Alternative splicing control over naïve and primed pluripotency

Programa de Doctorat en Biomedicina / Tesi realitzada al Centre de Regulació Genómica (CRG)

Detalles Bibliográficos
Autor: Rodríguez Vaello, Victoria Eugenia
Tipo de recurso: tesis doctoral
Estado:Versión publicada
Fecha de publicación:2020
País:España
Institución:CBUC, CESCA
Repositorio:TDR. Tesis Doctorales en Red
OAI Identifier:oai:www.tdx.cat:10803/672261
Acceso en línea:http://hdl.handle.net/10803/672261
Access Level:acceso abierto
Palabra clave:Genòmica
Genómica
Genomics
Biologia del desenvolupament
Biología del desarrollo
Developmental biology
Cèl·lules mare
Células madre
Stem cells
Ciències Experimentals i Matemàtiques
575
id ES_c0647f23fe4f528d8ec79aa96e6315fc
oai_identifier_str oai:www.tdx.cat:10803/672261
network_acronym_str ES
network_name_str España
repository_id_str
spelling Alternative splicing control over naïve and primed pluripotencyRodríguez Vaello, Victoria EugeniaGenòmicaGenómicaGenomicsBiologia del desenvolupamentBiología del desarrolloDevelopmental biologyCèl·lules mareCélulas madreStem cellsCiències Experimentals i Matemàtiques575Programa de Doctorat en Biomedicina / Tesi realitzada al Centre de Regulació Genómica (CRG)A fundamental step in embryo development is the transition through pluripotency. There are two known sequential states of pluripotency termed naïve and primed pluripotency. Considerable efforts have been made to characterize these two cell identities using gene expression, protein, metabolic and epigenetic profiling; here we explore an additional regulatory layer, at the level of alternative pre-mRNA splicing (AS). We performed deep coverage RNA sequencing on embryo-derived stem cell lines and identified a regulated AS landscape between the two states involving over 900 splicing events. These events show distinct cis-regulatory features and can also be observed in vivo and in the equivalent human pluripotency states. Differential gene expression analyses helped to identify two regulatory axes that contribute to shape these AS landscapes: the Rbmx/RbmxL2 and the Rbm47/Esrp axes. We further performed a high-throughput screen to test the effect of 1,500 single knockdowns of RNA binding proteins and chromatin modifiers on naïve-to-primed AS switches. This led us to the identification of Qki as an additional master naïve-to-primed AS regulator. Functional assays show that depletion of these splicing regulators affect the differentiation dynamics of embryonic stem cells. Overall, our results provide new insights into the regulatory programs governing naïve and primed pluripotency and the gain of differentiation potential.Universitat de BarcelonaIrimia, ManuelMarfany i Nadal, GemmaUniversitat de Barcelona. Facultat de Biologia202120222020info:eu-repo/semantics/doctoralThesisinfo:eu-repo/semantics/publishedVersion260 p.application/pdfapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/10803/672261TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)reponame:TDR. Tesis Doctorales en Redinstname:CBUC, CESCAInglésADVERTIMENT. Tots els drets reservats. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.info:eu-repo/semantics/openAccessoai:www.tdx.cat:10803/6722612026-06-14T12:46:07Z
dc.title.none.fl_str_mv Alternative splicing control over naïve and primed pluripotency
title Alternative splicing control over naïve and primed pluripotency
spellingShingle Alternative splicing control over naïve and primed pluripotency
Rodríguez Vaello, Victoria Eugenia
Genòmica
Genómica
Genomics
Biologia del desenvolupament
Biología del desarrollo
Developmental biology
Cèl·lules mare
Células madre
Stem cells
Ciències Experimentals i Matemàtiques
575
title_short Alternative splicing control over naïve and primed pluripotency
title_full Alternative splicing control over naïve and primed pluripotency
title_fullStr Alternative splicing control over naïve and primed pluripotency
title_full_unstemmed Alternative splicing control over naïve and primed pluripotency
title_sort Alternative splicing control over naïve and primed pluripotency
dc.creator.none.fl_str_mv Rodríguez Vaello, Victoria Eugenia
author Rodríguez Vaello, Victoria Eugenia
author_facet Rodríguez Vaello, Victoria Eugenia
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Irimia, Manuel
Marfany i Nadal, Gemma
Universitat de Barcelona. Facultat de Biologia
dc.subject.none.fl_str_mv Genòmica
Genómica
Genomics
Biologia del desenvolupament
Biología del desarrollo
Developmental biology
Cèl·lules mare
Células madre
Stem cells
Ciències Experimentals i Matemàtiques
575
topic Genòmica
Genómica
Genomics
Biologia del desenvolupament
Biología del desarrollo
Developmental biology
Cèl·lules mare
Células madre
Stem cells
Ciències Experimentals i Matemàtiques
575
description Programa de Doctorat en Biomedicina / Tesi realitzada al Centre de Regulació Genómica (CRG)
publishDate 2020
dc.date.none.fl_str_mv 2020
2021
2022
dc.type.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.none.fl_str_mv http://hdl.handle.net/10803/672261
url http://hdl.handle.net/10803/672261
dc.language.none.fl_str_mv Inglés
language_invalid_str_mv Inglés
dc.rights.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv 260 p.
application/pdf
application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv Universitat de Barcelona
publisher.none.fl_str_mv Universitat de Barcelona
dc.source.none.fl_str_mv TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
reponame:TDR. Tesis Doctorales en Red
instname:CBUC, CESCA
instname_str CBUC, CESCA
reponame_str TDR. Tesis Doctorales en Red
collection TDR. Tesis Doctorales en Red
repository.name.fl_str_mv
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1869418473557327872
score 15,300719

Similares en LA Referencia