Estudio de genómica comparativa de genes bacterianos relacionados con la ruta catabólica inferior del naftaleno: metabolismo del salicilato
El objetivo de este estudio es realizar un análisis de genómica comparativa de los genes bacterianos relacionados con la ruta catabólica inferior del naftaleno: la ruta del salicilato. El naftaleno es uno de los hidrocarburos policíclicos aromáticos (PAH) más contaminante del planeta. Este compuesto...
| Autor: | |
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| Tipo de recurso: | tesis de maestría |
| Fecha de publicación: | 2019 |
| País: | España |
| Institución: | Universitat Oberta de Catalunya (UOC) |
| Repositorio: | O2, repositorio institucional de la UOC |
| OAI Identifier: | oai:openaccess.uoc.edu:10609/96346 |
| Acceso en línea: | http://hdl.handle.net/10609/96346 |
| Access Level: | acceso abierto |
| Palabra clave: | genómica comparada biodegradación naftaleno biodegradació genòmica comparada naftalè biodegradation genomic compared naphthalene Bioinformatics -- TFM Bioinformàtica -- TFM Bioinformática -- TFM |
| Sumario: | El objetivo de este estudio es realizar un análisis de genómica comparativa de los genes bacterianos relacionados con la ruta catabólica inferior del naftaleno: la ruta del salicilato. El naftaleno es uno de los hidrocarburos policíclicos aromáticos (PAH) más contaminante del planeta. Este compuesto químico es muy complicado de degradar, sin embargo, existen bacterias, algas y hongos capaces de metabolizarlo. Este trabajo se focaliza en la enzima salicilato hidroxilasa (EC:1.14.13.1), la cual cataliza la conversión del salicilato a catecol. Su secuencia codificante se encuentra en el plásmido NAH7 del microorganismo Pseudomonas putida G7, una de las especies degradadoras de PAHs más estudiadas. Partiendo de la secuencia aminoacídica se realiza una búsqueda BLAST con el objetivo de hallar proteínas homólogas. La comparación de dichas secuencias se realiza mediante un alineamiento múltiple y la creación de árboles filogenéticos. El último paso se basa en conocer la localización de los genes y si se tratan de unidades transcripcionales o forman parte de un operón. Se comparan los operones con el mismo número de genes. BLAST, MEGAX, FGENESB, y SnapGene son algunas de las herramientas bioinformáticas utilizadas durante el trabajo. Los resultados obtenidos del estudio guían a una conclusión: el gen que codifica la enzima salicilato hidroxilasa no es parte de un operón altamente conservado. |
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