Genomic data reanalysis and variant reinterpretation in genetic diseases
La seqüenciació de nova generació (NGS) ha revolucionat el diagnòstic genètic, oferint anàlisis genòmiques d'alt rendiment, així com rendibles en comparació amb els mètodes tradicionals. Malgrat els avenços significatius, encara hi ha marge per millorar les taxes de diagnòstic després d'un...
| Autor: | |
|---|---|
| Tipo de recurso: | tesis doctoral |
| Fecha de publicación: | 2025 |
| País: | España |
| Institución: | Universitat Autònoma de Barcelona |
| Repositorio: | Dipòsit Digital de Documents de la UAB |
| Idioma: | inglés |
| OAI Identifier: | oai:ddd.uab.cat:322914 |
| Acceso en línea: | https://ddd.uab.cat/record/322914 |
| Access Level: | acceso abierto |
| Palabra clave: | Reanàlisi Reanalysis Reanálisis Seqüenciació Next generation sequencing Secuenciación Bionformàtica Bioinformatics Bioinformática Ciències de la Salut |
| Sumario: | La seqüenciació de nova generació (NGS) ha revolucionat el diagnòstic genètic, oferint anàlisis genòmiques d'alt rendiment, així com rendibles en comparació amb els mètodes tradicionals. Malgrat els avenços significatius, encara hi ha marge per millorar les taxes de diagnòstic després d'un període en que les proves genètiques inicials no són concloents. El reanàlisi de les dades existents de NGS pot ajudar a augmentar les taxes de diagnòstic aprofitant la literatura científica actualitzada, les noves associacions entre gens i malalties i les eines bioinformàtiques millorades, cosa que influeix en la gestió del pacient i l'assessorament genètic. En aquest estudi, es va realitzar una reavaluació bioinformàtica i clínica de les dades genòmiques de dues cohorts: la primera va incloure pacients amb diagnòstics clínics de diferents malalties cardíaques hereditàries (MCH) (cohort 1, n = 742), mentre que la segona va consistir en pacients que presentaven un fenotip clínic de sospita d'anèmia de Fanconi (AFS) (cohort 2, n = 6). La metodologia va implicar un reanàlisi rigorós de les dades de NGS existents, incloent el filtratge i la priorització avançats de variants, l'anàlisi profunda de variants intròniques i l'anàlisi exhaustiva de les variants de nombre de còpies (CNVs). La classificació de fenotips i variants es va realitzar meticulosament, incorporant criteris actualitzats. Les variants candidates finals identificades després de la priorització es van analitzar posteriorment amb cardiòlegs i especialistes en anèmia de Fanconi (AF) per avaluar la seva rellevància clínica en el context del fenotip actual de cada pacient. A la cohort 1, el reanàlisi de les dades de seqüenciació clínica de l'exoma (CES) va conduir a un augment del 0,8 % (6/742) en els diagnòstics moleculars definitius. Aquesta millora va ser deguda principalment a la reclasificació exitosa de cinc variants de significat incert (VUS) a l'estat patogènic/probablement patogènic (P/LP), recolzada per l'evolució de l'evidència científica i un rigorós procés de revisió d'experts clínics. A més, la identificació d'una variant diagnòstica en el gen TTN (no analitzada en el pacient en les proves genètiques estàndard) va subratllar el valor d'expandir l'anàlisi genètica més enllà dels panells específics de fenotip considerats inicialment. A la cohort 2, el reanàlisi de les dades de seqüenciació de l'exoma complet (WES) va obtenir una taxa de diagnòstic del 33,4% (2/6) en identificar variants P/LP en gens no analitzats prèviament. El reanàlisi sistemàtic de dades no concloents de NGS va augmentar el rendiment del diagnòstic molecular en ambdues cohorts. Els principals impulsors d'aquests nous diagnòstics van ser la reclassificació de VUS prèviament ambigües i la identificació exitosa de variants P mitjançant la inclusió d'associacions gen-malaltia addicionals no considerades en les anàlisis inicials. Malgrat aquests avenços, persisteixen desafiaments, inclòs el coneixement limitat de molts gens que no són OMIM i la complexitat de l'herència poligènica, així com limitacions tècniques inherents a la seqüenciació de lectura curta, com la detecció subòptima de variants estructurals (SVs) i alteracions no codificants. Aquest treball destaca la importància de la revisió contínua per part d'equips multidisciplinaris i emfatitza que els esforços futurs han de centrar-se a integrar intervals de reanàlisi més llargs, explorar tecnologies de seqüenciació complementàries com la seqüenciació de lectura llarga i la seqüenciació del genoma complet (WGS), i incorporar eines computacionals avançades, inclosa la intel·ligència artificial, per maximitzar encara més el rendiment diagnòstic i millorar l'atenció al pacient. |
|---|