Impacte dels mecanismes epigenètics en la migranya
Diversos estudis pilot han estudiat el rol dels microARNs (miARNs) en la migranya. No obstant això, els estudis són poc comparables i reproduïbles degut a l'alt grau d'heterogeneïtat que existeix entre els grups. Així doncs, l'objectiu de la present tesi és identificar i validar un pa...
| Autor: | |
|---|---|
| Tipo de recurso: | tesis doctoral |
| Fecha de publicación: | 2023 |
| País: | España |
| Institución: | Universitat Autònoma de Barcelona |
| Repositorio: | Dipòsit Digital de Documents de la UAB |
| Idioma: | catalán |
| OAI Identifier: | oai:ddd.uab.cat:287124 |
| Acceso en línea: | https://ddd.uab.cat/record/287124 |
| Access Level: | acceso abierto |
| Palabra clave: | Migranya Migraña Migraine Epigenètica Epigenética Epigenetics MicroARN MicroRNA Ciències de la Salut 616.8 |
| Sumario: | Diversos estudis pilot han estudiat el rol dels microARNs (miARNs) en la migranya. No obstant això, els estudis són poc comparables i reproduïbles degut a l'alt grau d'heterogeneïtat que existeix entre els grups. Així doncs, l'objectiu de la present tesi és identificar i validar un patró d'expressió diferencial de miARNs en cèl·lules mononuclears de la sang perifèrica (PBMC) en una cohort molt ben controlada d'individus amb migranya i controls sans (HC). Per dur a terme aquest objectiu, s'ha plantejat un disseny experimental basat en tres estudis seqüencials: (a) una prova exploratòria per a estimar l'efecte de l'anàlisi i ajustar la grandària de la mostra en (b) l'estudi principal i, finalment, (c) replicar les troballes en una tercera etapa en un estudi de validació. Es va reclutar individus diagnosticats de migranya i HC que negaven tenir antecedents familiars de primer o segon grau amb cefalea recurrent. Tots els participants van completar també un qüestionari molt exhaustiu per a controlar els factors ambientals. Es va realitzar l'extracció de l'ARN i es va estudiar el perfil d'expressió diferencial de miARNs mitjançant microxips específics durant els estudis exploratori i principal. Vam realitzar una anàlisi de les components principals i una anàlisis de clusterització jeràrquica per a estudiar la distribució de les mostres i detectar un possible efecte Batch. L'anàlisi diferencial es va realitzar mitjançant l'ajustament de models lineals basats en un enfocament Bayesià de la prova t de Student moderada. La selecció dels millors transcrits es va dur a terme mitjançant una tasca de classificació basada en arbres de decisió que rep el nom de Random Forest (RF), un algoritme de classificació supervisat, i un mètode de remostreig (bootstrapping) per a controlar l'estabilitat dels resultats. Per a la validació dels miARNs seleccionats, es va dur a terme una amplificació i seqüenciació en una cohort externa mitjançant qRT-PCR. Una vegada estimada la quantificació relativa (RQ) de cada transcrit, es va ajustar models lineals generalitzats d'efectes mixtes per a estudiar si hi havia diferències en l'expressió de cada miARN entre els grups d'estudi. Finalment, vam predir in silico els gens diana d'aquest perfil de miARN i vam identificar les xarxes d'interacció proteïna-proteïna associades a aquests gens per tal de trobar les subxarxes ontològiques més representatives. Un total de 313 participants (108 HC i 205 pacients) van ser inclosos durant els tres sub-estudis d'aquest projecte i, després de realitzar la tasca de classificació, vam identificar un total de 23 DE miARNs (5 sobre-expressats i 18 infra-expressats) entre els controls i els pacients. El model de classificació va presentar una precisió del 87,8% (IC95%, 73,8% - 95,9%). Per a dur a terme la validació, vam decidir quantificar els 3 millors miARNs de la signatura dels 23: miR-DOWN006, miR-DOWN002 i el miR-DOWN017. Tanmateix, només vam obtenir la RQ del miR-DOWN006, que es va expressar en el 97,2% de les mostres i del miR-DOWN002, que es va expressar en el 87,3%; tots dos transcrits infra-expressats en individus diagnosticats de migranya. L'anàlisi funcional d'aquests 2 miARNs va enriquir vies ontològiques que s'han associat prèviament amb la migranya: vies de senyalització hormonal, vies de neurotransmissió sinàptica, vies associades a la inflamació, vies associades a l'homeòstasi energètica , vies associades al desenvolupament neuronal i mecanismes d'adaptació a l'ambient. Les dades aportades per aquesta tesi ens poden ajudar a desenvolupar el primer kit per a fenotipar la migranya mitjançant l'ús d'indicadors quantitatius. D'aquesta manera, podrem (i) reduir l'estigma associat a la malaltia, (ii) diagnosticar millor als pacients i (iii) a tractar-los precoçment. |
|---|