Development of 1H-NMR Serum Profiling Methods for High-Throughput Metabolomics
El perfilat de sèrum per ressonància magnètica nuclear de protó (1H-RMN) està especialment indicat per a anàlisi a gran escala en estudis epidemiològics, nutricionals o farmacològics. L’espectroscòpia 1H-RMN requereix mínima manipulació de mostra i gràcies a la seva resposta quantitativa permet la c...
| Autor: | |
|---|---|
| Tipo de recurso: | tesis doctoral |
| Estado: | Versión publicada |
| Fecha de publicación: | 2017 |
| País: | España |
| Institución: | CBUC, CESCA |
| Repositorio: | TDR. Tesis Doctorales en Red |
| OAI Identifier: | oai:www.tdx.cat:10803/461603 |
| Acceso en línea: | http://hdl.handle.net/10803/461603 |
| Access Level: | acceso abierto |
| Palabra clave: | Metabolòmica 1H-NMR perfilat perfilado Metabolomics profiling Enginyeria i arquitectura 577 621.3 |
| Sumario: | El perfilat de sèrum per ressonància magnètica nuclear de protó (1H-RMN) està especialment indicat per a anàlisi a gran escala en estudis epidemiològics, nutricionals o farmacològics. L’espectroscòpia 1H-RMN requereix mínima manipulació de mostra i gràcies a la seva resposta quantitativa permet la comparació directa entre laboratoris. Un perfilat complet de sèrum per 1H-RMN requereix de tres mesures que es corresponen amb tres espècies moleculars diferents: lipoproteïnes, metabòlits de baix pes molecular i lípids. El perfilat de sèrum per 1H-RMN permet obtenir informació de grandària, nombre de partícules i contingut lipídic de les subfraccions lipoproteiques, així com l'abundància d'aminoàcids, productes de la glicòlisi, cossos cetònics, àcids grassos i fosfolípids, entre d'altres. No obstant això, la complexitat espectral afavoreix la inclusió d'errors en l'anàlisi manual de les dades, mentre que les múltiples interaccions moleculars en el sèrum comprometen la seva precisió quantitativa. És per tant necessari desenvolupar mètodes robustos de perfilat metabòlic per consolidar la 1H-RMN en la pràctica clínica. Per a això, aquesta tesi presenta diverses estratègies metodològiques i computacionals. En el primer treball, es van desenvolupar mètodes de regressió dels lípids del perfil lipídic clàssic, generalitzables a mostres de població sana i amb valors de lípids i lipoproteïnes anormals. Aquests lípids representen els principals indicadors de risc cardiovascular i els objectius terapèutics primaris. En el segon estudi caracteritzem els errors de quantificació en el perfilat 1H-RMN de metabòlits clínicament rellevants, que són deguts a la seva agregació a la proteïna sanguínia. També proposem un mètode que fomenta la competició per l'agregació i que ens permet obtenir quantificacions dels nostres metabòlits properes a les absolutes. Finalment, el tercer treball presenta LipSpin: una eina bioinformàtica de codi obert específicament dissenyada per al perfilat de lípids per 1H-RMN. A més, aquest estudi exposa alguns aspectes metodològics per millorar l'anàlisi de lípids per RMN. |
|---|