Phylogeny and evolutionary perspective of Opisthokonta protists

[cat] Per entendre l’origen dels Opistoconts (grup taxonòmic que conté animals, fongs i diversos llinatges protists emparentats) o inferir les seves transicions evolutives, és fonamental primer entendre les relacions filogenètiques entre les espècies existents en l’actualitat. La filogènia, particul...

Descripción completa

Detalles Bibliográficos
Autor: Torruella i Cortés, Guifré
Tipo de recurso: tesis doctoral
Estado:Versión publicada
Fecha de publicación:2014
País:España
Institución:Universidad de Barcelona
Repositorio:Dipòsit Digital de la UB
OAI Identifier:oai:diposit.ub.edu:2445/63845
Acceso en línea:https://hdl.handle.net/2445/63845
http://hdl.handle.net/10803/286509
Access Level:acceso abierto
Palabra clave:Genòmica
Filogènia
Evolució (Biologia)
Protists
Cèl·lules eucariotes
Taxonomia (Biologia)
Genomics
Phylogeny
Evolution (Biology)
Protista
Eukaryotic cells
Taxonomy (Biology)
id ES_b49b901cadeb5bbd9c8bf248bcb286e8
oai_identifier_str oai:diposit.ub.edu:2445/63845
network_acronym_str ES
network_name_str España
repository_id_str
dc.title.none.fl_str_mv Phylogeny and evolutionary perspective of Opisthokonta protists
title Phylogeny and evolutionary perspective of Opisthokonta protists
spellingShingle Phylogeny and evolutionary perspective of Opisthokonta protists
Torruella i Cortés, Guifré
Genòmica
Filogènia
Evolució (Biologia)
Protists
Cèl·lules eucariotes
Taxonomia (Biologia)
Genomics
Phylogeny
Evolution (Biology)
Protista
Eukaryotic cells
Taxonomy (Biology)
title_short Phylogeny and evolutionary perspective of Opisthokonta protists
title_full Phylogeny and evolutionary perspective of Opisthokonta protists
title_fullStr Phylogeny and evolutionary perspective of Opisthokonta protists
title_full_unstemmed Phylogeny and evolutionary perspective of Opisthokonta protists
title_sort Phylogeny and evolutionary perspective of Opisthokonta protists
dc.creator.none.fl_str_mv Torruella i Cortés, Guifré
author Torruella i Cortés, Guifré
author_facet Torruella i Cortés, Guifré
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Ruiz Trillo, Iñaki
Riutort León, Marta
Universitat de Barcelona. Departament de Genètica
dc.subject.none.fl_str_mv Genòmica
Filogènia
Evolució (Biologia)
Protists
Cèl·lules eucariotes
Taxonomia (Biologia)
Genomics
Phylogeny
Evolution (Biology)
Protista
Eukaryotic cells
Taxonomy (Biology)
topic Genòmica
Filogènia
Evolució (Biologia)
Protists
Cèl·lules eucariotes
Taxonomia (Biologia)
Genomics
Phylogeny
Evolution (Biology)
Protista
Eukaryotic cells
Taxonomy (Biology)
description [cat] Per entendre l’origen dels Opistoconts (grup taxonòmic que conté animals, fongs i diversos llinatges protists emparentats) o inferir les seves transicions evolutives, és fonamental primer entendre les relacions filogenètiques entre les espècies existents en l’actualitat. La filogènia, particularment la filogenòmica, és el procediment vàlid per inferir relacions evolutives entre espècies, ja que la morfologia, les sinapomorfies moleculars o els canvis genètics singulars són arguments cíclics dependents del mostreig taxonòmic. Per aquesta raó hem fet servir dades genòmiques i transcriptòmiques per a construir un nou conjunt de dades format per dominis proteics de còpia única i els hem analitzat mitjançat diversos mètodes per prevenir errors sistemàtics. Hem pogut així confirmar la divisió entre Holomycota (Nucleariids, Opisthosporidia, quitridiomiciets i fongs) i Holozoa (Ichthyosporea, Filasterea, Choanomonada i Metazoa). També hem obtingut dades de RNAseq per situar espècies particularment ambigües com: Corallochytrium limacisporum la qual hem situat com a grup germà de Ichthyosporea, un altre grup holozou osmotròfic. Partint d’aquesta base filogenètica es pot començar a especular sobre les transicions evolutives entre els grups. No obstant, abans cal reconstruir els ancestres dels llinatges dels Opistoconts com també dels seus grups externs actuals: Apusomonadida i Breviatea. Els resultats indiquen que no existeix cap lligam definit entre els bacterívors ancestrals biflagelats (grup extern) i cap dels llinatges Opistoconts (grup d’interès). També que el darrer avantpassat comú dels Opistoconts probablement conservaria quasi tots els caràcters ancestrals com el moviment ameboide, filopodis, la fagotrofia, etc.; però seria uniflagel·lat, amb una forma cel·lular menys restringida pel tipus d’alimentació. Mitjançant la genòmica comparada hem estudiat les similituds entre grups no emparentats d’Opistoconts com els osmòtrofs amb paret cel·lular o les amebes filopodials nues. Per exemple, hem trobat que Ministeria vibrans (Filasterea) i C. limacisporum (Ichthyosporea) presenten un aparell flagel·lar fins ara desconegut amb un patró similar al que formen fongs i altres eucariotes. També que Ichthyosporea fa servir un material semblant a la quitina per construir la seva paret cel·lular. Aquestes similituds plantegen hipòtesis de convergència evolutiva o paral·lelisme entre llinatges propers que s’hauran de comprovar en un futur.
publishDate 2014
dc.date.none.fl_str_mv 2014
dc.type.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.none.fl_str_mv https://hdl.handle.net/2445/63845
http://hdl.handle.net/10803/286509
url https://hdl.handle.net/2445/63845
http://hdl.handle.net/10803/286509
dc.language.none.fl_str_mv Inglés
language_invalid_str_mv Inglés
dc.rights.none.fl_str_mv (c) Torruella, 2014
info:eu-repo/semantics/openAccess
rights_invalid_str_mv (c) Torruella, 2014
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv Universitat de Barcelona
publisher.none.fl_str_mv Universitat de Barcelona
dc.source.none.fl_str_mv Tesis Doctorals - Departament - Genètica
reponame:Dipòsit Digital de la UB
instname:Universidad de Barcelona
instname_str Universidad de Barcelona
reponame_str Dipòsit Digital de la UB
collection Dipòsit Digital de la UB
repository.name.fl_str_mv
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1869417275442855936
spelling Phylogeny and evolutionary perspective of Opisthokonta protistsTorruella i Cortés, GuifréGenòmicaFilogèniaEvolució (Biologia)ProtistsCèl·lules eucariotesTaxonomia (Biologia)GenomicsPhylogenyEvolution (Biology)ProtistaEukaryotic cellsTaxonomy (Biology)[cat] Per entendre l’origen dels Opistoconts (grup taxonòmic que conté animals, fongs i diversos llinatges protists emparentats) o inferir les seves transicions evolutives, és fonamental primer entendre les relacions filogenètiques entre les espècies existents en l’actualitat. La filogènia, particularment la filogenòmica, és el procediment vàlid per inferir relacions evolutives entre espècies, ja que la morfologia, les sinapomorfies moleculars o els canvis genètics singulars són arguments cíclics dependents del mostreig taxonòmic. Per aquesta raó hem fet servir dades genòmiques i transcriptòmiques per a construir un nou conjunt de dades format per dominis proteics de còpia única i els hem analitzat mitjançat diversos mètodes per prevenir errors sistemàtics. Hem pogut així confirmar la divisió entre Holomycota (Nucleariids, Opisthosporidia, quitridiomiciets i fongs) i Holozoa (Ichthyosporea, Filasterea, Choanomonada i Metazoa). També hem obtingut dades de RNAseq per situar espècies particularment ambigües com: Corallochytrium limacisporum la qual hem situat com a grup germà de Ichthyosporea, un altre grup holozou osmotròfic. Partint d’aquesta base filogenètica es pot començar a especular sobre les transicions evolutives entre els grups. No obstant, abans cal reconstruir els ancestres dels llinatges dels Opistoconts com també dels seus grups externs actuals: Apusomonadida i Breviatea. Els resultats indiquen que no existeix cap lligam definit entre els bacterívors ancestrals biflagelats (grup extern) i cap dels llinatges Opistoconts (grup d’interès). També que el darrer avantpassat comú dels Opistoconts probablement conservaria quasi tots els caràcters ancestrals com el moviment ameboide, filopodis, la fagotrofia, etc.; però seria uniflagel·lat, amb una forma cel·lular menys restringida pel tipus d’alimentació. Mitjançant la genòmica comparada hem estudiat les similituds entre grups no emparentats d’Opistoconts com els osmòtrofs amb paret cel·lular o les amebes filopodials nues. Per exemple, hem trobat que Ministeria vibrans (Filasterea) i C. limacisporum (Ichthyosporea) presenten un aparell flagel·lar fins ara desconegut amb un patró similar al que formen fongs i altres eucariotes. També que Ichthyosporea fa servir un material semblant a la quitina per construir la seva paret cel·lular. Aquestes similituds plantegen hipòtesis de convergència evolutiva o paral·lelisme entre llinatges propers que s’hauran de comprovar en un futur.[eng] To understand the origin of opisthokonts or infer evolutionary transitions within the group that contains two multicellular lineages (animals and fungi), it is first fundamental to understand the phylogenetic relationships between extant living species. Phylogeny and particularly phylogenomics (such the supermatrix approach) is the only valid procedure to infer evolutionary relationships between species, as morphological or molecular synapomorphies or rare genomic changes are cyclic arguments and really taxon dependent. This is why we have used genomic and transcriptomic data to build a novel dataset of Single Copy Protein Domains and test phylogenetic hypotheses with multiple methods to discard problems of systematic error. We have confirmed the division between Holomycota (Nucleariids, Opisthosporidia, chytrid fungi and fungi) and Holozoa (Ichthyosporea, Filasterea, Choanomonada and Metazoa). We also have generated RNAseq data to place a specially elusive species: Corallochytrium limacisporum and found it placed as sister group to Ichthyosporea, another osmotrophic holozoan group. With this solid phylogenetic background we can start to speculate on evolutionary transitions between groups, but not before reconstructing ancestral character states in different opisthokont lineages and also the extant living outgroups: Apusomonadida and Breviatea. So we conclude that there is no clear link between biflagellated free-living gliding bacterivores (outgroup) and any opisthokont lineage (ingroup). The Last Opisthokont Common Ancestor was probably uniflagellated but retained all other ancestral characters such amoeboid movement, filopodia, phagotrophy, etc. but had a less constrained cell shape or feeding mode. Then, we studied the similarities found between non-related groups of opisthokonts, such the walled osmotrophs or the naked filose amoebae through comparative genomics. For example, we found that Ministeria vibrans (Filasterea) and C. limacisporum (Ichthyosporea) have a flagellar apparatus previously unnoticed, and with a molecular pattern of flagellum reduction also seen in fungi and other eukaryotes. Also, Ichthyosporea probably use a chitin-like substance to build their cell wall (similar to fungi) but with an independently diversified pathway.Universitat de BarcelonaRuiz Trillo, IñakiRiutort León, MartaUniversitat de Barcelona. Departament de Genètica2014info:eu-repo/semantics/doctoralThesisinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionapplication/pdfhttps://hdl.handle.net/2445/63845http://hdl.handle.net/10803/286509Tesis Doctorals - Departament - Genèticareponame:Dipòsit Digital de la UBinstname:Universidad de BarcelonaInglés(c) Torruella, 2014info:eu-repo/semantics/openAccessoai:diposit.ub.edu:2445/638452026-05-27T06:46:51Z
score 15,300719

Similares en LA Referencia