Adaptation and development of culture-independent techniques for the indentification and enumeration of microorganisms in wine fermentations

The objective of this thesis was the adaptation and validation of different culture-independent techniques for detection and quantification of the microbiota present in wine fermentation. We tested the QPCR (PCR quantitative) for the quantification and monitoring of key species. The ecological diver...

ver descrição completa

Detalhes bibliográficos
Autor: Andorrà Solsona, Immaculada
Formato: tesis doctoral
Estado:Versión publicada
Fecha de publicación:2010
País:España
Recursos:Universitat Rovira i virgili (URV)
Repositorio:Repositori Institucional de la Universitat Rovira i Virgili
OAI Identifier:oai:urv.cat:TDX:469
Acesso em linha:https://hdl.handle.net/20.500.11797/TDX469
http://hdl.handle.net/10803/8690
Access Level:acceso abierto
Palavra-chave:663/664 - Aliments i nutrició. Enologia. Olis. Greixos
579 - Microbiologia
577 - Bioquímica. Biologia molecular. Biofísica
574 - Ecologia general i biodiversitat
id ES_b89a1300afeccde656e5024e8ea9d11c
oai_identifier_str oai:urv.cat:TDX:469
network_acronym_str ES
network_name_str España
repository_id_str
spelling Adaptation and development of culture-independent techniques for the indentification and enumeration of microorganisms in wine fermentationsAndorrà Solsona, Immaculada663/664 - Aliments i nutrició. Enologia. Olis. Greixos579 - Microbiologia577 - Bioquímica. Biologia molecular. Biofísica574 - Ecologia general i biodiversitatThe objective of this thesis was the adaptation and validation of different culture-independent techniques for detection and quantification of the microbiota present in wine fermentation. We tested the QPCR (PCR quantitative) for the quantification and monitoring of key species. The ecological diversity was analyzed by DGGE (denaturing gradient gel electrophoresis) and by cloning of a ribosomal fragment. However, we studied the application of in Situ Hybridization (FISH) and QPCR with specific dyes to differentiate between live and dead cells. These techniques were applied in industrial fermentations, being significant the detection of acetic acid bacteria and Non-Saccharomyces yeast in concentrations higher than those identified as culturable populations. We studied the interactions between Saccharomyces and Non-Saccharomyces yeast in the laboratory, observing their survival in these viable but non-culturable state. These culture-independent techniques indicate a population and microbial dynamics previously unnoticed.L'objectiu d'aquesta tesi va ser l'adaptació i validació de diferents tècniques independents de cultiu per a la detecció i quantificació de la microbiota present a la fermentació vínica. Es van assajar la QPCR (PCR quantitativa) per a la quantificació i seguiment d'espècies clau i la diversitat ecològica es va analitzar per DGGE (electroforesi en gel desnaturalitzant) i la clonació d'un fragment ribosomal.Tanmateix es va estudiar l'aplicació de la Hibridació in Situ (FISH) i la QPCR amb colorants específics per tal de diferenciar cèl·lules vives i mortes. Aquestes tècniques es varen aplicar a fermentacions industrials, essent notable la detecció de bacteris acètics i llevats No-Saccharomyces en concentracions superiors a les detectades com a poblacions cultivables. Es van estudiar interaccions entre llevats Saccharomyces i No-Saccharomyces al laboratori, observant-ne la supervivència d'aquestes en estats viables però no cultivables. Aquestes tècniques independents de cultiu indiquen una població i dinàmiques microbianes prèviament desapercebudes.Universitat Rovira i Virgili Departament de Bioquímica i BiotecnologiaUniversitat Rovira i Virgili.2010info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://hdl.handle.net/20.500.11797/TDX469http://hdl.handle.net/10803/8690urn:isbn:9788469388594reponame:Repositori Institucional de la Universitat Rovira i Virgiliinstname:Universitat Rovira i virgili (URV)Inglésinfo:eu-repo/semantics/openAccessADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà  indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al repositori institucional de la Universitat Rovira i Virgili. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a aquest repositori (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.oai:urv.cat:TDX:4692026-06-23T12:42:27Z
dc.title.none.fl_str_mv Adaptation and development of culture-independent techniques for the indentification and enumeration of microorganisms in wine fermentations
title Adaptation and development of culture-independent techniques for the indentification and enumeration of microorganisms in wine fermentations
spellingShingle Adaptation and development of culture-independent techniques for the indentification and enumeration of microorganisms in wine fermentations
Andorrà Solsona, Immaculada
663/664 - Aliments i nutrició. Enologia. Olis. Greixos
579 - Microbiologia
577 - Bioquímica. Biologia molecular. Biofísica
574 - Ecologia general i biodiversitat
title_short Adaptation and development of culture-independent techniques for the indentification and enumeration of microorganisms in wine fermentations
title_full Adaptation and development of culture-independent techniques for the indentification and enumeration of microorganisms in wine fermentations
title_fullStr Adaptation and development of culture-independent techniques for the indentification and enumeration of microorganisms in wine fermentations
title_full_unstemmed Adaptation and development of culture-independent techniques for the indentification and enumeration of microorganisms in wine fermentations
title_sort Adaptation and development of culture-independent techniques for the indentification and enumeration of microorganisms in wine fermentations
dc.creator.none.fl_str_mv Andorrà Solsona, Immaculada
author Andorrà Solsona, Immaculada
author_facet Andorrà Solsona, Immaculada
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Departament de Bioquímica i Biotecnologia
Universitat Rovira i Virgili.
dc.subject.none.fl_str_mv 663/664 - Aliments i nutrició. Enologia. Olis. Greixos
579 - Microbiologia
577 - Bioquímica. Biologia molecular. Biofísica
574 - Ecologia general i biodiversitat
topic 663/664 - Aliments i nutrició. Enologia. Olis. Greixos
579 - Microbiologia
577 - Bioquímica. Biologia molecular. Biofísica
574 - Ecologia general i biodiversitat
description The objective of this thesis was the adaptation and validation of different culture-independent techniques for detection and quantification of the microbiota present in wine fermentation. We tested the QPCR (PCR quantitative) for the quantification and monitoring of key species. The ecological diversity was analyzed by DGGE (denaturing gradient gel electrophoresis) and by cloning of a ribosomal fragment. However, we studied the application of in Situ Hybridization (FISH) and QPCR with specific dyes to differentiate between live and dead cells. These techniques were applied in industrial fermentations, being significant the detection of acetic acid bacteria and Non-Saccharomyces yeast in concentrations higher than those identified as culturable populations. We studied the interactions between Saccharomyces and Non-Saccharomyces yeast in the laboratory, observing their survival in these viable but non-culturable state. These culture-independent techniques indicate a population and microbial dynamics previously unnoticed.
publishDate 2010
dc.date.none.fl_str_mv 2010
dc.type.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.none.fl_str_mv https://hdl.handle.net/20.500.11797/TDX469
http://hdl.handle.net/10803/8690
url https://hdl.handle.net/20.500.11797/TDX469
http://hdl.handle.net/10803/8690
dc.language.none.fl_str_mv Inglés
language_invalid_str_mv Inglés
dc.rights.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv Universitat Rovira i Virgili
publisher.none.fl_str_mv Universitat Rovira i Virgili
dc.source.none.fl_str_mv urn:isbn:9788469388594
reponame:Repositori Institucional de la Universitat Rovira i Virgili
instname:Universitat Rovira i virgili (URV)
instname_str Universitat Rovira i virgili (URV)
reponame_str Repositori Institucional de la Universitat Rovira i Virgili
collection Repositori Institucional de la Universitat Rovira i Virgili
repository.name.fl_str_mv
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1869417663865815040
score 15,301603

Registos relacionados