Applications of the Sinkhorn-Knopp algorithm for phylogenetic inference

En aquest treball s'estudia l'algorisme de Sinkhorn-Knopp i les seves aplicacions pel disseny de mètodes de reconstrucció filogenètica. Es dissenyen tres mètodes filogenètics ("Crossing", "$\delta$-crossing$ i Dist-crossing) i es testen en el treespace de Huelsenbeck i en qu...

Descripción completa

Detalles Bibliográficos
Autor: Mateo Campo, Clara
Tipo de recurso: tesis de maestría
Fecha de publicación:2016
País:España
Institución:Universitat Politècnica de Catalunya (UPC)
Repositorio:UPCommons. Portal del coneixement obert de la UPC
Idioma:inglés
OAI Identifier:oai:upcommons.upc.edu:2117/82475
Acceso en línea:https://hdl.handle.net/2117/82475
Access Level:acceso abierto
Palabra clave:Genetics
Population dynamics
Phylogenetic tree
Quartet tree
Topology reconstruction
General Markov model
Sinkhorn-Knopp algorithm
Flattening matrix.
Dinàmica de poblacions
Genètica
Classificació AMS::92 Biology and other natural sciences::92D Genetics and population dynamics
Àrees temàtiques de la UPC::Matemàtiques i estadística::Matemàtica aplicada a les ciències
id ES_2e061c56675ee7fecaee165dc29bd1be
oai_identifier_str oai:upcommons.upc.edu:2117/82475
network_acronym_str ES
network_name_str España
repository_id_str
spelling Applications of the Sinkhorn-Knopp algorithm for phylogenetic inferenceMateo Campo, ClaraGeneticsPopulation dynamicsPhylogenetic treeQuartet treeTopology reconstructionGeneral Markov modelSinkhorn-Knopp algorithmFlattening matrix.Dinàmica de poblacionsGenèticaClassificació AMS::92 Biology and other natural sciences::92D Genetics and population dynamicsÀrees temàtiques de la UPC::Matemàtiques i estadística::Matemàtica aplicada a les ciènciesEn aquest treball s'estudia l'algorisme de Sinkhorn-Knopp i les seves aplicacions pel disseny de mètodes de reconstrucció filogenètica. Es dissenyen tres mètodes filogenètics ("Crossing", "$\delta$-crossing$ i Dist-crossing) i es testen en el treespace de Huelsenbeck i en quartets amb arestes de longitud arbitrària. Aquests resultats es comparen amb mètodes de reconstrucció genètica clàssics (NJ, ML, ErikSVD i Erik+2).Universitat Politècnica de CatalunyaFernández Sánchez, Jesús20162016-01-0120162016-02-03master thesishttp://purl.org/coar/resource_type/c_bdccNAhttp://purl.org/coar/version/c_be7fb7dd8ff6fe43info:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttps://hdl.handle.net/2117/82475reponame:UPCommons. Portal del coneixement obert de la UPCinstname:Universitat Politècnica de Catalunya (UPC)Inglésengopen accesshttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/es/info:eu-repo/semantics/openAccessoai:upcommons.upc.edu:2117/824752026-05-27T15:37:01Z
dc.title.none.fl_str_mv Applications of the Sinkhorn-Knopp algorithm for phylogenetic inference
title Applications of the Sinkhorn-Knopp algorithm for phylogenetic inference
spellingShingle Applications of the Sinkhorn-Knopp algorithm for phylogenetic inference
Mateo Campo, Clara
Genetics
Population dynamics
Phylogenetic tree
Quartet tree
Topology reconstruction
General Markov model
Sinkhorn-Knopp algorithm
Flattening matrix.
Dinàmica de poblacions
Genètica
Classificació AMS::92 Biology and other natural sciences::92D Genetics and population dynamics
Àrees temàtiques de la UPC::Matemàtiques i estadística::Matemàtica aplicada a les ciències
title_short Applications of the Sinkhorn-Knopp algorithm for phylogenetic inference
title_full Applications of the Sinkhorn-Knopp algorithm for phylogenetic inference
title_fullStr Applications of the Sinkhorn-Knopp algorithm for phylogenetic inference
title_full_unstemmed Applications of the Sinkhorn-Knopp algorithm for phylogenetic inference
title_sort Applications of the Sinkhorn-Knopp algorithm for phylogenetic inference
dc.creator.none.fl_str_mv Mateo Campo, Clara
author Mateo Campo, Clara
author_facet Mateo Campo, Clara
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Fernández Sánchez, Jesús
dc.subject.none.fl_str_mv Genetics
Population dynamics
Phylogenetic tree
Quartet tree
Topology reconstruction
General Markov model
Sinkhorn-Knopp algorithm
Flattening matrix.
Dinàmica de poblacions
Genètica
Classificació AMS::92 Biology and other natural sciences::92D Genetics and population dynamics
Àrees temàtiques de la UPC::Matemàtiques i estadística::Matemàtica aplicada a les ciències
topic Genetics
Population dynamics
Phylogenetic tree
Quartet tree
Topology reconstruction
General Markov model
Sinkhorn-Knopp algorithm
Flattening matrix.
Dinàmica de poblacions
Genètica
Classificació AMS::92 Biology and other natural sciences::92D Genetics and population dynamics
Àrees temàtiques de la UPC::Matemàtiques i estadística::Matemàtica aplicada a les ciències
description En aquest treball s'estudia l'algorisme de Sinkhorn-Knopp i les seves aplicacions pel disseny de mètodes de reconstrucció filogenètica. Es dissenyen tres mètodes filogenètics ("Crossing", "$\delta$-crossing$ i Dist-crossing) i es testen en el treespace de Huelsenbeck i en quartets amb arestes de longitud arbitrària. Aquests resultats es comparen amb mètodes de reconstrucció genètica clàssics (NJ, ML, ErikSVD i Erik+2).
publishDate 2016
dc.date.none.fl_str_mv 2016
2016-01-01
2016
2016-02-03
dc.type.none.fl_str_mv master thesis
http://purl.org/coar/resource_type/c_bdcc
NA
http://purl.org/coar/version/c_be7fb7dd8ff6fe43
dc.type.openaire.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
dc.identifier.none.fl_str_mv https://hdl.handle.net/2117/82475
url https://hdl.handle.net/2117/82475
dc.language.none.fl_str_mv Inglés
eng
language_invalid_str_mv Inglés
language eng
dc.rights.none.fl_str_mv open access
http://purl.org/coar/access_right/c_abf2

http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/es/
dc.rights.openaire.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
rights_invalid_str_mv open access
http://purl.org/coar/access_right/c_abf2

http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/es/
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv Universitat Politècnica de Catalunya
publisher.none.fl_str_mv Universitat Politècnica de Catalunya
dc.source.none.fl_str_mv reponame:UPCommons. Portal del coneixement obert de la UPC
instname:Universitat Politècnica de Catalunya (UPC)
instname_str Universitat Politècnica de Catalunya (UPC)
reponame_str UPCommons. Portal del coneixement obert de la UPC
collection UPCommons. Portal del coneixement obert de la UPC
repository.name.fl_str_mv
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1869405375528173568
score 15.301603

Similares en LA Referencia