Marcadores genéticos y dominios conservados en la proteína de la cápside de las distintas variantes del VIH
La proteína CA de gag que forma la cápside del VIH posee un papel estructural y funcional esencial para el ciclo viral, resultando un interesante objetivo para el diseño de test moleculares diagnósticos y nuevas drogas antirretrovirales. En este trabajo estudiamos en detalle la conservación de esta...
| Autor: | |
|---|---|
| Tipo de recurso: | tesis de maestría |
| Fecha de publicación: | 2019 |
| País: | España |
| Institución: | Universidad Complutense de Madrid (UCM) |
| Repositorio: | Docta Complutense |
| Idioma: | español |
| OAI Identifier: | oai:docta.ucm.es:20.500.14352/14423 |
| Acceso en línea: | https://hdl.handle.net/20.500.14352/14423 |
| Access Level: | acceso abierto |
| Palabra clave: | 616.9 VIH p24 cápside variabilidad genética Enfermedades infecciosas Microbiología médica Biología molecular (Biología) Genética 3205.05 Enfermedades Infecciosas 3201.03 Microbiología Clínica 2415 Biología Molecular 2409 Genética |
| Sumario: | La proteína CA de gag que forma la cápside del VIH posee un papel estructural y funcional esencial para el ciclo viral, resultando un interesante objetivo para el diseño de test moleculares diagnósticos y nuevas drogas antirretrovirales. En este trabajo estudiamos en detalle la conservación de esta proteína y de los elementos de su estructura secundaria. Localizamos los marcadores genéticos asociados a cada variante del VIH-1 y VIH-2 y los polimorfismos en aminoácidos clave para su función descritos en la literatura. También evaluamos la utilidad de secuencias de la CA para clasificar correctamente las variantes del VIH por análisis filogenético. Para todo ello se descargaron 39.010 secuencias de la proteína CA de la base de datos del Laboratorio Nacional de los Álamos de EE.UU de todas las variantes del VIH (tipos, grupos, subtipos, sub-subtipos y CRFs) y se analizaron utilizando una nueva herramienta bioinformática desarrollada en el laboratorio y verificada durante este estudio. CA presentó una alta conservación en las 105 variantes analizadas, encontrando estructuras menos conservadas como la horquilla-ß, la hélice-α 6 y el loop de unión a ciclofilina A. Se encontraron marcadores genéticos de variante en todos los tipos, subtipos, sub-subtipos y recombinantes del VIH. Se hallaron mutaciones en posiciones relevantes para la funcionalidad de estructuras destacadas de CA y en residuos altamente conservados cuyos polimorfismos se asocian a defectos del ensamblaje de la cápside inmadura según la literatura. Por último, se constató que CA es una buena región para caracterizar gran parte de las variantes del VIH. |
|---|