La Disomia uniparental adquirida en el càncer colorectal
Una característica principal del càncer colorectal (CRC) és la presència de d'alteracions en nombre de còpies (CNAs). En aquestes regions genòmiques de guany i pèrdua s'han identificat oncogens i gens supressors de tumors (TSGs), respectivament. Més recentment, l'utilització d'ar...
| Autor: | |
|---|---|
| Tipo de recurso: | tesis doctoral |
| Fecha de publicación: | 2017 |
| País: | España |
| Institución: | Universitat Autònoma de Barcelona |
| Repositorio: | Dipòsit Digital de Documents de la UAB |
| Idioma: | catalán |
| OAI Identifier: | oai:ddd.uab.cat:187242 |
| Acceso en línea: | https://ddd.uab.cat/record/187242 |
| Access Level: | acceso abierto |
| Palabra clave: | Còlon Recte |
| Sumario: | Una característica principal del càncer colorectal (CRC) és la presència de d'alteracions en nombre de còpies (CNAs). En aquestes regions genòmiques de guany i pèrdua s'han identificat oncogens i gens supressors de tumors (TSGs), respectivament. Més recentment, l'utilització d'arrays d'SNPs ha portat a la identificació de regions amb pèrdua d'heterozigositat sense alteració en el nombre de còpies, altrament anomenades disomies uniparentals (UPDs). L'objectiu de l'estudi és determinar un perfil genòmic en CRC que integri regions de guany, pèrdues i UPDs. Els nostres resultats indiquen que les regions freqüents de UPD coincideixen, en gran mesura, amb regions típicament involucrades en pèrdues cromosòmiques. Entre aquestes regions, els braços cromosòmics 3p, 5q, 9q, 10q, 14q, 17p, 17q, 20p, 21q i 22q mostren freqüències més elevades de UPD que de pèrdues genòmiques, suggerint que les cèl·lules del tumor han de mantenir l'estat de disomia en certes regions cromosòmiques. Paral·lelament, en aquesta tesi s'ha determinat un perfil de UPD en diferents tipus de càncer del tracte gastrointestinal. Per això s'han analitzat dades d'arrays d'SNPs, extretes del portal The Cancer Genoma Atlas, d'adenocarcinomes de colon (COAD), recte (READ), estómac (STAD) i esòfag (ESAD), a més de càncer escamós d'esòfag (ESCC). Els nostres resultats mostren que la gran majoria de regions freqüents de UPD en COAD concorden amb les que s'observen en READ. Contràriament, STAD, ESAD i ESCC mostren regions freqüents de UPD diferents, confirmant l'existència de perfils de UPD específics per tipus de càncer. A més, aquests resultats es van integrar amb dades de seqüenciació per tal d'avaluar mutacions en TSGs en regions de UPD. Específicament, els gens APC, ARID1A i NOTCH1 es van observar recurrentment inactivats a causa de UPD en CRC, STAD i ESCC, respectivament. A més, el gen TP53 va mostar inactivacions causades per UPD al braç cromosòmic 17p en tots els tipus tumorals, tot i que pèrdues cromosòmiques involucrant aquesta regió es van observar amb freqüències més altes. Finalment, es va valorar la distribució nuclear de territoris cromosòmics i gens específics en dues línies cel·lulars de CRC. S'ha descrit que els cromosomes humans ocupen àrees concretes dins el nucli anomenades territoris cromosòmics (CTs). Aquests CTs es posicionen dins el nucli en funció de la seva densitat gènica. Els CTs més rics en gens acostumen a localitzar-se al centre del nucli, mentre que els CTs més pobres en gens es posicionen cap a la perifèria. No obstant, l'associació entre l'expressió gènica i la posició radial dels gens respecte els propis CTs està més discutida. Així, es van realitzar experiments de 3D-FIS, utilitzant pintats cromosòmics pels cromosomes 8 i 11, i clons de BACs per analitzar quatre gens diferencialment expressats. Els nostres resultats confirmen que els dos gens sobre-expressats, MYC, localitzat al cromosoma 8, i CCND1 al cromosoma 11, es posicionen significativament més lluny del centre del CT comparat amb els gens infra-expressats dels mateixos CTs, DLC1 i SCN3B. A més, quan vam reduir l'expressió de CCND1 mitjançant el silenciament del factor de transcipció de la via de senyalització de WNT/β-catenina TCF7L2, el gen es va observar en posicions més interior del CT11. En resum, les nostres anàlisis defineixen perfils de UPD adquirida específica per tipus de càncer. A més, la integració amb dades de seqüenciació ens ha permès confirmar que TSGs concrets s'inactiven recurrentment en regions de UPD, destacant així la importància d'aquests esdeveniments. Finalment, l'últim estudi aporta evidències sobre la distribució dels gens respecte el propi CT en funció del seus nivells d'expressió |
|---|