Dolphin and whale: development, evaluation and application of novel bioinformatics tools for metabolite profiling in high throughput 1H-NMR analysis
El perfilat de metabòlits es la tasca més difícil dins l'anàlisi espectral de RMN. El seu objectiu es comprendre els processos biològics que tenen lloc en un moment concret mitjançant la identificació i quantificació dels metabòlits presents en mescles d' RMN complexes. Un espectre de RMN...
| Author: | |
|---|---|
| Format: | doctoral thesis |
| Status: | Published version |
| Publication Date: | 2016 |
| Country: | España |
| Institution: | CBUC, CESCA |
| Repository: | TDR. Tesis Doctorales en Red |
| OAI Identifier: | oai:www.tdx.cat:10803/399578 |
| Online Access: | http://hdl.handle.net/10803/399578 |
| Access Level: | Open access |
| Keyword: | metabolòmica basada en NM perfilat de metabòlits automat eines bioinformàtiques perfilado de metabolitos auto herramientas bioinformáticas NMR-based metabolomics automated metabolite profil bioinformatics tools Enginyeria i arquitectura 004 543 577 62 |
| Summary: | El perfilat de metabòlits es la tasca més difícil dins l'anàlisi espectral de RMN. El seu objectiu es comprendre els processos biològics que tenen lloc en un moment concret mitjançant la identificació i quantificació dels metabòlits presents en mescles d' RMN complexes. Un espectre de RMN està compost per ressonàncies d'un gran nombre de metabòlits, i aquestes se solen solapar entre elles, canviar de posició depenent del pH de la mostra i poden quedar emmascarades per senyals de macromolècules. Tots aquests problemes compliquen la identificació i quantificació de metabòlits, pel que obtenir un perfil de metabòlits curat en una mostra pot ser un gran repte inclús per usuaris experts. En aquest context, la motivació d'aquesta tesi va néixer amb l'objectiu de donar automatismes i funcions fàcils de fer servir per al perfilat de metabòlits en RMN, millorant la qualitat dels resultats i reduint el temps d'anàlisi. Per fer-ho, es van implementar un conjunt d'algoritmes que van acabar empaquetats en dos programes, Dolphin i Whale. |
|---|