Development of a new methodology for the study of the three-dimensional (epi)genetic landscape in human normal and malignant hematopoiesis
L'estructura tridimensional de la cromatina és una característica clau en la regulació del control de l'expressió gènica. Comprendre les interaccions de llarg abast entre els promotors gènics i els elements reguladors, com els enhancers, és crucial per comprendre l'estreta interacció...
| Autor: | |
|---|---|
| Tipo de recurso: | tesis doctoral |
| Fecha de publicación: | 2023 |
| País: | España |
| Institución: | Universitat Autònoma de Barcelona |
| Repositorio: | Dipòsit Digital de Documents de la UAB |
| Idioma: | inglés |
| OAI Identifier: | oai:ddd.uab.cat:293031 |
| Acceso en línea: | https://ddd.uab.cat/record/293031 |
| Access Level: | acceso abierto |
| Palabra clave: | Low input capture HI-C Chromatin Cromatina Epigenètica Epigenetics Epigenética Leucèmia Leukemia Leucemia Ciències de la Salut |
| Sumario: | L'estructura tridimensional de la cromatina és una característica clau en la regulació del control de l'expressió gènica. Comprendre les interaccions de llarg abast entre els promotors gènics i els elements reguladors, com els enhancers, és crucial per comprendre l'estreta interacció en el control transcripcional dels gens esmentats i, si s'altera, pot donar lloc a malalties, incloses neoplàsies hematopoètiques. Tot i això, els mètodes convencionals d'estudi exigeixen grans quantitats de material de partida, cosa que resulta poc pràctica per als escenaris clínics i l'anàlisi de poblacions cel·lulars poc freqüents. Per abordar aquesta qüestió, en aquesta tesi hem desenvolupat un mètode rendible i flexible anomenat Low Input Capture Hi-C (liCHi-C), que permet el mapeig detallat i la comparació d'interactomes de promotors a alta resolució utilitzant tan sols 50.000 cèl·lules. Per demostrar la seva versatilitat, hem aplicat liCHi-C per investigar la jerarquia hematopoètica humana normal i maligna utilitzant mostres clíniques. A través d'aquest mètode, hem revelat l'arquitectura dinàmica dels promotors durant l'hematopoesi humana, que ajuda a identificar les vies de desenvolupament i regeix els canvis transcripcionals durant el compromís del destí cel·lular. A més, liCHi-C ha mostrat ser vàlid per identificar tipus cel·lulars, gens i vies rellevants per a malalties que es poden veure afectats per alteracions no codificants en elements reguladors distals. Finalment, hem demostrat el potencial de liCHi-C per descobrir variants estructurals a tot el genoma, determinar-ne els punts de ruptura i inferir-ne els possibles efectes patogènics. El nostre mètode optimitzat liCHi-C amplia enormement l'exploració de l'organització tridimensional de la cromatina a poblacions cel·lulars escasses, oferint l'oportunitat de descobrir factors clau i xarxes reguladores implicades en la patogènesi de malalties. |
|---|