important specie for C-C bond formation in nature. Kinases are present in humans and they are involved in cancer progres...

Descripción completa

Detalles Bibliográficos
Autor: Bordes Pastor, Isabel
Tipo de recurso: tesis doctoral
Estado:Versión publicada
Fecha de publicación:2017
País:España
Institución:CBUC, CESCA
Repositorio:TDR. Tesis Doctorales en Red
OAI Identifier:oai:www.tdx.cat:10803/436901
Acceso en línea:http://hdl.handle.net/10803/436901
http://dx.doi.org/10.6035/14026.2017.149273
http://mediaserver.csuc.cat/tdx/documents/40/84/98/4084984048396410099845584293785676930/
Access Level:acceso abierto
Palabra clave:Dihidroxiacetona quinasa
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Polifosfato inorgánico
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Química
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spelling Theoretical Studies of the Catalytic Mechanism of the Dihydroxyacetone KinaseBordes Pastor, IsabelDihidroxiacetona quinasaCatálisisPolifosfato inorgánicoAdenosín trifosfatoQM/MMFosfatoQuímica544Dihydroxyacetone kinases (DHAKs) catalyse the transfer of the phosphoryl group from adenosine triphosphate (ATP) to dihydroxyacetone (Dha) generating Dha phosphate (Dha-P), a very important specie for C-C bond formation in nature. Kinases are present in humans and they are involved in cancer progression, inflammation and autoimmune disorders. In this Doctoral Thesis, it has been studied the molecular mechanism of the phosphoryl transfer from ATP to Dha in aqueous solution and in the DHAK of Escherichia coli employing the quantum mechanical/molecular mechanical (QM/MM) hybrid methodology. In addition, in collaboration with a experimental group of Madrid, it has been performed the tuning of the phosphoryl donor specificity in the DHAK from Citrobacter freundii, from ATP to inorganic polyphosphate, a very advantageous compound. It has been analyzed the binding effects of this compound with the enzyme and also the chemical reaction with the Dha.Las dihidroxiacetona quinasas (DHAKs) catalizan la transferencia del grupo fosfato desde el adenosin trifosfato (ATP) a la dihidroxiacetona (Dha), generando Dha fosfato (Dha-P), una especie importante para la formación de enlaces C-C en la naturaleza. Las quinasas están presentes en el cuerpo humano e involucradas en el cáncer, la inflamación y los desórdenes autoinmunes. En esta Tesis Doctoral, se ha estudiado el mecanismo de reacción de transferencia de fosfato desde el ATP a la Dha en disolución acuosa y en la DHAK de Escherichia coli empleando la metodología híbrida mecánica cuántica/mecánica molecular (QM/MM). Además, en colaboración con un grupo experimental de Madrid, se ha estudiado la modificación de la especificidad en la DHAK de Citrobacter freundii, desde el ATP al polifosfato inorgánico como dador de fosfatos, un compuesto con grandes ventajas. Se han analizado los efectos de unión de este compuesto con dicha enzima, además de estudiar la reacción química con la Dha.Universitat Jaume IMoliner Ibáñez, VicenteCastillo Solsona, RaquelUniversitat Jaume I. Departament de Química Física i Analítica201720172017info:eu-repo/semantics/doctoralThesisinfo:eu-repo/semantics/publishedVersion320 p.application/pdfapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/10803/436901http://dx.doi.org/10.6035/14026.2017.149273http://mediaserver.csuc.cat/tdx/documents/40/84/98/4084984048396410099845584293785676930/TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)reponame:TDR. Tesis Doctorales en Redinstname:CBUC, CESCAInglésADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.info:eu-repo/semantics/openAccessoai:www.tdx.cat:10803/4369012026-06-14T12:46:07Z
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