Deep Molecular Characterization of Milder Spinal Muscular Atrophy Patients Carrying the c.859G>C Variant in SMN2

Next-generation sequencing; Phenotype–genotype correlations; Spinal muscular atrophy

Detalles Bibliográficos
Autores: Blasco Perez, Laura, Leno Colorado, Jorge, Bernal, Sara, Alias, Laura, Sotoca Fernández, Javier, Juntas Morales, Raul, Costa Comellas, Laura, Cuscó Martín, Ivon, Tizzano Ferrari, Eduardo Fidel, Costa Roger, Mar, Codina Solà, Marta, Martínez Cruz, Desirée, Munell Casadesus, Francina
Tipo de recurso: artículo
Estado:Versión publicada
Fecha de publicación:2022
País:España
Institución:Varias* (Consorci de Biblioteques Universitáries de Catalunya, Centre de Serveis Científics i Acadèmics de Catalunya)
Repositorio:Recercat. Dipósit de la Recerca de Catalunya
OAI Identifier:oai:recercat.cat:11351/8659
Acceso en línea:https://hdl.handle.net/11351/8659
Access Level:acceso abierto
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[Blasco-Pérez L, Costa-Roger M, Leno-Colorado J, Codina-Solà M, Martínez-Cruz D, Tizzano EF] Grup de Recerca de Medicina Genètica, Vall d’Hebron Institut de Recerca (VHIR), Barcelona, Spain. Universitat Autònoma de Barcelona, Bellaterra, Spain. Àrea de Genètica Clínica i Molecular, Vall d’Hebron Hospital Universitari, Barcelona, Spain. Universitat Autònoma de Barcelona, Bellaterra, Spain. [Bernal S, Alias L] Genetics Department and Sant Pau Biomedical Research Institute, Hospital de la Santa Creu i Sant Pau, Barcelona, Spain. Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Raras (CIBERER), Madrid, Spain. [Sotoca J, Juntas R] Unitat de Malalties Neuromusculars, Servei de Neurologia, Vall d’Hebron Hospital Universitari, Barcelona, Spain. [Costa-Comellas L, Munell F] Grup de Recerca en Neurologia Pediàtrica, Vall d’Hebron Institut de Recerca (VHIR), Barcelona, Spain. Vall d’Hebron Hospital Universitari, Barcelona, Spain. Universitat Autònoma de Barcelona, Bellaterra, Spain. [Cuscó I] Grup de Recerca de Medicina Genètica, Vall d’Hebron Institut de Recerca (VHIR), Barcelona, Spain. Universitat Autònoma de Barcelona, Bellaterra, Spain. Àrea de Genètica Clínica i Molecular, Vall d’Hebron Hospital Universitari, Barcelona, Spain. Universitat Autònoma de Barcelona, Bellaterra, Spain. Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Raras (CIBERER), Madrid, Spain
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Copy number and modifier intragenic variants in SMN2, an almost identical paralog gene of SMN1, are known to influence the amount of complete SMN proteins. Therefore, SMN2 is considered the main phenotypic modifier of SMA, although genotype–phenotype correlation is not absolute. We present eleven unrelated SMA patients with milder phenotypes carrying the c.859G>C-positive modifier variant in SMN2. All were studied by a specific NGS method to allow a deep characterization of the entire SMN region. Analysis of two homozygous cases for the variant allowed us to identify a specific haplotype, Smn2-859C.1, in association with c.859G>C. Two other cases with the c.859G>C variant in their two SMN2 copies showed a second haplotype, Smn2-859C.2, in cis with Smn2-859C.1, assembling a more complex allele. We also identified a previously unreported variant in intron 2a exclusively linked to the Smn2-859C.1 haplotype (c.154-1141G>A), further suggesting that this region has been ancestrally conserved. The deep molecular characterization of SMN2 in our cohort highlights the importance of testing c.859G>C, as well as accurately assessing the SMN2 region in SMA patients to gain insight into the complex genotype–phenotype correlations and improve prognostic outcomes.This research was funded by grants from Biogen (ESP-SMG-17-11256), Roche, GaliciAME and Spanish Instituto de Salud Carlos III, Fondo de Investigaciones Sanitarias and co-funded with ERDF funds (grant no. FIS PI18/000687). A grant from Horizon 2020 IMI2 Screen4Care is acknowledged by E.B., and L.T., E.F.T., R.J., J.S., L.C.-C., F.M., E.B., and L.T. are members of the ERN NMD Network for Rare Diseases. E.F.T. is a member of the ERN ITHACA Network for Rare Diseases.MDPIInstitut Català de la Salut[Blasco-Pérez L, Costa-Roger M, Leno-Colorado J, Codina-Solà M, Martínez-Cruz D, Tizzano EF] Grup de Recerca de Medicina Genètica, Vall d’Hebron Institut de Recerca (VHIR), Barcelona, Spain. Universitat Autònoma de Barcelona, Bellaterra, Spain. Àrea de Genètica Clínica i Molecular, Vall d’Hebron Hospital Universitari, Barcelona, Spain. Universitat Autònoma de Barcelona, Bellaterra, Spain. [Bernal S, Alias L] Genetics Department and Sant Pau Biomedical Research Institute, Hospital de la Santa Creu i Sant Pau, Barcelona, Spain. Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Raras (CIBERER), Madrid, Spain. [Sotoca J, Juntas R] Unitat de Malalties Neuromusculars, Servei de Neurologia, Vall d’Hebron Hospital Universitari, Barcelona, Spain. [Costa-Comellas L, Munell F] Grup de Recerca en Neurologia Pediàtrica, Vall d’Hebron Institut de Recerca (VHIR), Barcelona, Spain. Vall d’Hebron Hospital Universitari, Barcelona, Spain. Universitat Autònoma de Barcelona, Bellaterra, Spain. [Cuscó I] Grup de Recerca de Medicina Genètica, Vall d’Hebron Institut de Recerca (VHIR), Barcelona, Spain. Universitat Autònoma de Barcelona, Bellaterra, Spain. Àrea de Genètica Clínica i Molecular, Vall d’Hebron Hospital Universitari, Barcelona, Spain. Universitat Autònoma de Barcelona, Bellaterra, Spain. Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Raras (CIBERER), Madrid, SpainVall d'Hebron Barcelona Hospital Campus202220222022info:eu-repo/semantics/articleinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionapplication/pdfhttps://hdl.handle.net/11351/8659Scientiareponame:Recercat. Dipósit de la Recerca de Catalunyainstname:Varias* (Consorci de Biblioteques Universitáries de Catalunya, Centre de Serveis Científics i Acadèmics de Catalunya)InglésInternational Journal of Molecular Sciences;23(15)https://doi.org/10.3390/ijms23158289info:eu-repo/grantAgreement/ES/PE2013-2016/PI18%2F000687Attribution 4.0 Internationalhttp://creativecommons.org/licenses/by/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccessoai:recercat.cat:11351/86592026-05-29T05:05:01Z
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