Desarrollo de una interfaz para conectar con la base de datos de TCGA y favorecer la descarga de datos
El acceso a datos y modelos es esencial para la investigación científica en la actualidad, especialmente en el campo de la bioinformática. Sin embargo, los datos biológicos pueden ser complejos, difíciles de manejar y pueden estar disponibles en formatos muy diversos, lo que puede impedir el acceso...
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| Tipo de recurso: | tesis de maestría |
| Fecha de publicación: | 2023 |
| País: | España |
| Institución: | Universitat Oberta de Catalunya (UOC) |
| Repositorio: | O2, repositorio institucional de la UOC |
| OAI Identifier: | oai:openaccess.uoc.edu:10609/148287 |
| Acceso en línea: | http://hdl.handle.net/10609/148287 |
| Access Level: | acceso abierto |
| Palabra clave: | RStudio bioinformatics TCGA database development package Bioinformatics -- TFM Bioinformàtica -- TFM |
| Sumario: | El acceso a datos y modelos es esencial para la investigación científica en la actualidad, especialmente en el campo de la bioinformática. Sin embargo, los datos biológicos pueden ser complejos, difíciles de manejar y pueden estar disponibles en formatos muy diversos, lo que puede impedir el acceso a ellos y limitar la capacidad de los investigadores para interpretarlos y obtener nuevos conocimientos. El objetivo inicial de este trabajo era el desarrollo de un módulo para el lenguaje de programación R que permitiese la interacción con la base de datos del GDC a través de las APIS publicadas por esta. A raíz de las investigaciones iniciales, se descubrió que ya existía un componente que proporcionaba la interacción que se estaba desarrollando, por lo que se reorientaron los objetivos del mismo a la investigación y documentación de la estructura de dicha base de datos, del componente existente y a la creación de un tutorial de uso del mismo. En el presente trabajo proporciona un resumen de la estructura de datos de la base de datos del GDC y se complementa con un tutorial interactivo desarrollado sobre R y Shiny que tiene como objetivo dotar a los usuarios de los conocimientos necesarios para poder utilizar el módulo GenomicDataCommons en sus futuras investigaciones. La herramienta se centra en las funciones más importantes de la librería y está complementada con ejemplos prácticos y un Dashboard que permite tener una primera impresión de los datos almacenados en la base de datos. |
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