Mejora en la generación automática de modelos metabólicos (GEM) de organismos relevantes en la industria alimentaria mediante gap filling

Máster Universitario en Bioinformática y Biología Computacional

Detalles Bibliográficos
Autor: Muñoz López, Francisco Manuel
Tipo de recurso: tesis de maestría
Fecha de publicación:2021
País:España
Institución:Universidad Autónoma de Madrid
Repositorio:Biblos-e Archivo. Repositorio Institucional de la UAM
Idioma:inglés
OAI Identifier:oai:repositorio.uam.es:10486/697442
Acceso en línea:http://hdl.handle.net/10486/697442
Access Level:acceso abierto
Palabra clave:Genome-Scale Metabolic Models
Flux Balance Analysis
Gap Filling
Informática
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spelling Mejora en la generación automática de modelos metabólicos (GEM) de organismos relevantes en la industria alimentaria mediante gap fillingMuñoz López, Francisco ManuelGenome-Scale Metabolic ModelsFlux Balance AnalysisGap FillingInformáticaMáster Universitario en Bioinformática y Biología ComputacionalMicrobes have been used at the production of all kinds of food for thousands of years. Over the recent decades, many technologies have been developed in order to address microbial processes. One of these technologies is metabolic modelling, consisting on the in-silico reconstruction of genome-scale metabolic models (GEMs) describing any organism metabolism, which are used for the simulation of metabolic fluxes. A special type of GEM are the multi-strain GEMs, which can be used to study similarities and differences between strains of a species, leading to a variety of applications. However, these models are generated from annotated genomes, which usually contain gaps, resulting in non-functional GEMs. This project aims to design and create a gap filling module, called GGF, for its implementation in Gallant, a workflow for the automated generation of multi-strain GEMs. After the creation and testing of the mentioned module, it will be applied onto a multi-strain GEM made from Lactococcus lactis, a microorganism with high importance in dairy industry.Nogales Enrique, Juan (Tutor)San León Granado, David (Tutor)Escuela Politécnica Superior20212021-06-01master thesishttp://purl.org/coar/resource_type/c_bdccNAhttp://purl.org/coar/version/c_be7fb7dd8ff6fe43info:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/10486/697442reponame:Biblos-e Archivo. Repositorio Institucional de la UAMinstname:Universidad Autónoma de MadridInglésengopen accesshttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2info:eu-repo/semantics/openAccessoai:repositorio.uam.es:10486/6974422026-06-23T12:46:27Z
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