Exploring the pig muscle transcriptome and candidate genes for lipid metabolism
El consum global de carn, amb el porc com a una opció destacada, està en augment. Millorar la qualitat de la carn està estretament relacionat amb les preferències del consumidor per productes carnics més saludables i saborosos. Factors clau que influeixen en la qualitat de la carn inclouen la compos...
| Autor: | |
|---|---|
| Tipo de recurso: | tesis doctoral |
| Estado: | Versión publicada |
| Fecha de publicación: | 2023 |
| País: | España |
| Institución: | CBUC, CESCA |
| Repositorio: | TDR. Tesis Doctorales en Red |
| OAI Identifier: | oai:www.tdx.cat:10803/691077 |
| Acceso en línea: | http://hdl.handle.net/10803/691077 |
| Access Level: | acceso abierto |
| Palabra clave: | Metabolisme lipídic Lipid metabolism Metabolismo de lípidos Gens Genes Porc Pig Cerdo Ciències de la Salut Ciències Experimentals 575 619 |
| Sumario: | El consum global de carn, amb el porc com a una opció destacada, està en augment. Millorar la qualitat de la carn està estretament relacionat amb les preferències del consumidor per productes carnics més saludables i saborosos. Factors clau que influeixen en la qualitat de la carn inclouen la composició d'àcids grassos i la greix intramuscular, tot i que els processos subjacents són complexos i diversos. L'objectiu de la tesi és descodificar els mecanismes moleculars que afecten al metabolisme de lípids i la composició d'àcids grassos en la carn de porc. Donat que el porc és una de les fonts principals de carn consumida pels humans, la creixent demanda de carn d'alta qualitat destaca la importància de comprendre els processos moleculars que controlen la producció i qualitat de la carn. Vam estudiar l'expressió d'ARNm del múscul longissimus dorsi de 45 gens candidats relacionats amb el metabolisme de lípids en un total de 354 animals. L'eGWAS va identificar 301 eSNPs ubicats en 27 eQTLs. Tres dels 27 eQTLs corresponents als gens GPAT3, RXRA i UCP3 es van classificar com a regions cis-eQTLs, mentre que els 24 restants es van identificar com a trans-eQTLs. A més, l'eGWAS va revelar dos trans-eQTL hotspots, que regulen l'expressió de diversos gens candidats. A més, les dades de RNA-Seq de 129 animals del retrocruce Ibèric × Duroc es van utilitzar per identificar 2.146 SNPs que presentaven expressió al·lèlica diferencial en un total de 1.621 gens mitjançant l'anàlisi de l'expressió al·lèlica específica (ASE). Dels 2.146 SNPs, 69 es trobaven en 52 gens relacionats amb les vies del metabolisme de lípids i la composició d'àcids grassos. Els 10 ASE-SNPs ubicats als gens ACADM, ECHS1, UCP3, LPIN1, PRXL2B, FDFT1, PNPLA2, ACSL1 i ETFA van ser els més interessants degut a la seva major proporció d'expressió al·lèlica específica. Finalment, es va dur a terme un estudi sobre el transcriptoma de múscul en 129 porcs mitjançant les dades de RNA-Seq amb l'objectiu d'identificar gens candidats relacionats amb el metabolisme de lípids i reguladors de l'expressió gènica muscular. L'eGWAS va identificar un total de 2.678 eQTLs ubicats en 854 gens, dels quals 620 es van classificar com a cis-eQTL i 2.058 com a trans-eQTL. Entre els 854 gens, 101 estaven associats amb les vies del metabolisme de lípids i la composició d'àcids grassos. Els principals processos identificats per als 854 gens amb eQTLs significatius van ser processos metabòlics, el procés metabòlic d'oxoàcids i el procés metabòlic d'àcids carboxílics. Finalment, els gens ACAA1, CLN, CYP2B22, GBA i LDHD es van proposar com a gens candidats per modular els nivells relatius de vuit àcids grassos diferents. |
|---|