Prediction of the three-dimensional structure of Cornu aspersus hemocyanin and its characterisation

This project has intended to shed light in to the knowledge of Hemocyanin: from the evolutionary level, protein structure level and its interaction with other proteins. This motivation is given by the peculiarities of this protein: hemocyanin has been studied in close species before and it is possib...

Descripción completa

Detalles Bibliográficos
Autor: García-Risco Aguado, Mario
Tipo de recurso: tesis de maestría
Fecha de publicación:2019
País:España
Institución:Universitat Oberta de Catalunya (UOC)
Repositorio:O2, repositorio institucional de la UOC
OAI Identifier:oai:openaccess.uoc.edu:10609/93726
Acceso en línea:http://hdl.handle.net/10609/93726
Access Level:acceso abierto
Palabra clave:hemocyanin
protein interaction
structure prediction
evolution
hemocianina
interacció de proteïnes
predicció d'estructura
evolució
interacción de proteínas
predicción de estructura
evolución
Bioinformatics -- TFM
Bioinformàtica -- TFM
Bioinformática -- TFM
id ES_329de0a751954d0e4a201bc8fdcb2e17
oai_identifier_str oai:openaccess.uoc.edu:10609/93726
network_acronym_str ES
network_name_str España
repository_id_str
dc.title.none.fl_str_mv Prediction of the three-dimensional structure of Cornu aspersus hemocyanin and its characterisation
title Prediction of the three-dimensional structure of Cornu aspersus hemocyanin and its characterisation
spellingShingle Prediction of the three-dimensional structure of Cornu aspersus hemocyanin and its characterisation
García-Risco Aguado, Mario
hemocyanin
protein interaction
structure prediction
evolution
hemocianina
interacció de proteïnes
predicció d'estructura
evolució
hemocianina
interacción de proteínas
predicción de estructura
evolución
Bioinformatics -- TFM
Bioinformàtica -- TFM
Bioinformática -- TFM
title_short Prediction of the three-dimensional structure of Cornu aspersus hemocyanin and its characterisation
title_full Prediction of the three-dimensional structure of Cornu aspersus hemocyanin and its characterisation
title_fullStr Prediction of the three-dimensional structure of Cornu aspersus hemocyanin and its characterisation
title_full_unstemmed Prediction of the three-dimensional structure of Cornu aspersus hemocyanin and its characterisation
title_sort Prediction of the three-dimensional structure of Cornu aspersus hemocyanin and its characterisation
dc.creator.none.fl_str_mv García-Risco Aguado, Mario
author García-Risco Aguado, Mario
author_facet García-Risco Aguado, Mario
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Ventura, Carles
Ortega-Carrasco, Elisabeth
dc.subject.none.fl_str_mv hemocyanin
protein interaction
structure prediction
evolution
hemocianina
interacció de proteïnes
predicció d'estructura
evolució
hemocianina
interacción de proteínas
predicción de estructura
evolución
Bioinformatics -- TFM
Bioinformàtica -- TFM
Bioinformática -- TFM
topic hemocyanin
protein interaction
structure prediction
evolution
hemocianina
interacció de proteïnes
predicció d'estructura
evolució
hemocianina
interacción de proteínas
predicción de estructura
evolución
Bioinformatics -- TFM
Bioinformàtica -- TFM
Bioinformática -- TFM
description This project has intended to shed light in to the knowledge of Hemocyanin: from the evolutionary level, protein structure level and its interaction with other proteins. This motivation is given by the peculiarities of this protein: hemocyanin has been studied in close species before and it is possible to compare studies, it is a metalloprotein, which have a lot of scientific interest due to its importance in living organisms due to the chemical properties given by the metal, it has been reported that hemocyanin has anticancer effects and having more information about this protein may help in how this effect is produced.
publishDate 2019
dc.date.none.fl_str_mv 2019
2019
2019
dc.type.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
dc.identifier.none.fl_str_mv http://hdl.handle.net/10609/93726
url http://hdl.handle.net/10609/93726
dc.language.none.fl_str_mv Inglés
language_invalid_str_mv Inglés
dc.rights.none.fl_str_mv CC BY-NC-ND
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/
info:eu-repo/semantics/openAccess
rights_invalid_str_mv CC BY-NC-ND
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv Universitat Oberta de Catalunya (UOC)
publisher.none.fl_str_mv Universitat Oberta de Catalunya (UOC)
dc.source.none.fl_str_mv reponame:O2, repositorio institucional de la UOC
instname:Universitat Oberta de Catalunya (UOC)
instname_str Universitat Oberta de Catalunya (UOC)
reponame_str O2, repositorio institucional de la UOC
collection O2, repositorio institucional de la UOC
repository.name.fl_str_mv
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1869405687132454912
spelling Prediction of the three-dimensional structure of Cornu aspersus hemocyanin and its characterisationGarcía-Risco Aguado, Mariohemocyaninprotein interactionstructure predictionevolutionhemocianinainteracció de proteïnespredicció d'estructuraevolucióhemocianinainteracción de proteínaspredicción de estructuraevoluciónBioinformatics -- TFMBioinformàtica -- TFMBioinformática -- TFMThis project has intended to shed light in to the knowledge of Hemocyanin: from the evolutionary level, protein structure level and its interaction with other proteins. This motivation is given by the peculiarities of this protein: hemocyanin has been studied in close species before and it is possible to compare studies, it is a metalloprotein, which have a lot of scientific interest due to its importance in living organisms due to the chemical properties given by the metal, it has been reported that hemocyanin has anticancer effects and having more information about this protein may help in how this effect is produced.El projecte ha intentat estudiar a grans trets la proteïna Hemocianina: a nivell evolutiu, a nivell d'estructura proteica i a nivell d'interacció amb altres proteïnes. Tot això ve motivat pel fet de conèixer en més profunditat aquesta proteïna: primerament, perquè ja s'ha estudiat en altres organismes propers, el que permet fer un treball comparatiu; segon, perquè es tracta d'una metal·loproteïna, les quals son molt complexes gràcies a que van associades a metalls i permeten fer funcions vitals (citocrom C, calmodulina, etc...); finalment, s'està estudiant el seu efecte anti-carcinogen i conèixer la seva estructura pot ajudar a resoldre incògnites de com es produeix aquest efecte. Els passos seguits en aquest treball són: Primer, s'han agafat les parts repetitives de la seqüència d'hemocianina (anomenades unitats funcionals) i s'han alineat amb AliView, s'han fet arbres filogenètics d'aquestes repeticions i de les tres isoformes d'hemocianina que es coneixen fins al moment. Després s'han agafat les unitats funcionals i s'ha predit la seva estructura terciària trobant el millor motlle fent prèviament BLAST. S'han comparat els models d'estructura resultants sobreposant-los amb Chimera. Finalment s'ha predit l'estructura d'una proteïna que es creu que intervé en la síntesi de l'hemocianina i s'ha fet un docking de les dues. Les conclusions són que les hemocianines provenen d'un mateix gen ancestral i que les unitats funcionals mantenen la seva estructura proteica. A més, hi ha una possible interacció entre unitat funcional i metal·lotioneïna.El proyecto ha intentado estudiar a grandes rasgos la proteína Hemocianina: a nivel evolutivo, a nivel de estructura proteica y a nivel de interacción con otras proteínas. Todo esto viene motivado por el hecho de conocer en más profundidad esta proteína: primeramente, porque ya se ha estudiado en otros organismos próximos, el que permite hacer un trabajo comparativo; segundo, porque se trata de una metaloproteína, las cuales su muy complejas gracias a que van asociadas a metales y permiten hacer funciones vitales (citocromo C, calmodulina, etc...); finalmente, se está estudiando su efecto anti-carcinógeno y conocer su estructura puede ayudar a resolver incógnitas de cómo se produce este efecto. Los pasos seguidos en este trabajo son: Primero, se han cogido las partes repetitivas de la secuencia de hemocianina (llamadas unidades funcionales) y se han alineado con AliView, se han hecho árboles filogenéticos de estas repeticiones y de las tres isoformes de hemocianina que se conocen hasta el momento. Después se han cogido las unidades funcionales y se ha predicho su estructura terciaria encontrando el mejor molde haciendo previamente BLASTO. Se han comparado los modelos de estructura resultantes sobreponiéndolos con Chimera. Finalmente se ha predicho la estructura de una proteína que se cree que interviene en la síntesis de lo hemocianina y se ha hecho uno docking de las dos. Las conclusiones son que las hemocianines provienen de un mismo gen ancestral y que las unidades funcionales mantienen su estructura proteica. Además, hay una posible interacción entre unidad funcional y metaloproteína.Universitat Oberta de Catalunya (UOC)Ventura, CarlesOrtega-Carrasco, Elisabeth201920192019info:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/10609/93726reponame:O2, repositorio institucional de la UOCinstname:Universitat Oberta de Catalunya (UOC)InglésCC BY-NC-NDhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/info:eu-repo/semantics/openAccessoai:openaccess.uoc.edu:10609/937262026-05-28T12:42:01Z
score 15,301603

Similares en LA Referencia