Identification of markers from whole-genome sequencing associated with pork quality and lipid metabolism

En aquesta tesi hem investigat l'adequació de les dades de WGS per identificar variants genètiques o indicadors biològics associats amb els trets productius, i ampliar el nostre coneixement sobre el determinisme genètic dels trets de qualitat de la carn.Els resultats mostren que una major densi...

Full description

Bibliographic Details
Author: Molinero García, Eduard
Format: doctoral thesis
Status:Published version
Publication Date:2025
Country:España
Institution:Universitat de Lleida (UdL)
Repository:Repositori Obert UdL
OAI Identifier:oai:repositori.udl.cat:10459.1/467522
Online Access:http://hdl.handle.net/10803/693687
Access Level:Open access
Keyword:Seqüenciació
Marcadors genètics
Lípids
Secuenciación
Marcadores genéticos
Lípidos
Sequencing
Molecular markers
Lipids
Producció Animal
575
id ES_1deb470abebbb2899b4cf01b4f4f24aa
oai_identifier_str oai:repositori.udl.cat:10459.1/467522
network_acronym_str ES
network_name_str España
repository_id_str
dc.title.none.fl_str_mv Identification of markers from whole-genome sequencing associated with pork quality and lipid metabolism
title Identification of markers from whole-genome sequencing associated with pork quality and lipid metabolism
spellingShingle Identification of markers from whole-genome sequencing associated with pork quality and lipid metabolism
Molinero García, Eduard
Seqüenciació
Marcadors genètics
Lípids
Secuenciación
Marcadores genéticos
Lípidos
Sequencing
Molecular markers
Lipids
Producció Animal
575
title_short Identification of markers from whole-genome sequencing associated with pork quality and lipid metabolism
title_full Identification of markers from whole-genome sequencing associated with pork quality and lipid metabolism
title_fullStr Identification of markers from whole-genome sequencing associated with pork quality and lipid metabolism
title_full_unstemmed Identification of markers from whole-genome sequencing associated with pork quality and lipid metabolism
title_sort Identification of markers from whole-genome sequencing associated with pork quality and lipid metabolism
dc.creator.none.fl_str_mv Molinero García, Eduard
author Molinero García, Eduard
author_facet Molinero García, Eduard
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Ros Freixedes, Roger
Estany Illa, Joan
Universitat de Lleida. Departament de Producció Animal
dc.subject.none.fl_str_mv Seqüenciació
Marcadors genètics
Lípids
Secuenciación
Marcadores genéticos
Lípidos
Sequencing
Molecular markers
Lipids
Producció Animal
575
topic Seqüenciació
Marcadors genètics
Lípids
Secuenciación
Marcadores genéticos
Lípidos
Sequencing
Molecular markers
Lipids
Producció Animal
575
description En aquesta tesi hem investigat l'adequació de les dades de WGS per identificar variants genètiques o indicadors biològics associats amb els trets productius, i ampliar el nostre coneixement sobre el determinisme genètic dels trets de qualitat de la carn.Els resultats mostren que una major densitat de variants en les dades de WGS permet detectar nous QTL en comparació amb els xips de SNPs. Hem identificat múltiples variants genètiques amb potencial per a programes de selecció assistida per marcadors en desequilibri de lligament per a la deposició de greix i el contingut d'àcids grassos en el porc. També, les dades de WGS han permès dur a terme fine-mapping dels efectes de múltiples QTL dins de regions específiques, tant en gens candidats funcionals com en gens prioritzats segons altres criteris. Finalment, hem observat que el nombre de còpies d'ADN mitocondrial, un fenotip cel·lular que es pot estimar a partir de les dades de WGS, es correlaciona amb l'eficiència alimentària, la magresa i el pH final. Aquesta troballa obre una via interessant per comprendre la interacció entre el metabolisme cel·lular i els trets productius.
publishDate 2025
dc.date.none.fl_str_mv 2025
2025
2026
dc.type.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.none.fl_str_mv http://hdl.handle.net/10803/693687
url http://hdl.handle.net/10803/693687
dc.language.none.fl_str_mv Inglés
language_invalid_str_mv Inglés
dc.rights.none.fl_str_mv http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
info:eu-repo/semantics/openAccess
rights_invalid_str_mv http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
eu_rights_str_mv openAccess
dc.publisher.none.fl_str_mv Universitat de Lleida
publisher.none.fl_str_mv Universitat de Lleida
dc.source.none.fl_str_mv TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
reponame:Repositori Obert UdL
instname:Universitat de Lleida (UdL)
instname_str Universitat de Lleida (UdL)
reponame_str Repositori Obert UdL
collection Repositori Obert UdL
repository.name.fl_str_mv
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1869404307346948096
spelling Identification of markers from whole-genome sequencing associated with pork quality and lipid metabolismMolinero García, EduardSeqüenciacióMarcadors genèticsLípidsSecuenciaciónMarcadores genéticosLípidosSequencingMolecular markersLipidsProducció Animal575En aquesta tesi hem investigat l'adequació de les dades de WGS per identificar variants genètiques o indicadors biològics associats amb els trets productius, i ampliar el nostre coneixement sobre el determinisme genètic dels trets de qualitat de la carn.Els resultats mostren que una major densitat de variants en les dades de WGS permet detectar nous QTL en comparació amb els xips de SNPs. Hem identificat múltiples variants genètiques amb potencial per a programes de selecció assistida per marcadors en desequilibri de lligament per a la deposició de greix i el contingut d'àcids grassos en el porc. També, les dades de WGS han permès dur a terme fine-mapping dels efectes de múltiples QTL dins de regions específiques, tant en gens candidats funcionals com en gens prioritzats segons altres criteris. Finalment, hem observat que el nombre de còpies d'ADN mitocondrial, un fenotip cel·lular que es pot estimar a partir de les dades de WGS, es correlaciona amb l'eficiència alimentària, la magresa i el pH final. Aquesta troballa obre una via interessant per comprendre la interacció entre el metabolisme cel·lular i els trets productius.En esta tesis, hemos investigado la idoneidad de los datos de WGS para identificar variantes genéticas o indicadores biológicos asociados con los rasgos productivos y ampliar nuestro conocimiento sobre el determinismo genético de los rasgos de calidad de la carne. Los resultados muestran que una mayor densidad de variantes en los datos de WGS permite detectar nuevos QTL en comparación con los chips de SNPs. Hemos identificado múltiples variantes genéticas con potencial para programas de selección asistida por marcadores en desequilibrio de ligamiento para la deposición de grasa y el contenido de ácidos grasos en el cerdo. Además, los datos de WGS han permitido llevar a cabo un mapeo de precisión de los efectos de múltiples QTL dentro de regiones específicas, tanto en genes candidatos funcionales como en genes priorizados según otros criterios. Finalmente, hemos observado que el número de copias de ADN mitocondrial, un fenotipo celular que se puede estimar a partir de los datos de WGS, se correlaciona con la eficiencia alimentaria, la magrez y el pH final. Este hallazgo abre una vía interesante para comprender la interacción entre el metabolismo celular y los rasgos productivos.In this thesis, we have investigated the suitability of WGS data to identify genetic variants or biological indicators associated with livestock productive traits, and increased our knowledge on the genetic determinism of meat quality traits. Our results showed that the increased variant density of WGS data enables the detection of novel quantitative trait loci compared to SNP arrays. Additionally, we uncovered multiple genetic variants that show potential for linkage disequilibrium marker-assisted selection programs for pig fat deposition and fatty acid content. Also, WGS data allowed fine-mapping of the effects of multiple QTLs within specific genomic regions, both in candidate genes from families involved in metabolic pathways or prioritized according to other criteria. Finally, we observed that mitochondrial DNA copy number, a cellular phenotype that can be estimated from WGS data, correlates with feed efficiency, leanness, and ultimate pH. This finding offers an intriguing avenue for understanding the interplay between cellular metabolism and productive traits.Universitat de LleidaRos Freixedes, RogerEstany Illa, JoanUniversitat de Lleida. Departament de Producció Animal202520262025info:eu-repo/semantics/doctoralThesisinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionhttp://hdl.handle.net/10803/693687TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)reponame:Repositori Obert UdL instname:Universitat de Lleida (UdL)InglésL'accés als continguts d'aquesta tesi queda condicionat a l'acceptació de les condicions d'ús establertes per la següent llicència Creative Commons: http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccessoai:repositori.udl.cat:10459.1/4675222026-06-24T12:42:17Z
score 15,812429

Similar Items