Epidemiology and taxogenomics of the genus arcobacter
El gènere Arcobacter pertany a la família Campylobacteraceae i inclou espècies, considerades patògens emergents ja que son responsables de produir infeccions en humans i animals. Les bactèries d'aquest gènere tenen una àmplia distribució a nivell mundial i es creu que es transmeten pel consum d...
| Autor: | |
|---|---|
| Tipo de recurso: | tesis doctoral |
| Estado: | Versión publicada |
| Fecha de publicación: | 2018 |
| País: | España |
| Institución: | CBUC, CESCA |
| Repositorio: | TDR. Tesis Doctorales en Red |
| OAI Identifier: | oai:www.tdx.cat:10803/663660 |
| Acceso en línea: | http://hdl.handle.net/10803/663660 |
| Access Level: | acceso abierto |
| Palabra clave: | Arcobacter Epidemiologia Taxonomia Epidemiology Taxonomy Ciéncias de la salud 575 579 |
| Sumario: | El gènere Arcobacter pertany a la família Campylobacteraceae i inclou espècies, considerades patògens emergents ja que son responsables de produir infeccions en humans i animals. Les bactèries d'aquest gènere tenen una àmplia distribució a nivell mundial i es creu que es transmeten pel consum d'aigües o aliments contaminats. Hi ha diverses eines per a l'estudi epidemiològic que ens ajudarien a aclarir aquestes rutes de contagi. No obstant això, els mecanismes d'acció d'aquests bacteris són encara poc coneguts i no hi ha un tractament estandarditzat. El nombre d'espècies del gènere ha augmentat considerablement en els últims anys i l'ús de noves tècniques d'aïllament ha permès trobar d'altres espècies noves. En la present tesi, es va demostrar que l'ús de la tècnica de Multilocus Sequence Typing (MLST) per a l'estudi epidemiològic és poc precisa. A més, es va evidenciar l'elevada resistència a determinats antibiòtics que suggereixen un canvi en l'ús de les teràpies fins ara utilitzades en les infeccions de Arcobacter. També es van descriure un total de 4 noves espècies utilitzant tècniques com l'anàlisi fenotípic i el Multilocus Phylogenetic Analysis (MLPA) mitjançant la concatenació de 5 gens (atpA, gyrA, gyrB, hsp60 i rpoB) i afegint a més la informació extreta dels genomes seqüenciats d'aquestes espècies i de les espècies filogenèticament properes. L'ús dels genomes i la seva comparació i anàlisi filogenètica va evidenciar també que l'espècie A. cryaerophilus està formada per 4 genomovars, les quals representen espècies genòmiques però que no es van poder diferenciar amb proves fenotípiques. Finalment, l'anàlisi filogenètic dels genomes de totes les espècies del gènere, juntament amb el càlcul de diferents índexs genòmics (ANI, isDDH, AAI, POCP i RSCU) va permetre descobrir que el gènere Arcobacter està en realitat format per almenys 7 gèneres, diferenciables genèticament i mitjançant combinació de proves fenotípiques. |
|---|