ASKGene, um sistema para processamento automatizado de DNA
Os recursos computacionais se tornaram essenciais para o desenvolvimento de projetos genoma. Vários sistemas distribuídos que gerenciam estruturas complexas e que integram interfaces gráficas voltadas para o usuário, processamento e mineração de grandes quantidades de dados e bancos de dados volumos...
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| Tipo de recurso: | artículo |
| Estado: | Versión publicada |
| Fecha de publicación: | 2007 |
| País: | Brasil |
| Institución: | Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ) |
| Repositorio: | Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) |
| Idioma: | portugués |
| OAI Identifier: | oai:arca.fiocruz.br:icict/17603 |
| Acceso en línea: | https://arca.fiocruz.br/handle/icict/17603 |
| Access Level: | acceso abierto |
| Palabra clave: | Anotação de Gene Perl Banco de Dados Relacional PostgreSQL Código Aberto Gene Annotation Relational Database Open Source |
| Sumario: | Os recursos computacionais se tornaram essenciais para o desenvolvimento de projetos genoma. Vários sistemas distribuídos que gerenciam estruturas complexas e que integram interfaces gráficas voltadas para o usuário, processamento e mineração de grandes quantidades de dados e bancos de dados volumosos, foram propostos. A maioria dos laboratórios de seqüenciamento já consolidados desenvolveu soluções próprias. Entretanto, um sistema portável e escalonável, integrando todos esses aspectos, ainda não está disponível para a comunidade científica. Neste estudo, apresentamos um protótipo de tal sistema em curso de desenvolvimento aberto em http://sourceforge.net/projects/ askgene. Este sistema permite (i) acessibilidade aos dados e processos ao longo de todo o fluxo de dados, (ii) representação de dados e ontologia, (iii) manejo do fluxo de processamento (workflow), (iv) arquitetura e documentação do sistema, (v) desenvolvimento corporativo, anotação manual, (vii) processamento de dados corrompidos, (viii) distribuição e paralelização de processos, (ix) portabilidade e escalonabilidade. |
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