Evaluación de métodos de ensamblado de novo del genoma de Ulmus minor
El olmo común (Ulmus minor) es una especie emblemática del territorio español, en situación comprometida desde el siglo XX por la enfermedad de la grafiosis. Para facilitar los esfuerzos de restauración y conservación de esta especie, este trabajo acomete la creación de una versión preliminar del ge...
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| Tipo de recurso: | tesis de maestría |
| Fecha de publicación: | 2021 |
| País: | España |
| Institución: | Universitat Oberta de Catalunya (UOC) |
| Repositorio: | O2, repositorio institucional de la UOC |
| OAI Identifier: | oai:openaccess.uoc.edu:10609/133108 |
| Acceso en línea: | http://hdl.handle.net/10609/133108 |
| Access Level: | acceso abierto |
| Palabra clave: | ensamblaje de novo Ulmus minor genoma assemblatge de novo genome assembly of long Bioinformatics -- TFM Bioinformàtica -- TFM Bioinformática -- TFM |
| Sumario: | El olmo común (Ulmus minor) es una especie emblemática del territorio español, en situación comprometida desde el siglo XX por la enfermedad de la grafiosis. Para facilitar los esfuerzos de restauración y conservación de esta especie, este trabajo acomete la creación de una versión preliminar del genoma de U. minor mediante el ensamblaje de novo de las lecturas largas de secuenciación (PacBio). Se utilizó el programa de ensamblaje Canu y se obtuvo un ensamblaje con 67.706 contigs, un tamaño total de 1,09 Gb y un valor del estadístico N50 de 57 Kb. En paralelo, se procedió a otro ensamblaje mediante el programa Falcon, si bien no se pudo obtener un ensamblaje completo, posiblemente porque la cobertura inicial de las lecturas (29x) fue insuficiente. No obstante, esta versión preliminar se considera vital para la comprensión del proceso a escala general, detectar deficiencias y por tanto articular una estrategia sólida de ensamblaje a futuro con el fin de generar un primer genoma de referencia de calidad aceptable para la especie U. minor. |
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