Análisis filogenético de la óxido nítrico reductasa (Nor): establecimiento del perfil de la proteína
La finalidad de este trabajo fue la realización de un análisis filogenético, así como la construcción del perfil de la proteína óxido nítrico reductasa (Nor). Esta enzima contribuye a la formación de un potente gas de efecto invernadero, el óxido nitroso (N2O), que participa en la destrucción de la...
| Autor: | |
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| Tipo de recurso: | tesis de maestría |
| Fecha de publicación: | 2021 |
| País: | España |
| Institución: | Universitat Oberta de Catalunya (UOC) |
| Repositorio: | O2, repositorio institucional de la UOC |
| OAI Identifier: | oai:openaccess.uoc.edu:10609/133068 |
| Acceso en línea: | http://hdl.handle.net/10609/133068 |
| Access Level: | acceso abierto |
| Palabra clave: | nitric oxide reductase phylogenetic analysis protein profile òxid nítric reductasa anàlisi filogenètica perfil proteic óxido nítrico reductasa análisis filogenético perfil de proteínas Bioinformatics -- TFM Bioinformàtica -- TFM Bioinformática -- TFM |
| Sumario: | La finalidad de este trabajo fue la realización de un análisis filogenético, así como la construcción del perfil de la proteína óxido nítrico reductasa (Nor). Esta enzima contribuye a la formación de un potente gas de efecto invernadero, el óxido nitroso (N2O), que participa en la destrucción de la capa de ozono. El punto de partida del estudio fue la creación de una base de datos de proteínas Nor bacterianas mediante PSI-BLAST. La metodología llevada a cabo en este trabajo se basó en el uso de distintas herramientas bioinformáticas como MEGA-X, ModelTest o TREE-PUZZLE para el análisis filogenético, así como HMMER para la construcción del perfil. Además, se utilizó R para la creación de pequeños programas que ayudaron a continuar con el estudio, además de otros programas. Los resultados obtenidos mostraron que el árbol resultante agrupaba las secuencias en dos clados distintos. En uno de ellos predominaban bacterias de la familia Rhizobiaceae, mientras que, en el otro, la mayoría eran del orden Rhodobacterales. Por otro lado, se vio que los perfiles obtenidos eran capaces de reconocer proteínas anotadas como Nor en una base de datos de proteínas, así como proteínas denotadas como unclassified. Los resultados apuntaron a que los perfiles podrían usarse para seguir estudiando el papel que tiene la enzima Nor en aumento de los niveles de N2O atmosférico. De este modo, se podrían llevar a cabo distintos abordajes para mitigar este grave problema a nivel medio ambiental. |
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