T346Hunter: A Novel Web-Based Tool for the Prediction of Type III, Type IV and Type VI Secretion Systems in Bacterial Genomes

En este trabajo presentamos T346Hunter, una herramienta web diseñada para la identificación y localización automatizada de sistemas de secreción tipo III, IV y VI (T3SS, T4SS y T6SS) en genomas bacterianos. Mediante el uso de modelos ocultos de Márkov (HMM) y una base de datos exhaustiva de componen...

Descripción completa

Detalles Bibliográficos
Autores: Martínez García, Pedro Manuel, Ramos, Cayo, Rodríguez Palenzuela, Pablo
Tipo de recurso: artículo
Fecha de publicación:2015
País:España
Institución:Universidad Pablo de Olavide (UPO)
Repositorio:RIO. Repositorio Institucional Olavide
Idioma:inglés
OAI Identifier:oai:rio.upo.es:10433/26139
Acceso en línea:https://hdl.handle.net/10433/26139
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spelling T346Hunter: A Novel Web-Based Tool for the Prediction of Type III, Type IV and Type VI Secretion Systems in Bacterial GenomesMartínez García, Pedro ManuelRamos, CayoRodríguez Palenzuela, PabloT3SST4SST6SSBacterial genomesPredictionEn este trabajo presentamos T346Hunter, una herramienta web diseñada para la identificación y localización automatizada de sistemas de secreción tipo III, IV y VI (T3SS, T4SS y T6SS) en genomas bacterianos. Mediante el uso de modelos ocultos de Márkov (HMM) y una base de datos exhaustiva de componentes estructurales, nuestro servidor permite analizar tanto genomas completos como borradores, así como visualizar los clústeres genómicos de forma gráfica e intuitiva. También validamos la eficacia de la herramienta comparando nuestras predicciones con las de otros repositorios especializados. Con esta herramienta, buscamos facilitar a la comunidad científica la identificación de sistemas de secreción en genomas bacterianos de interés, lo que puede resultar de gran ayuda de cara al desarrollo de estrategias de control contra enfermedades bacterianas mediadas por efectores.PLOS20262026-02-1820152015-04-1320152015-04-13journal articlehttp://purl.org/coar/resource_type/c_6501VoRhttp://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85info:eu-repo/semantics/articleapplication/pdfhttps://hdl.handle.net/10433/26139reponame:RIO. Repositorio Institucional Olavideinstname:Universidad Pablo de Olavide (UPO)InglésengMinisterio de Ciencia e Innovación http://dx.doi.org/10.13039/501100004837 Not available AGL2011-30343-C02-01 Análisis funcional de factores de virulencia y determinantes del espectro de huésped en Pseudomonas savastanoiopen accesshttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 Internationalhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccessoai:rio.upo.es:10433/261392026-06-13T12:46:27Z
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