Machine learning approach to the study of chromatin
Des de l’aparició de les tecnologies de seqüenciació d’alt rendiment, els conjunts de dades biològiques han esdevingut cada cop més grans i complexes, la qual cosa els fa pràcticament impossibles d’interpretar manualment. El paradigma de l’aprenentatge automàtic permet fer una anàlisi sistemàtica de...
| Autor: | |
|---|---|
| Formato: | tesis doctoral |
| Estado: | Versión publicada |
| Fecha de publicación: | 2017 |
| País: | España |
| Recursos: | CBUC, CESCA |
| Repositorio: | TDR. Tesis Doctorales en Red |
| OAI Identifier: | oai:www.tdx.cat:10803/565685 |
| Acesso em linha: | http://hdl.handle.net/10803/565685 |
| Access Level: | acceso abierto |
| Palavra-chave: | Machine learning HMM SVM Epigenetics ChIP-seq Aprenentatge automàtic Epigenètica 575 |
| Resumo: | Des de l’aparició de les tecnologies de seqüenciació d’alt rendiment, els conjunts de dades biològiques han esdevingut cada cop més grans i complexes, la qual cosa els fa pràcticament impossibles d’interpretar manualment. El paradigma de l’aprenentatge automàtic permet fer una anàlisi sistemàtica de les relacions i patrons existents en els conjuts de dades, tot aprofitant l’enorme volum de dades disponibles. No obstant això, una aplicació poc curosa dels principis bàsics de l’aprenentatge automàtic pot conduir a estimacions massa optimistes, un problema prevalent conegut com a sobreajust. En el camp del plegament de proteïnes, en vam trobar exemples en models publicats que afirmaven tenir un alt poder predictiu, però que es comportaven de forma mediocre devant de dades noves. En el camp de l’epigenètica, problemes com la falta de reproducibilitat, qualitat heterogènia i conflictes entre replicats esdevenen evidents quan es comparen diferents conjunts de dades de ChIP-seq. Per superar aquestes limitacions vam desenvolupar Zerone, un discretitzador de ChIP-seq basat en aprenentatge automàtic que és capaç de combinar informació de diferents replicats experimentals i d’identificar automàticament dades de baixa qualitat o irreproduïbles. |
|---|