BIOSEQ: una librería para bioinformática en R
Este trabajo desarrolla temas de programación avanzada en R, como la programación orientada a objetos o el desarrollo de librerías externas C para el diseño y desarrollo de paquetes R. Además, describe la estructura de carpetas y archivos de un paquete R y el proceso de verificación y compilación ne...
| Autor: | |
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| Formato: | tesis de maestría |
| Fecha de publicación: | 2013 |
| País: | España |
| Recursos: | Universidad Complutense de Madrid (UCM) |
| Repositorio: | Docta Complutense |
| Idioma: | español |
| OAI Identifier: | oai:docta.ucm.es:20.500.14352/36310 |
| Acesso em linha: | https://hdl.handle.net/20.500.14352/36310 |
| Access Level: | acceso abierto |
| Palavra-chave: | 004.438R(043.3) 57:004(043.3) 004:57(043.3) 57.087.1(043.3) Programación en R Clases S3 Clases S4 Librerías externas C para R Desarrollo de paquetes en R Análisis de secuencias Smith-Waterman Needleman-Wunsch Bioinformática R programming language S3 classes S4 classes C external libraries for R Package development in R Sequence analysis Bioinformatics Lenguajes de programación 1203.23 Lenguajes de Programación |
| Resumo: | Este trabajo desarrolla temas de programación avanzada en R, como la programación orientada a objetos o el desarrollo de librerías externas C para el diseño y desarrollo de paquetes R. Además, describe la estructura de carpetas y archivos de un paquete R y el proceso de verificación y compilación necesario para su distribución. Por último, describe las funciones Smith-Waterman y Needleman-Wunsch para alineamiento de secuencias, incluidas en la librería BioSeq. [ABSTRACT] This document focuses on advanced topics in R programming useful for package development, covering Object Oriented Programming and the interface with C libraries. This work also describes the structure of an R packages and its contents, and the compilation process necessary for distribution. Finally, it describes Smith-Waterman and Needleman-Wunsch functions for sequence alignment which are included in BioSeq package |
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