In silico analysis of regulatory motifs in gene promoters

Regulation of gene transcription is a complex process involving many different proteins, some of which bind in a sequence-specific manner to DNA motifs in the gene promoter. The need to maintain specific interactions between transcription factors and proteins involved in the RNA polymerase II comple...

Descripción completa

Detalles Bibliográficos
Autor: Bellora Pereyra, Nicolás
Tipo de recurso: tesis doctoral
Estado:Versión publicada
Fecha de publicación:2010
País:España
Institución:CBUC, CESCA
Repositorio:TDR. Tesis Doctorales en Red
OAI Identifier:oai:www.tdx.cat:10803/7202
Acceso en línea:http://www.tdx.cat/TDX-0422110-095017
http://hdl.handle.net/10803/7202
Access Level:acceso abierto
Palabra clave:Housekeeping genes
Microarray
RNA polymerase
Transcription factor
DNA
Bioinformatics
Ribosome
Genome
Transcription
Promoter
Consensus sequence
Motif
Genomics
TFBS
TF
PWM
PEAKS
575
id ES_fc57cfe201bcaeb70db7cb0424050bb9
oai_identifier_str oai:www.tdx.cat:10803/7202
network_acronym_str ES
network_name_str España
repository_id_str
dc.title.none.fl_str_mv In silico analysis of regulatory motifs in gene promoters
title In silico analysis of regulatory motifs in gene promoters
spellingShingle In silico analysis of regulatory motifs in gene promoters
Bellora Pereyra, Nicolás
Housekeeping genes
Microarray
RNA polymerase
Transcription factor
DNA
Bioinformatics
Ribosome
Genome
Transcription
Promoter
Consensus sequence
Motif
Genomics
TFBS
TF
PWM
PEAKS
575
title_short In silico analysis of regulatory motifs in gene promoters
title_full In silico analysis of regulatory motifs in gene promoters
title_fullStr In silico analysis of regulatory motifs in gene promoters
title_full_unstemmed In silico analysis of regulatory motifs in gene promoters
title_sort In silico analysis of regulatory motifs in gene promoters
dc.creator.none.fl_str_mv Bellora Pereyra, Nicolás
author Bellora Pereyra, Nicolás
author_facet Bellora Pereyra, Nicolás
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Albà Soler, Mar
Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut
dc.subject.none.fl_str_mv Housekeeping genes
Microarray
RNA polymerase
Transcription factor
DNA
Bioinformatics
Ribosome
Genome
Transcription
Promoter
Consensus sequence
Motif
Genomics
TFBS
TF
PWM
PEAKS
575
topic Housekeeping genes
Microarray
RNA polymerase
Transcription factor
DNA
Bioinformatics
Ribosome
Genome
Transcription
Promoter
Consensus sequence
Motif
Genomics
TFBS
TF
PWM
PEAKS
575
description Regulation of gene transcription is a complex process involving many different proteins, some of which bind in a sequence-specific manner to DNA motifs in the gene promoter. The need to maintain specific interactions between transcription factors and proteins involved in the RNA polymerase II complex is expected to impose constrains on the relative position and spacing of the interacting DNA motifs. The present work includes the development of a novel approach to identify motifs that show a preferential location in DNA sequences and the implementation of a public web application called PEAKS. We investigated if the arrangement and nature of the most common motifs depended on the breath of expression of the gene. We found differences that serve to illustrate that many key specific regulatory signals may be present in the proximal promoter region in mammalian genes. We also apply other methods for the identification of specific transcription factors (TFs) involved in the co-regulation of a set of genes. Data from experimentally-verified transcription factors binding sites (TFBSs) support the biological relevance of our findings.
publishDate 2010
dc.date.none.fl_str_mv 2010
2010
2010
2011
dc.type.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.none.fl_str_mv http://www.tdx.cat/TDX-0422110-095017
http://hdl.handle.net/10803/7202
url http://www.tdx.cat/TDX-0422110-095017
http://hdl.handle.net/10803/7202
dc.language.none.fl_str_mv Inglés
language_invalid_str_mv Inglés
dc.rights.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv Universitat Pompeu Fabra
publisher.none.fl_str_mv Universitat Pompeu Fabra
dc.source.none.fl_str_mv TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
reponame:TDR. Tesis Doctorales en Red
instname:CBUC, CESCA
instname_str CBUC, CESCA
reponame_str TDR. Tesis Doctorales en Red
collection TDR. Tesis Doctorales en Red
repository.name.fl_str_mv
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1869425413131862016
spelling In silico analysis of regulatory motifs in gene promotersBellora Pereyra, NicolásHousekeeping genesMicroarrayRNA polymeraseTranscription factorDNABioinformaticsRibosomeGenomeTranscriptionPromoterConsensus sequenceMotifGenomicsTFBSTFPWMPEAKS575Regulation of gene transcription is a complex process involving many different proteins, some of which bind in a sequence-specific manner to DNA motifs in the gene promoter. The need to maintain specific interactions between transcription factors and proteins involved in the RNA polymerase II complex is expected to impose constrains on the relative position and spacing of the interacting DNA motifs. The present work includes the development of a novel approach to identify motifs that show a preferential location in DNA sequences and the implementation of a public web application called PEAKS. We investigated if the arrangement and nature of the most common motifs depended on the breath of expression of the gene. We found differences that serve to illustrate that many key specific regulatory signals may be present in the proximal promoter region in mammalian genes. We also apply other methods for the identification of specific transcription factors (TFs) involved in the co-regulation of a set of genes. Data from experimentally-verified transcription factors binding sites (TFBSs) support the biological relevance of our findings.La regulació de la transcripció dels gens és un procés complex que implica moltes proteïnes diferents, algunes de les quals s'unexien a motius específics d'ADN localitzats a la regió promotora dels gens. S'espera que la necessitat de mantenir les interaccions específiques entre els factors de transcripció i les proteïnes implicades en el complex de la ARN polimerasa II imposi limitacions en la posició relativa i l'espaiat dels motius d'interacció amb l'ADN. La feina presentada en aquesta tesi inclou el desenvolupament d'un nou metode per l'identificació de motius que mostren una localització preferencial en seqüències d'ADN i l'implementació d'una aplicació web pública anomenada PEAKS. Hem investigat si la col·locació i la naturalesa de la majoria dels motius comuns depen del rang d'expresió del gen. Hem trobat diferències que serveixen per il·lustrar el fet que moltes senyals clau de regulació gènica poden estar presents en la regió proximal del promotor dels gens de mamífers. També hem aplicat altres mètodes per a l'identificació de factors de transcripció (TFs) específics involucrats en la co-regulació d'un grup de gens. Dades de llocs d'unio dels TFs (TFBSs) verificats experimentalment recolzen la rellevància biològica dels nostres resultats.Programa de doctorat en BiomedicinaUniversitat Pompeu FabraAlbà Soler, MarUniversitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut2011201020102010info:eu-repo/semantics/doctoralThesisinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionapplication/pdfapplication/pdfhttp://www.tdx.cat/TDX-0422110-095017http://hdl.handle.net/10803/7202TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)reponame:TDR. Tesis Doctorales en Redinstname:CBUC, CESCAInglésADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.info:eu-repo/semantics/openAccessoai:www.tdx.cat:10803/72022026-06-14T12:46:07Z
score 15,300724

Similares en LA Referencia