Validación de una aplicación para la anotación de isomiRs
Los micro RNAs (miRNAs) son una clase de small RNAs no codificantes de un tamaño alrededor de 22 nucleótidos con función represora de la expresión génica. Se ha demostrado que un único miRNA locus puede dar lugar a diferencias secuencias de miRNAs como resultado del proceso de maduración. Los small...
| Autor: | |
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| Tipo de recurso: | tesis de maestría |
| Fecha de publicación: | 2018 |
| País: | España |
| Institución: | Universitat Oberta de Catalunya (UOC) |
| Repositorio: | O2, repositorio institucional de la UOC |
| OAI Identifier: | oai:openaccess.uoc.edu:10609/82265 |
| Acceso en línea: | http://hdl.handle.net/10609/82265 |
| Access Level: | acceso abierto |
| Palabra clave: | isomiR microRNA bioinformática bioinformàtica bioinformatics Bioinformatics -- TFM Bioinformàtica -- TFM Bioinformática -- TFM |
| Sumario: | Los micro RNAs (miRNAs) son una clase de small RNAs no codificantes de un tamaño alrededor de 22 nucleótidos con función represora de la expresión génica. Se ha demostrado que un único miRNA locus puede dar lugar a diferencias secuencias de miRNAs como resultado del proceso de maduración. Los small RNA que presentan estas variaciones en relación a la secuencia referencia se denominan isomiRs. La determinación de los niveles de expresión de miRNAs mediante secuenciación masiva (NGS) es una técnica muy extendida. Sin embargo, la anotación de las lecturas habitualmente se realiza sin tener en cuenta las isoformas a pesar de que se ha mostrado que la actividad biológica del miRNA se ve afectada por la presencia de modificaciones. En este trabajo hemos ayudado a implementar un formato de fichero para la anotación de small RNA-seq compatible con el standard GFF3. Además, hemos desarrollado herramientas bioinformáticas para comprobar el formato e importar estos ficheros a un entorno Python. Por último, hemos comprobado la utilidad de este formato de fichero y de las herramientas desarrolladas analizando un set de datos experimentales. |
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