CyTLFGraph: uma extensão do Cytoscape para redes reguladoras de genes com lógica limiar
Modelos dinâmicos de redes de reguladoras de genes (GRNs) vem sendo utilizados na descrição de fenômenos e processos biológicos complexos, como diferenciação celular e evolução de doenças como o câncer. No entanto, a caracterização topoló- gica e funcional de GRNs reais ainda é muitas vezes parcial....
| Author: | |
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| Format: | master thesis |
| Status: | Published version |
| Publication Date: | 2020 |
| Country: | Brasil |
| Institution: | Universidade Federal de Viçosa (UFV) |
| Repository: | LOCUS Repositório Institucional da UFV |
| Language: | Portuguese |
| OAI Identifier: | oai:locus.ufv.br:123456789/30981 |
| Online Access: | https://locus.ufv.br//handle/123456789/30981 |
| Access Level: | Open access |
| Keyword: | Redes regulatórias de genes Multiprocessamento Ciência da Computação |
| Summary: | Modelos dinâmicos de redes de reguladoras de genes (GRNs) vem sendo utilizados na descrição de fenômenos e processos biológicos complexos, como diferenciação celular e evolução de doenças como o câncer. No entanto, a caracterização topoló- gica e funcional de GRNs reais ainda é muitas vezes parcial. Além disso, o espaço de solução gerado por uma GRN com n vértices (ou genes) é 2 n , onde a busca exaustiva pode não ser viável. O objetivo deste trabalho é aplicar a computação de alto desempenho para explorar o máximo possível do espaço de busca. A característica distintiva deste trabalho em comparação com os esforços anteriores é que ele fornece suporte para modelar o comportamento dinâmico de subsistemas biológicos bem definidos usando várias estratégias de simulação: iterações síncronas ou modelagem híbrida, além de melhorar os tempos de execução, usando as representações booleanas e com lógica limiar das redes reguladores. As ferramentas desenvolvidas também foram incluídas como extensões da ferramenta Cytospace que é uma referência na modelagem de redes e grafos com redes complexas na área de Bioinformática. Palavras-chave: Redes reguladoras de genes. Computação alto desempenho. Cytoscape. |
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