Bulk and Single-Cell Omics for Characterizing Sperm Cryo-tolerance, the Functional Genome of Spermatogenic Cells, and Spermatid Survival in Swine
La producció porcina s'enfronta a desafiaments importants de tipus reproductiu, que son crucials per a l'eficiència dels programes d'inseminació artificial. La qualitat del semen varia àmpliament entre verros, la qual cosa fa essencial millorar la comprensió sobre la base molecular de...
| Autor: | |
|---|---|
| Tipo de recurso: | tesis doctoral |
| Estado: | Versión publicada |
| Fecha de publicación: | 2024 |
| País: | España |
| Institución: | CBUC, CESCA |
| Repositorio: | TDR. Tesis Doctorales en Red |
| OAI Identifier: | oai:www.tdx.cat:10803/693100 |
| Acceso en línea: | http://hdl.handle.net/10803/693100 |
| Access Level: | acceso embargado |
| Palabra clave: | Genòmica Genomics Genómica Espermatogènic Spermatogenic Espermatogénico Porc Swine Cerdo Ciències de la Salut 575 |
| Sumario: | La producció porcina s'enfronta a desafiaments importants de tipus reproductiu, que son crucials per a l'eficiència dels programes d'inseminació artificial. La qualitat del semen varia àmpliament entre verros, la qual cosa fa essencial millorar la comprensió sobre la base molecular de la funció espermàtica. Cal doncs, identificar marcadors moleculars per a diferents caracters espermàtics. Els estudis presentats en aquesta tesi pretenen exploren els mecanismes moleculars subjacents a la criotolerància espermàtica, un paràmetre important per al sector porcí, l'arquitectura funcional del genoma espermàtic i la supervivència de les espermàtides, en porcí. En l'article I, vam avaluar l'efecte sobre el transcriptoma espermàtic del porc de la purificació d'ejaculats amb BoviPure™. Anàlisi de tipus RNA-Seq i d'expressió diferencial entre ejaculats purificats i no purificats, va mostrar una alta similitud entre grups. No obstant, 372 gens van mostrar una abundància diferencial de RNA. La llista de gens diferencialment abundants estava sobre-representada per gens específics de l'epidídim, la qual cosa suggereix que la purificació va eliminar cèl·lules epitelials epididimàries, vesícules extracel·lulars epididimàries o cèl·lules espermàtiques que havien incorporat RNA epididimaris. En l'article II, es va realitzar un GWAS i una anàlisi d'RNA-Seq (RNA total i RNA petit) en 99 i 20 ejaculats de semen, respectivament, cadascun procedent d'un verro Pietrain diferent. L’objectiu era identificar factors genètics i transcriptòmics que influencien la criotolerància espermàtica en porcs. Vam identificar una associació GWAS al cromosoma 12. L’estudi dels RNAs va permetre identificar 13 gens llurs nivells de RNA variaven segons la criotolerància espermàtica. Aquests gens estaven principalment relacionats amb l'estrès oxidatiu i la funció mitocondrial. En l'article III, vàrem caracteritzar l'estructura de la cromatina dels espermatozoides porcins mitjançant el mapatge de les fraccions de cromatina mono- i sub-nucleosòmica de dues mostres. Per a tal fi, es va emprar la nucleasa micrococcal i el seqüenciament d'alt rendiment (Mnase-Seq). L'anàlisi va permetre identificar 25.293 pics mono-nucleosòmics i 4.239 sub-nucleosòmics, i s’observà una conservació posicional entre porcs i humans en regions genòmiques relacionades amb el desenvolupament. Les anàlisis d’ontologia gènica i dels motius de factors de transcripció van revelar associacions amb la funció espermàtica i l'embriogènesi, destacant el motiu ZNF263, un factor de transcripció relacionat amb la regulació de l'expressió preferencial paterna en embrions. En l'article IV, un objectiu va ser obtenir els mapes genòmics funcionals (expressió gènica i accessibilitat de la cromatina), indicatius d'elements reguladors actius (promotors, enhancers), per als diferents tipus cèl·lulars del testicle porcí. L’altre objectiu fou identificar variants genètiques amb efecte potencial sobre la supervivència de les espermàtides. Vam utilitzar la tecnologia single cell multiome ATAC + Gene Expression per a seqüenciar el transcriptoma i la cromatina accessible de 18.550 cèl·lules de quatre verros adults de raça Large White. L'anàlisi identificà tots els principals tipus de cèl·lules testiculars i revelà una reducció en l'expressió gènica i l'accessibilitat de la cromatina en espermàtides tardanes, d'acord amb la condensació de la cromatina i la silenciació de l'expressió característics de l'espermatogènesi tardana. Els pics ATAC estaven enriquits vora Transcription Start Sites i gens altament expressats. Dels 3.114 polimorfismes d'un sol nucleòtid (SNP) heterozigots investigats, 773 mostraren desequilibri en la representació al·lèlica a nivell del recompte de seqüencies en espermàtides, que són cèl·lules haploides. Aquest desequilibri al·lèlic pot indicar diferències en la proporció de cèl·lules haploides que porten cada al·lel o variacions en l'expressió gènica o en l'accessibilitat de la cromatina. Es van genotipar in silico vuitanta SNPs en espermàtides i es va comptar el nombre de cèl·lules que portaven cada al·lel. Cinquanta-quatre SNPs van mostrar desequilibri en la representació al·lèlica a nivell del recompte cèl·lular, suggerint un possible efecte al·lèlic en la supervivència de les espermàtides. |
|---|