Caracterización genómica, estructura poblacional y determinantes de resistencia a antimicrobianos de Shigella sonnei, Shigella flexneri y Escherichia coli aislados de hombres que mantienen relaciones sexuales con hombres
Shigella flexneri, Shigella sonnei, Shigella dysenteriae i Shigella boydii són els agents etiològics de la shigel·losi. Aquesta infecció als països amb rendes altes es relaciona amb viatges a regions endèmiques, encara que també s'ha documentat la seva adquisició per via sexual en homes que man...
| Author: | |
|---|---|
| Format: | doctoral thesis |
| Status: | Published version |
| Publication Date: | 2023 |
| Country: | España |
| Institution: | CBUC, CESCA |
| Repository: | TDR. Tesis Doctorales en Red |
| OAI Identifier: | oai:www.tdx.cat:10803/691482 |
| Online Access: | http://hdl.handle.net/10803/691482 |
| Access Level: | Open access |
| Keyword: | Shigella HSH MSM Seqüenciació del genoma complet Whole genome sequencing Secuenciación del genoma completo Ciències de la Salut 579 |
| Summary: | Shigella flexneri, Shigella sonnei, Shigella dysenteriae i Shigella boydii són els agents etiològics de la shigel·losi. Aquesta infecció als països amb rendes altes es relaciona amb viatges a regions endèmiques, encara que també s'ha documentat la seva adquisició per via sexual en homes que mantenen relacions sexuals amb homes (HSH). Entre 2015-2019 es va identificar que el 55% i el 24,3% dels aïllats de S. flexneri i S. sonnei, respectivament, obtinguts al Servei de Microbiologia de l'Hospital Vall d'Hebron, van estar associats a HSH. Aquests aïllats mostraven una major resistència a diverses famílies d'antimicrobians, com són l'azitromicina o la ciprofloxacina, respecte als aïllats obtinguts per altres vies, com viatges a zones endèmiques. Addicionalment, les anàlisis filogenòmiques van permetre identificar llinatges específics de S. flexneri i S. sonnei circulants entre HSH amb una estreta relació genètica, que alhora eren pròxims als descrits en brots entre HSH del Regne Unit i Austràlia. Posteriorment, durant 2020-2021, observem un augment significatiu de Shigella resistent a cefalosporines de tercera generació, associat a la producció de [Beta]-lactamases d'espectre estès (BLEE). Aquest augment va estar principalment vinculat a S. sonnei (68%) i en menor mesura a S. flexneri (14%) procedents de HSH, que expressaven blaCTX-M-27 i que a més també presentaven resistència a la ciprofloxacina, l'azitromicina o el cotrimoxazole. L'anàlisi genòmica va mostrar que els aïllats de S. sonnei productors de BLEE formaven part d'un clúster monofilètic, que incloïa aïllats obtinguts prèviament al Regne Unit i a Austràlia, suggerint una disseminació local i intercontinental. Així mateix descrivim per primera vegada la transmissió clonal de S. flexneri 2a productora de BLEE i resistent a les fluoroquinolones entre HSH. La transmissió d'enterobacteris multirresistents no patògens per via sexual està escassament estudiada. Amb la finalitat de confirmar aquest fet, estudiem la colonització per part d'aquests microorganismes en HSH que acudien a realitzar-se un cribratge de ITS en el centre de Malalties Transmissibles Vall d'Hebron-Drassanes (Barcelona). Aquest estudi va revelar que un 17,5% dels pacients HSH eren portadors de Escherichia coli productor de BLEE, prevalença superior a la documentada prèviament en la població general de Barcelona (4,7%). L'anàlisi genòmica dels aïllats va revelar que les BLEE més detectades van ser SHV-12 (28,6%), CTX-M-15 (28,6%) i CTX-M-27 (19%). A més, es van detectar diversos mecanismes de resistència a diferents famílies d'antimicrobians com les fluoroquinolones, els macròlids, el cotrimoxazole i les tetraciclines; i diversos determinants de virulència associats a la capacitat de colonització, adherència, resistència al sèrum i producció de toxines. Pel que respecta a l'epidemiologia molecular, els ST més prevalents van ser el ST14 (28,6%) i el ST131 (19%). La distància genètica entre alguns d'aquests aïllats va ser molt estreta, suggerint una transmissió recent. Addicionalment, en la comparació genètica dels nostres aïllats i els obtinguts en un estudi similar dut a terme a París, es va observar que entre els aïllats del ST14, les distàncies eren també reduïdes en alguns casos, suggerint la possible circulació d'aquest llinatge entre tots dos països en HSH. Els resultats recollits en aquesta tesi demostren la transmissió de Shigella i E. coli per via sexual entre la comunitat HSH de Barcelona. És d'especial rellevància l'increment de la resistència detectat en Shigella spp. en aquest col·lectiu i la interconnexió amb clons de distribució global, fet que suposa un risc important per a la salut pública. Aquests resultats assenyalen la importància de la vigilància internacional col·laborativa de microorganismes multirresistents amb la finalitat d'identificar ràpidament la seva emergència, així com la necessitat d'implementar mesures que permetin el diagnòstic precoç i el rastreig de contactes per a reduir la seva disseminació. |
|---|