Famílies de proteïnes Hha/YmoA i H-NS: regulació de l'expressió gènica a "Escherichia coli" i paper de la conjugació plasmídica, Les

En bacteris entèrics, les proteïnes de la família Hha/YmoA estan implicades en la regulació de l'expressió gènica depenent factors ambientals. Ha estat descrit que la proteïna Hha d' <i>Escherichia coli</i> interacciona amb la proteïna H-NS formant un complex amb el DNA respons...

Descripción completa

Detalles Bibliográficos
Autor: Forns Fradera, Núria
Tipo de recurso: tesis doctoral
Estado:Versión publicada
Fecha de publicación:2006
País:España
Institución:CBUC, CESCA
Repositorio:TDR. Tesis Doctorales en Red
OAI Identifier:oai:www.tdx.cat:10803/2403
Acceso en línea:http://www.tdx.cat/TDX-0115107-155038
http://hdl.handle.net/10803/2403
Access Level:acceso abierto
Palabra clave:Genòmica
Proteïnes
Bacteriologia
Operons
Ciències Experimentals i Matemàtiques
579
id ES_e3fbbaf0b1fcf7fa8266b58e7498dc6c
oai_identifier_str oai:www.tdx.cat:10803/2403
network_acronym_str ES
network_name_str España
repository_id_str
dc.title.none.fl_str_mv Famílies de proteïnes Hha/YmoA i H-NS: regulació de l'expressió gènica a "Escherichia coli" i paper de la conjugació plasmídica, Les
title Famílies de proteïnes Hha/YmoA i H-NS: regulació de l'expressió gènica a "Escherichia coli" i paper de la conjugació plasmídica, Les
spellingShingle Famílies de proteïnes Hha/YmoA i H-NS: regulació de l'expressió gènica a "Escherichia coli" i paper de la conjugació plasmídica, Les
Forns Fradera, Núria
Genòmica
Proteïnes
Bacteriologia
Operons
Ciències Experimentals i Matemàtiques
579
title_short Famílies de proteïnes Hha/YmoA i H-NS: regulació de l'expressió gènica a "Escherichia coli" i paper de la conjugació plasmídica, Les
title_full Famílies de proteïnes Hha/YmoA i H-NS: regulació de l'expressió gènica a "Escherichia coli" i paper de la conjugació plasmídica, Les
title_fullStr Famílies de proteïnes Hha/YmoA i H-NS: regulació de l'expressió gènica a "Escherichia coli" i paper de la conjugació plasmídica, Les
title_full_unstemmed Famílies de proteïnes Hha/YmoA i H-NS: regulació de l'expressió gènica a "Escherichia coli" i paper de la conjugació plasmídica, Les
title_sort Famílies de proteïnes Hha/YmoA i H-NS: regulació de l'expressió gènica a "Escherichia coli" i paper de la conjugació plasmídica, Les
dc.creator.none.fl_str_mv Forns Fradera, Núria
author Forns Fradera, Núria
author_facet Forns Fradera, Núria
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Madrid Xufré, Cristina
Universitat de Barcelona. Departament de Microbiologia
dc.subject.none.fl_str_mv Genòmica
Proteïnes
Bacteriologia
Operons
Ciències Experimentals i Matemàtiques
579
topic Genòmica
Proteïnes
Bacteriologia
Operons
Ciències Experimentals i Matemàtiques
579
description En bacteris entèrics, les proteïnes de la família Hha/YmoA estan implicades en la regulació de l'expressió gènica depenent factors ambientals. Ha estat descrit que la proteïna Hha d' <i>Escherichia coli</i> interacciona amb la proteïna H-NS formant un complex amb el DNA responsable de la termoregulació de l'expressió de l'operó <i>hly</i> d' <i>E. coli</i>. Altres proteïnes d'aquesta família, com YmoA i YdgT, també interaccionen amb la proteïna H-NS.<br/>La proteïna H-NS d' <i>E. coli</i> és una proteïna associada al nucleoide implicada en la regulació global de l'expressió gènica en funció de les condicions ambientals. H-NS es troba àmpliament distribuida entre bacteris Gram-negatius.<br/><br/>El primer objectiu va ser determinar si la participació conjunta de les proteïnes Hha i H-NS era extensible a altres gens regulats per H-NS. Escollirerm l'operó <i>bgl</i>, silenciat per la proteïna H-NS. Mitjançant mesures de l'activitat i de la trasncripció de l'operó vam concloure que les proteïnes Hha i YdgT intervenen en el silenciament de l'operó bgl d'<i>Escherichia coli</i>.<br/><br/>Es va analitzar la regulació de l'expressió gènica depenent de les proteïnes Hha i H-NS en diferents condicions d'osmolaritat per identificar les proteïnes diferencialment expressades. S'identificaren les proteïnes HdeA, l'expressió de la qual ja havia estat descrita com a regulada per H-NS; i HtrA, una proteasa sotmesa a osmoregulació. El complex Hha-H-NS és responsable de la repressió de l'expressió d'HtrA a baixa osmolaritat.<br/><br/>En la seqüència completa del plàsmid R27 s'han identificat dos gens (<i>orf182</i> i <i>orf164</i>) que codifiquen dues proteïnes homòlogues a Hha i H-NS, respectivament. Ja que la conjugació d'aquest plàsmid està sotmesa a termoregulació, i donat que les proteïnes Hha i H-NS estan implicades en la regulació de l'expressió gènica depenent de paràmetres ambientals, es va voler determinar: <br/><br/>· A) el paper d'aquestes proteïnes, d'origen plasmídic i d'origen cromosòmic, en la regulació de la conjugació de R27,<br/><br/>· B) i la intervenció de les proteïnes de codificació plasmídica en la fisiologia de la cèl·lula portadora del plàsmid. <br/><br/>Es realitzaren estudis de la freqüència de conjugació del plàsmid, estudis de la transcripció dels gens de transferencia mitjançant microxips i RT-PCR, assaigs de retard en gel amb les proteïnes Hha i H-NS i observació de pilis per MET. Es va concloure que les proteïnes Hha i H-NS, tant de codificació plasmídica com cromosòmica, interven en la termoregulació de la conjugació del plàsmid, reprimint l'expressió dels gens de transferencia a elevada temperatura. En estudis de complementació s'observà que les proteïnes codificades als gens <i>orf182</i> i <i>orf164</i>, compensen alguns fenotips causats per les mutacions dels gens <i>hha</i> i <i>hns</i>. Es va demostrar també la interacció in vitro de la proteïna H-NS plasmídica (ORF164) amb la proteïna Hha cromosòmica.<br/><br/>Finalment, es va realitzar una anàlisi trancriptòmica de l'efecte de les mutacions <i>hns</i> i <i>hha ydgT</i> en el patró d'expressió gènica a Escherichia coli, per determinar quins gens estaven afectats en cada fons genètic i establir la relació entre la regulació per H-NS i per Hha/YdgT. La comparació dels patrons d'expressió entre la soca hns i la soca salvatge, han posat de manifest que un 7% dels gens d'<i>E. coli</i> presenten una alteració significativa de la seva expressió, i que un 68% dels casos corresponen a una sobreexpressió en la soca hns. L'analisi de l'expressió diferencial entre la soca <i>hha ydgT</i> i la soca hns demostra que la regulació de la soca <i>hha ydgT</i> segueix majoritàriment el mateix patró d'expressió que la soca salvatge. Es van identificar 22 gens amb expressió diferencial entre la soca <i>hha ydgT</i> i la soca salvatge, dels quals 18 presenten sobreexpressió en un fons genètic <i>hha ydgT</i>, i 12 coincideixen amb els gens regulats per H-NS.
publishDate 2006
dc.date.none.fl_str_mv 2006
2007
2007
2011
dc.type.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.none.fl_str_mv http://www.tdx.cat/TDX-0115107-155038
http://hdl.handle.net/10803/2403
url http://www.tdx.cat/TDX-0115107-155038
http://hdl.handle.net/10803/2403
dc.language.none.fl_str_mv Catalán
language_invalid_str_mv Catalán
dc.rights.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
application/pdf
application/pdf
application/pdf
application/pdf
application/pdf
application/pdf
application/pdf
application/pdf
application/pdf
application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv Universitat de Barcelona
publisher.none.fl_str_mv Universitat de Barcelona
dc.source.none.fl_str_mv TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
reponame:TDR. Tesis Doctorales en Red
instname:CBUC, CESCA
instname_str CBUC, CESCA
reponame_str TDR. Tesis Doctorales en Red
collection TDR. Tesis Doctorales en Red
repository.name.fl_str_mv
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1869422551501897728
spelling Famílies de proteïnes Hha/YmoA i H-NS: regulació de l'expressió gènica a "Escherichia coli" i paper de la conjugació plasmídica, LesForns Fradera, NúriaGenòmicaProteïnesBacteriologiaOperonsCiències Experimentals i Matemàtiques579En bacteris entèrics, les proteïnes de la família Hha/YmoA estan implicades en la regulació de l'expressió gènica depenent factors ambientals. Ha estat descrit que la proteïna Hha d' <i>Escherichia coli</i> interacciona amb la proteïna H-NS formant un complex amb el DNA responsable de la termoregulació de l'expressió de l'operó <i>hly</i> d' <i>E. coli</i>. Altres proteïnes d'aquesta família, com YmoA i YdgT, també interaccionen amb la proteïna H-NS.<br/>La proteïna H-NS d' <i>E. coli</i> és una proteïna associada al nucleoide implicada en la regulació global de l'expressió gènica en funció de les condicions ambientals. H-NS es troba àmpliament distribuida entre bacteris Gram-negatius.<br/><br/>El primer objectiu va ser determinar si la participació conjunta de les proteïnes Hha i H-NS era extensible a altres gens regulats per H-NS. Escollirerm l'operó <i>bgl</i>, silenciat per la proteïna H-NS. Mitjançant mesures de l'activitat i de la trasncripció de l'operó vam concloure que les proteïnes Hha i YdgT intervenen en el silenciament de l'operó bgl d'<i>Escherichia coli</i>.<br/><br/>Es va analitzar la regulació de l'expressió gènica depenent de les proteïnes Hha i H-NS en diferents condicions d'osmolaritat per identificar les proteïnes diferencialment expressades. S'identificaren les proteïnes HdeA, l'expressió de la qual ja havia estat descrita com a regulada per H-NS; i HtrA, una proteasa sotmesa a osmoregulació. El complex Hha-H-NS és responsable de la repressió de l'expressió d'HtrA a baixa osmolaritat.<br/><br/>En la seqüència completa del plàsmid R27 s'han identificat dos gens (<i>orf182</i> i <i>orf164</i>) que codifiquen dues proteïnes homòlogues a Hha i H-NS, respectivament. Ja que la conjugació d'aquest plàsmid està sotmesa a termoregulació, i donat que les proteïnes Hha i H-NS estan implicades en la regulació de l'expressió gènica depenent de paràmetres ambientals, es va voler determinar: <br/><br/>· A) el paper d'aquestes proteïnes, d'origen plasmídic i d'origen cromosòmic, en la regulació de la conjugació de R27,<br/><br/>· B) i la intervenció de les proteïnes de codificació plasmídica en la fisiologia de la cèl·lula portadora del plàsmid. <br/><br/>Es realitzaren estudis de la freqüència de conjugació del plàsmid, estudis de la transcripció dels gens de transferencia mitjançant microxips i RT-PCR, assaigs de retard en gel amb les proteïnes Hha i H-NS i observació de pilis per MET. Es va concloure que les proteïnes Hha i H-NS, tant de codificació plasmídica com cromosòmica, interven en la termoregulació de la conjugació del plàsmid, reprimint l'expressió dels gens de transferencia a elevada temperatura. En estudis de complementació s'observà que les proteïnes codificades als gens <i>orf182</i> i <i>orf164</i>, compensen alguns fenotips causats per les mutacions dels gens <i>hha</i> i <i>hns</i>. Es va demostrar també la interacció in vitro de la proteïna H-NS plasmídica (ORF164) amb la proteïna Hha cromosòmica.<br/><br/>Finalment, es va realitzar una anàlisi trancriptòmica de l'efecte de les mutacions <i>hns</i> i <i>hha ydgT</i> en el patró d'expressió gènica a Escherichia coli, per determinar quins gens estaven afectats en cada fons genètic i establir la relació entre la regulació per H-NS i per Hha/YdgT. La comparació dels patrons d'expressió entre la soca hns i la soca salvatge, han posat de manifest que un 7% dels gens d'<i>E. coli</i> presenten una alteració significativa de la seva expressió, i que un 68% dels casos corresponen a una sobreexpressió en la soca hns. L'analisi de l'expressió diferencial entre la soca <i>hha ydgT</i> i la soca hns demostra que la regulació de la soca <i>hha ydgT</i> segueix majoritàriment el mateix patró d'expressió que la soca salvatge. Es van identificar 22 gens amb expressió diferencial entre la soca <i>hha ydgT</i> i la soca salvatge, dels quals 18 presenten sobreexpressió en un fons genètic <i>hha ydgT</i>, i 12 coincideixen amb els gens regulats per H-NS.<i>In enteric bacteria, the proteins of Hha/YmoA family play an important role in regulation of gene expression in response to environmental signals. On another part, the nucleoid-associated protein H-NS is a relevant example of a global modulator. H-NS binds to Hha, and other proteins of Hha/YmoA family, to regulate gene expression depending on environmental conditions.<br/>The first goal was to determine if Hha and H-NS participate together regulating genes known as regulated by H-NS, like "bgl" operon silenced by H-NS, or other new genes in different osmolarity conditions. We conclude that Hha play a role in silencing "bgl" operon expression in "E. Coli" and that Hha-H-NS complex is responsible for the HtrA repression at low osmolarity.<br/>R27 plasmid code two proteins homologous to Hha and H-NS, respectively. Since R27 conjugation is thermoregulated, and given the fact that Hha and H-NS regulate gene expression depending on environmental parameters, we investigated the role of these proteins, in thermoregulation of R27 conjugation. We conclude that Hha and H-NS, of plasmidic and chromosomic origin, downregulate plasmid conjugation at high temperature. As well, we studied the intervention of Hha and H-NS R27 encoded proteins in the physiology of R27 host cells. We observed that these proteins compensate some of the phenotypes caused by hha and hns mutations.<br/>Finally, a transcriptomic analysis of the effect of the mutations "hns" and "hha ydgT" in "E. coli"i was carried out to establish the relationship between H-NS and Hha/YdgT regulation. The result showed that 7% of genes were affected by "hns" mutation and that 68% of these cases corresponds to an overexpression in hns strain. The analysis of "hha ydgT" strain demonstrates that its regulation follows mostly the same pattern of expression than the wild type strain, because "hha ydgT" mutations only affected 22 genes. </I>Universitat de BarcelonaMadrid Xufré, CristinaUniversitat de Barcelona. Departament de Microbiologia2011200720062007info:eu-repo/semantics/doctoralThesisinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfapplication/pdfhttp://www.tdx.cat/TDX-0115107-155038http://hdl.handle.net/10803/2403TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)reponame:TDR. Tesis Doctorales en Redinstname:CBUC, CESCACatalánADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.info:eu-repo/semantics/openAccessoai:www.tdx.cat:10803/24032026-06-14T12:46:07Z
score 15,300719

Similares en LA Referencia