Deep Molecular Characterization of Milder Spinal Muscular Atrophy Patients Carrying the c.859G>C Variant in SMN2

Next-generation sequencing; Phenotype–genotype correlations; Spinal muscular atrophy

Bibliographic Details
Authors: Blasco Perez, Laura, Leno Colorado, Jorge, Bernal, Sara, Alias, Laura, Sotoca Fernández, Javier, Juntas Morales, Raul, Costa Comellas, Laura, Cuscó Martín, Ivon, Tizzano Ferrari, Eduardo Fidel, Costa Roger, Mar, Codina Solà, Marta, Martínez Cruz, Desirée, Munell Casadesus, Francina
Format: article
Status:Published version
Publication Date:2022
Country:España
Institution:Departament de Salut de la Generalitat de Catalunya (DS)
Repository:Scientia. Dipòsit d'Informació Digital del Departament de Salut
OAI Identifier:oai:scientiasalut.gencat.cat:11351/8659
Online Access:https://hdl.handle.net/11351/8659
Access Level:Open access
Keyword:Atròfia muscular espinal - Aspectes genètics
Genètica molecular
DISEASES::Nervous System Diseases::Central Nervous System Diseases::Spinal Cord Diseases::Muscular Atrophy, Spinal
ANALYTICAL, DIAGNOSTIC AND THERAPEUTIC TECHNIQUES, AND EQUIPMENT::Investigative Techniques::Genetic Techniques::Genetic Association Studies
ENFERMEDADES::enfermedades del sistema nervioso::enfermedades del sistema nervioso central::enfermedades de la médula espinal::atrofia muscular espinal
TÉCNICAS Y EQUIPOS ANALÍTICOS, DIAGNÓSTICOS Y TERAPÉUTICOS::técnicas de investigación::técnicas genéticas::estudios de asociación genética
id ES_a1fe6dad0002ebbf60da2eefa59b3e20
oai_identifier_str oai:scientiasalut.gencat.cat:11351/8659
network_acronym_str ES
network_name_str España
repository_id_str
dc.title.none.fl_str_mv Deep Molecular Characterization of Milder Spinal Muscular Atrophy Patients Carrying the c.859G>C Variant in SMN2
title Deep Molecular Characterization of Milder Spinal Muscular Atrophy Patients Carrying the c.859G>C Variant in SMN2
spellingShingle Deep Molecular Characterization of Milder Spinal Muscular Atrophy Patients Carrying the c.859G>C Variant in SMN2
Blasco Perez, Laura
Atròfia muscular espinal - Aspectes genètics
Genètica molecular
DISEASES::Nervous System Diseases::Central Nervous System Diseases::Spinal Cord Diseases::Muscular Atrophy, Spinal
ANALYTICAL, DIAGNOSTIC AND THERAPEUTIC TECHNIQUES, AND EQUIPMENT::Investigative Techniques::Genetic Techniques::Genetic Association Studies
ENFERMEDADES::enfermedades del sistema nervioso::enfermedades del sistema nervioso central::enfermedades de la médula espinal::atrofia muscular espinal
TÉCNICAS Y EQUIPOS ANALÍTICOS, DIAGNÓSTICOS Y TERAPÉUTICOS::técnicas de investigación::técnicas genéticas::estudios de asociación genética
title_short Deep Molecular Characterization of Milder Spinal Muscular Atrophy Patients Carrying the c.859G>C Variant in SMN2
title_full Deep Molecular Characterization of Milder Spinal Muscular Atrophy Patients Carrying the c.859G>C Variant in SMN2
title_fullStr Deep Molecular Characterization of Milder Spinal Muscular Atrophy Patients Carrying the c.859G>C Variant in SMN2
title_full_unstemmed Deep Molecular Characterization of Milder Spinal Muscular Atrophy Patients Carrying the c.859G>C Variant in SMN2
title_sort Deep Molecular Characterization of Milder Spinal Muscular Atrophy Patients Carrying the c.859G>C Variant in SMN2
dc.creator.none.fl_str_mv Blasco Perez, Laura
Leno Colorado, Jorge
Bernal, Sara
Alias, Laura
Sotoca Fernández, Javier
Juntas Morales, Raul
Costa Comellas, Laura
Cuscó Martín, Ivon
Tizzano Ferrari, Eduardo Fidel
Costa Roger, Mar
Codina Solà, Marta
Martínez Cruz, Desirée
Munell Casadesus, Francina
author Blasco Perez, Laura
author_facet Blasco Perez, Laura
Leno Colorado, Jorge
Bernal, Sara
Alias, Laura
Sotoca Fernández, Javier
Juntas Morales, Raul
Costa Comellas, Laura
Cuscó Martín, Ivon
Tizzano Ferrari, Eduardo Fidel
Costa Roger, Mar
Codina Solà, Marta
Martínez Cruz, Desirée
Munell Casadesus, Francina
author_role author
author2 Leno Colorado, Jorge
Bernal, Sara
Alias, Laura
Sotoca Fernández, Javier
Juntas Morales, Raul
Costa Comellas, Laura
Cuscó Martín, Ivon
Tizzano Ferrari, Eduardo Fidel
Costa Roger, Mar
Codina Solà, Marta
Martínez Cruz, Desirée
Munell Casadesus, Francina
author2_role author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
author
dc.contributor.none.fl_str_mv Institut Català de la Salut
[Blasco-Pérez L, Costa-Roger M, Leno-Colorado J, Codina-Solà M, Martínez-Cruz D, Tizzano EF] Grup de Recerca de Medicina Genètica, Vall d’Hebron Institut de Recerca (VHIR), Barcelona, Spain. Universitat Autònoma de Barcelona, Bellaterra, Spain. Àrea de Genètica Clínica i Molecular, Vall d’Hebron Hospital Universitari, Barcelona, Spain. Universitat Autònoma de Barcelona, Bellaterra, Spain. [Bernal S, Alias L] Genetics Department and Sant Pau Biomedical Research Institute, Hospital de la Santa Creu i Sant Pau, Barcelona, Spain. Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Raras (CIBERER), Madrid, Spain. [Sotoca J, Juntas R] Unitat de Malalties Neuromusculars, Servei de Neurologia, Vall d’Hebron Hospital Universitari, Barcelona, Spain. [Costa-Comellas L, Munell F] Grup de Recerca en Neurologia Pediàtrica, Vall d’Hebron Institut de Recerca (VHIR), Barcelona, Spain. Vall d’Hebron Hospital Universitari, Barcelona, Spain. Universitat Autònoma de Barcelona, Bellaterra, Spain. [Cuscó I] Grup de Recerca de Medicina Genètica, Vall d’Hebron Institut de Recerca (VHIR), Barcelona, Spain. Universitat Autònoma de Barcelona, Bellaterra, Spain. Àrea de Genètica Clínica i Molecular, Vall d’Hebron Hospital Universitari, Barcelona, Spain. Universitat Autònoma de Barcelona, Bellaterra, Spain. Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Raras (CIBERER), Madrid, Spain
Vall d'Hebron Barcelona Hospital Campus
dc.subject.none.fl_str_mv Atròfia muscular espinal - Aspectes genètics
Genètica molecular
DISEASES::Nervous System Diseases::Central Nervous System Diseases::Spinal Cord Diseases::Muscular Atrophy, Spinal
ANALYTICAL, DIAGNOSTIC AND THERAPEUTIC TECHNIQUES, AND EQUIPMENT::Investigative Techniques::Genetic Techniques::Genetic Association Studies
ENFERMEDADES::enfermedades del sistema nervioso::enfermedades del sistema nervioso central::enfermedades de la médula espinal::atrofia muscular espinal
TÉCNICAS Y EQUIPOS ANALÍTICOS, DIAGNÓSTICOS Y TERAPÉUTICOS::técnicas de investigación::técnicas genéticas::estudios de asociación genética
topic Atròfia muscular espinal - Aspectes genètics
Genètica molecular
DISEASES::Nervous System Diseases::Central Nervous System Diseases::Spinal Cord Diseases::Muscular Atrophy, Spinal
ANALYTICAL, DIAGNOSTIC AND THERAPEUTIC TECHNIQUES, AND EQUIPMENT::Investigative Techniques::Genetic Techniques::Genetic Association Studies
ENFERMEDADES::enfermedades del sistema nervioso::enfermedades del sistema nervioso central::enfermedades de la médula espinal::atrofia muscular espinal
TÉCNICAS Y EQUIPOS ANALÍTICOS, DIAGNÓSTICOS Y TERAPÉUTICOS::técnicas de investigación::técnicas genéticas::estudios de asociación genética
description Next-generation sequencing; Phenotype–genotype correlations; Spinal muscular atrophy
publishDate 2022
dc.date.none.fl_str_mv 2022
2022
2022
dc.type.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/article
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
format article
status_str publishedVersion
dc.identifier.none.fl_str_mv https://hdl.handle.net/11351/8659
url https://hdl.handle.net/11351/8659
dc.language.none.fl_str_mv Inglés
language_invalid_str_mv Inglés
dc.relation.none.fl_str_mv International Journal of Molecular Sciences;23(15)
https://doi.org/10.3390/ijms23158289
info:eu-repo/grantAgreement/ES/PE2013-2016/PI18%2F000687
dc.rights.none.fl_str_mv Attribution 4.0 International
http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
info:eu-repo/semantics/openAccess
rights_invalid_str_mv Attribution 4.0 International
http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv MDPI
publisher.none.fl_str_mv MDPI
dc.source.none.fl_str_mv Scientia
reponame:Scientia. Dipòsit d'Informació Digital del Departament de Salut
instname:Departament de Salut de la Generalitat de Catalunya (DS)
instname_str Departament de Salut de la Generalitat de Catalunya (DS)
reponame_str Scientia. Dipòsit d'Informació Digital del Departament de Salut
collection Scientia. Dipòsit d'Informació Digital del Departament de Salut
repository.name.fl_str_mv
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1869415226014695424
spelling Deep Molecular Characterization of Milder Spinal Muscular Atrophy Patients Carrying the c.859G>C Variant in SMN2Blasco Perez, LauraLeno Colorado, JorgeBernal, SaraAlias, LauraSotoca Fernández, JavierJuntas Morales, RaulCosta Comellas, LauraCuscó Martín, IvonTizzano Ferrari, Eduardo FidelCosta Roger, MarCodina Solà, MartaMartínez Cruz, DesiréeMunell Casadesus, FrancinaAtròfia muscular espinal - Aspectes genèticsGenètica molecularDISEASES::Nervous System Diseases::Central Nervous System Diseases::Spinal Cord Diseases::Muscular Atrophy, SpinalANALYTICAL, DIAGNOSTIC AND THERAPEUTIC TECHNIQUES, AND EQUIPMENT::Investigative Techniques::Genetic Techniques::Genetic Association StudiesENFERMEDADES::enfermedades del sistema nervioso::enfermedades del sistema nervioso central::enfermedades de la médula espinal::atrofia muscular espinalTÉCNICAS Y EQUIPOS ANALÍTICOS, DIAGNÓSTICOS Y TERAPÉUTICOS::técnicas de investigación::técnicas genéticas::estudios de asociación genéticaNext-generation sequencing; Phenotype–genotype correlations; Spinal muscular atrophySeqüenciació de nova generació; Correlacions fenotip-genotip; Atròfia muscular espinalSecuenciación de nueva generación; Correlaciones fenotipo-genotipo; Atrofia muscular espinalSpinal muscular atrophy (SMA) is a severe neuromuscular disorder caused by biallelic loss or pathogenic variants in the SMN1 gene. Copy number and modifier intragenic variants in SMN2, an almost identical paralog gene of SMN1, are known to influence the amount of complete SMN proteins. Therefore, SMN2 is considered the main phenotypic modifier of SMA, although genotype–phenotype correlation is not absolute. We present eleven unrelated SMA patients with milder phenotypes carrying the c.859G>C-positive modifier variant in SMN2. All were studied by a specific NGS method to allow a deep characterization of the entire SMN region. Analysis of two homozygous cases for the variant allowed us to identify a specific haplotype, Smn2-859C.1, in association with c.859G>C. Two other cases with the c.859G>C variant in their two SMN2 copies showed a second haplotype, Smn2-859C.2, in cis with Smn2-859C.1, assembling a more complex allele. We also identified a previously unreported variant in intron 2a exclusively linked to the Smn2-859C.1 haplotype (c.154-1141G>A), further suggesting that this region has been ancestrally conserved. The deep molecular characterization of SMN2 in our cohort highlights the importance of testing c.859G>C, as well as accurately assessing the SMN2 region in SMA patients to gain insight into the complex genotype–phenotype correlations and improve prognostic outcomes.This research was funded by grants from Biogen (ESP-SMG-17-11256), Roche, GaliciAME and Spanish Instituto de Salud Carlos III, Fondo de Investigaciones Sanitarias and co-funded with ERDF funds (grant no. FIS PI18/000687). A grant from Horizon 2020 IMI2 Screen4Care is acknowledged by E.B., and L.T., E.F.T., R.J., J.S., L.C.-C., F.M., E.B., and L.T. are members of the ERN NMD Network for Rare Diseases. E.F.T. is a member of the ERN ITHACA Network for Rare Diseases.MDPIInstitut Català de la Salut[Blasco-Pérez L, Costa-Roger M, Leno-Colorado J, Codina-Solà M, Martínez-Cruz D, Tizzano EF] Grup de Recerca de Medicina Genètica, Vall d’Hebron Institut de Recerca (VHIR), Barcelona, Spain. Universitat Autònoma de Barcelona, Bellaterra, Spain. Àrea de Genètica Clínica i Molecular, Vall d’Hebron Hospital Universitari, Barcelona, Spain. Universitat Autònoma de Barcelona, Bellaterra, Spain. [Bernal S, Alias L] Genetics Department and Sant Pau Biomedical Research Institute, Hospital de la Santa Creu i Sant Pau, Barcelona, Spain. Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Raras (CIBERER), Madrid, Spain. [Sotoca J, Juntas R] Unitat de Malalties Neuromusculars, Servei de Neurologia, Vall d’Hebron Hospital Universitari, Barcelona, Spain. [Costa-Comellas L, Munell F] Grup de Recerca en Neurologia Pediàtrica, Vall d’Hebron Institut de Recerca (VHIR), Barcelona, Spain. Vall d’Hebron Hospital Universitari, Barcelona, Spain. Universitat Autònoma de Barcelona, Bellaterra, Spain. [Cuscó I] Grup de Recerca de Medicina Genètica, Vall d’Hebron Institut de Recerca (VHIR), Barcelona, Spain. Universitat Autònoma de Barcelona, Bellaterra, Spain. Àrea de Genètica Clínica i Molecular, Vall d’Hebron Hospital Universitari, Barcelona, Spain. Universitat Autònoma de Barcelona, Bellaterra, Spain. Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Raras (CIBERER), Madrid, SpainVall d'Hebron Barcelona Hospital Campus202220222022info:eu-repo/semantics/articleinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionapplication/pdfhttps://hdl.handle.net/11351/8659Scientiareponame:Scientia. Dipòsit d'Informació Digital del Departament de Salutinstname:Departament de Salut de la Generalitat de Catalunya (DS)InglésInternational Journal of Molecular Sciences;23(15)https://doi.org/10.3390/ijms23158289info:eu-repo/grantAgreement/ES/PE2013-2016/PI18%2F000687Attribution 4.0 Internationalhttp://creativecommons.org/licenses/by/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccessoai:scientiasalut.gencat.cat:11351/86592026-06-12T09:38:37Z
score 15,811543

Similar Items