Secuenciación genómica masiva de Panopea generosa y Panopea globosa para el desarrollo de marcadores moleculares

Los bivalvos del género Panopea, conocidos como almejas de sifón o geoduck, se caracterizan por su enorme tamaño y gran longevidad. Varias especies de esta almeja han adquirido un importante valor comercial, entre las que se encuentran Panopea generosa y P. globosa, que se distribuyen en el Noroeste...

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Bibliographic Details
Author: CELIA ISABEL BISBAL PARDO
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Publication Date:2015
Country:México
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description Los bivalvos del género Panopea, conocidos como almejas de sifón o geoduck, se caracterizan por su enorme tamaño y gran longevidad. Varias especies de esta almeja han adquirido un importante valor comercial, entre las que se encuentran Panopea generosa y P. globosa, que se distribuyen en el Noroeste de México. Recientemente se ha despertado el interés por la biología, ecología y evolución de estas especies, para lo cual se han aplicado aproximaciones moleculares. Sin embargo, los marcadores moleculares disponibles no han sido suficientemente exitosos para esclarecer varias cuestiones sobre la ecología y dinámica poblacional de dichas especies a lo largo de su distribución geográfica. Estos aspectos darán información muy valiosa para determinar planes de manejo específicos, incluso a nivel poblacional. En este estudio se desarrolló una batería de marcadores moleculares microsatelitales polimórficos usando secuenciación de siguiente generación (plataforma Illumina) y aplicando análisis bioinformáticos. Se obtuvieron secuencias de buena calidad con las que se ensamblaron 868,521 contigs en P. generosa y 737,851 contigs en P. globosa. Se identificaron 30 loci microsatelitales (di-, tri- y tetranucleótidos) candidatos a marcadores moleculares por especie, de los que experimentalmente se asilaron satisfactoriamente 8 loci polimórficos en P. generosa y 9 en P. globosa. El número de alelos por locus varío de 3 a 22 y los valores de heterocigosidad observada (Ho) y esperada (He) van de 0.286 a 0.818 y de 0.504 a 0.962, respectivamente. Además se obtuvo la anotación mitocondrial completa. Los genomas mitocondriales de ambas especies fueron muy similares, pero difieren de los de otras especies de la subclasse Heterodonta. Estos nuevos hallazgos sumados a los recursos genéticos existentes servirán para profundizar en la ecología y biología de estas especies permitiendo el desarrollo de planes de manejo apropiados para asegurar la conservación de las mismas.
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