Caracterización in silico del gen lip de Marinobacter sp. aislado de las Salinas de Pilluana

Caracteriza in silico el gen lip de Marinobacter sp. LB aislado de las Salinas de Pilluana, San Martín. Para lo cual, se extrajo y purifico ADN de esta bacteria. Luego, se amplificó el gen lip mediante la reacción en cadena de la polimerasa usando cebadores específicos y el producto amplificado fue...

Descripción completa

Detalles Bibliográficos
Autor: Avila Oroya, Jhosep Shonatan
Tipo de recurso: tesis de maestría
Fecha de publicación:2018
País:Perú
Institución:Universidad Nacional Mayor de San Marcos
Repositorio:UNMSM-Tesis
Idioma:español
OAI Identifier:oai:cybertesis.unmsm.edu.pe:20.500.12672/10193
Acceso en línea:https://hdl.handle.net/20.500.12672/10193
Access Level:acceso abierto
Palabra clave:Bacterias marinas
Bacterias halófilas
Bacterias halotolerantes
Bacterias - Genética
Suelos salinos - Perú
https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#1.06.07
Descripción
Sumario:Caracteriza in silico el gen lip de Marinobacter sp. LB aislado de las Salinas de Pilluana, San Martín. Para lo cual, se extrajo y purifico ADN de esta bacteria. Luego, se amplificó el gen lip mediante la reacción en cadena de la polimerasa usando cebadores específicos y el producto amplificado fue secuenciado. Posteriormente, se realizó la caracterización in silico que incluyó el diseño de cebadores para el gen lip; análisis evolutivos utilizando los genes ribosómicos 16S y lip; análisis estructurales del gen lip, modelamiento por homología del producto génico empleando como molde a la lipasa 1EX9 de Pseudomonas aeruginosa PAO1, validación de la estructura terciaria considerando la calidad estereoquímica de los puntos de Ramachandran y el entorno de los aminoácidos; y acoplamiento molecular proteína-sustrato. Los análisis evidenciaron que la cepa en estudio se encuentra muy relacionada a Marinobacter hydrocarbonoclasticus. El gen lip midió 927 pb; y la proteína madura, 284 aminoácidos distribuidos en once α-hélices periféricas y siete láminas-β internas. La lipasa de Marinobacter sp. LB pesó 29.99 kDa y presentó un pI de 8.89, así como, los residuos Ser78, Asp229 e His251, típicos de la triada catalítica de lipasas de la familia I. La región del bolsillo de unión y su afinidad por lípidos fue demostrada realizando un acoplamiento molecular con tributirina con energía de -248.11 kcal/mol. En conclusión, el análisis in silico indicó que Marinobacter sp. LB contiene una lipasa de la familia I, con aminoácidos conservados en la triada catalítica.

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