Applications of the Sinkhorn-Knopp algorithm for phylogenetic inference
En aquest treball s'estudia l'algorisme de Sinkhorn-Knopp i les seves aplicacions pel disseny de mètodes de reconstrucció filogenètica. Es dissenyen tres mètodes filogenètics ("Crossing", "$\delta$-crossing$ i Dist-crossing) i es testen en el treespace de Huelsenbeck i en qu...
| Autor: | |
|---|---|
| Tipo de recurso: | tesis de maestría |
| Fecha de publicación: | 2016 |
| País: | España |
| Institución: | Universitat Politècnica de Catalunya (UPC) |
| Repositorio: | UPCommons. Portal del coneixement obert de la UPC |
| Idioma: | inglés |
| OAI Identifier: | oai:upcommons.upc.edu:2117/82475 |
| Acceso en línea: | https://hdl.handle.net/2117/82475 |
| Access Level: | acceso abierto |
| Palabra clave: | Genetics Population dynamics Phylogenetic tree Quartet tree Topology reconstruction General Markov model Sinkhorn-Knopp algorithm Flattening matrix. Dinàmica de poblacions Genètica Classificació AMS::92 Biology and other natural sciences::92D Genetics and population dynamics Àrees temàtiques de la UPC::Matemàtiques i estadística::Matemàtica aplicada a les ciències |
| Sumario: | En aquest treball s'estudia l'algorisme de Sinkhorn-Knopp i les seves aplicacions pel disseny de mètodes de reconstrucció filogenètica. Es dissenyen tres mètodes filogenètics ("Crossing", "$\delta$-crossing$ i Dist-crossing) i es testen en el treespace de Huelsenbeck i en quartets amb arestes de longitud arbitrària. Aquests resultats es comparen amb mètodes de reconstrucció genètica clàssics (NJ, ML, ErikSVD i Erik+2). |
|---|