Aplicación de algoritmos bioinformáticos para el procesamiento de datos provenientes de la secuenciación masiva del genoma microbiano: Caracterización de la microbiota intestinal en modelos experimentales de enfermedades del neurodesarrollo

La esquizofrenia es un trastorno mental que se caracteriza por la desintegración del proceso del pensamiento y de la capacidad de respuesta emocional. Se manifiesta más comúnmente como alucinaciones auditivas, delirios paranoides o extravagantes, o lenguaje y pensamiento desorganizado, y se acompaña...

Descripción completa

Detalles Bibliográficos
Autor: SEICY ADRIANA VELAZQUEZ VILLEGAS
Tipo de recurso: tesis de maestría
Estado:Versión publicada
Fecha de publicación:2016
País:México
Institución:Universidad Autónoma Metropolitana
Repositorio:Repositorio Institucional de la UAM Iztapalapa
Idioma:español
OAI Identifier:oai:bindani.izt.uam.mx:2801pg356
Acceso en línea:https://doi.org/10.24275/uami.2801pg356
Access Level:acceso abierto
Palabra clave:info:eu-repo/classification/LEM/Intestines -- Diseases
info:eu-repo/classification/LEM/Intestines -- Microbiology
info:eu-repo/classification/LEM/Neurología del desarrollo
info:eu-repo/classification/LEM/Bioinformática
info:eu-repo/classification/LEM/Developmental neurobiology
info:eu-repo/classification/LEM/Intestinos -- Microbiología
info:eu-repo/classification/LEM/Intestinos -- Enfermedades
info:eu-repo/classification/LEM/Bioinformatics
info:eu-repo/classification/cti/7
Descripción
Sumario:La esquizofrenia es un trastorno mental que se caracteriza por la desintegración del proceso del pensamiento y de la capacidad de respuesta emocional. Se manifiesta más comúnmente como alucinaciones auditivas, delirios paranoides o extravagantes, o lenguaje y pensamiento desorganizado, y se acompaña por una significativa disfunción social. Se generó una infección materna utilizando un modelo de ratón por medio de la activación inmune prenatal durante el embarazo por el mimético viral poly(I:C) que redujo la sociabilidad y aumento la expresión de miedo en las crías descendencia para demostrar una posible disbiosis en la microbiota intestinal entre los ratones descendientes inmunemente activados (poly(I:C)) y los ratones descendentes control o vehículo (estériles libres de pirógenos). Se crearondos generaciones descendencia F1 y F2. Lasecuenciación masiva del genoma microbianose llevo a caboutilizando dos tecnologías de secuenciación diferentes (Ion Torrent PGM e Illumina Miseq) y elanálisis bioinformáticose basóen el uso de herramientas tales como Qiime, USEARCH, UCHIME y UPARSE entre otras. La investigación se dividió en tres objetivos principales. En el primero se demostró el desarrollo de una disbiosis en la primer generación (F1) entre las crías de ratones inmunemente desafiadas (poly(I:C)) y las crías de ratones control o vehículo, con ambas plataformas de secuenciacióny el mismo análisis bioinformático, evaluando así las posibles similitudes y diferencias que pudieran existir en los resultados entre plataformas. Se encontraron diversos OTUs significativos entre los dos grupos tratamiento de ambos análisis, en especial ordenes de los fila Bacteroidetesy Firmicutes(g_Prevotella, s_Barnesiella), algunas de estas comunidades bacterianas se mantienen presentes, independientemente del tipo de

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